Патриарх Никон провёл в заточении в ссылке 15 лет. Новый Царь Феодор Алексеевич, проникшись любовью к Новому Иерусалиму и заочно к его создателю Никону, повелел обитель достроить, а Никона возвратить в неё. Но по дороге из Ферапонтова в Ярославле 30 августа 1681 г. Святейший Никон скончался, окруженный учениками и при большом стечении очень любивших его русских людей. Поплыли над Русской Землёй печальные звоны. Тело почившего доставлено было в Новый Иерусалим и там в присутствии Государя и всей Царской Семьи, погребено со всеми почестями, положенными Патриарху (хотя по букве закона осужденный Никон был тогда простым монахом). Феодор Алексеевич позаботился тут же о том, чтобы все Восточные Патриархи простили и разрешили Никона и посмертно восстановили его в Патриаршем достоинстве, что они охотно и сделали. Так что навечно остался в списке Патриархов Московских сей великий защитник Церкви и великих замыслов муж. Надо сказать, что при жизни Патриарх Никон обладал явными благодатными дарованиями (прозорливости, исцелений). После смерти у гробницы его стали твориться многие чудеса. Записи о них вносились в особую книгу. Поэтому, те наши учёные, что себе дали труд разобраться в «деле» и деяниях Никона, справедливо считают его святым и подлежащим канонизации в Русской Церкви.

Среди многих любопытнейших направлений общественной мысли России описываемых времён было одно очень важное для понимания взаимозависимости веры народа и самодержавной власти. В 1649 г. на Восток был направлен российский разведчик монах Арсений Суханов. «Крышей» (легендой) своей он имел сбор древних рукописей и книг для исправления обрядов церковных в России. Он и вправду собрал на Востоке множество книг, но — совершенно случайных. Из них только пять (!) могли быть использованы для исправления текстов церковных. Арсений был человеком весьма развитым, образованным и ревностным в вере. В 1650 г. в Молдавии он затеял с греческим духовенством споры («прения») о вере, отчёт о которых представил потом Москве. В этих прениях старец Арсений высказал целую цепь суждений о «Третьем Риме», об отношении его к «Риму второму» — бывшей Византийской державе и о положении Московского Патриархата среди других древних Восточных Патриархатов. Сущность рассуждений Суханова заключалась в следующем. В делах веры и Церкви ныне греки для русских — не указ, ибо для всех народов один источник веры — Христос. В древности все пять Патриархатов, начиная с первого — Римского, объединялись под властью одного Царя. Тогда Константинопольскому Патриархату было усвоено второе место потому, что Константинополь сделался столичным городом, градом Царя. Когда Рим (то есть римские папы) уклонился в ересь, первым стал «Рим второй» — Константинополь и с ним во главе остальные Патриархаты стали обходиться без Римского. Так теперь и Московский Патриархат может обходиться без четырёх Восточных, поскольку они, по мнению Арсения Суханова, тоже уклоняются в ереси. К тому же эти четыре Патриархата (Константинопольский, Антиохийский, Александрийский и Иерусалимский) уже не имеют над собой благочестивого Царя, но подпали под власть «безбожных бусурман». Теперь «вместо» древнего Царя греческого «воздвиг Бог на Москве благочестивого Царя, и ныне у нас Государь Царь один сияет благочестием по всей подсолнечной, и Христову Церковь от всех ересей защищает». Поэтому ныне Патриарх Московский — первый во всей «подсолнечной», как древний епископ Римский, а Россия — Третий Рим, на котором «воссияет благодать». Всё это — взгляды не одного только старца Арсения, но большинства образованной Российской общественности XVII-го столетия. В высшей степени важной в этих взглядах является мысль о тесной зависимости благочестия (а значит и первенства чести) Церкви от наличия власти над народом благочестивого Царя (защитника Церкви от ересей). Очевидно однако, что благочестивым Царь может быть лишь потому, что исповедует благочестивую Православную Веру Церкви... Тогда получается тесная обратная связь между Православной Самодержавной Монархией и Православной Церковью. Сразу нужно заметить, что Православная Вера и Церковь как земное собранье людей, чья вера является их частным и личным делом, возможны, как кажется, при любых условиях и любых властях міра сего (не обязательно монархических). Но Православная Вера народа, как целого, возможна только в условиях Православной Монархии, а сама такая (то есть Православная) Монархия возможна в свою очередь, только в условиях Православной Веры народа как целого...

Иными словами, благочестие и вера народа рождают благочестие его Царя, а его благочестие держит (удерживает) благочестие и веру народа. А что же получится, если Царь вдруг окажется не благочестивым? Станет рушиться благочестие и вера народа как единого целого. С другой стороны, что будет, если от благочестия веры отступит народ (пусть не весь, но какая-то большая и решающая часть его?). Тогда станет не нужен благочестивый Царь... Предположения эти не отвлечённые. И то, и другое произойдёт в России. Но пока мы отметим, что, как показывает опыт всех в прошлом Православных народов и в том числе — Великороссийского Православие и Самодержавие связаны неразрывно. Для подлинно православных монархия — не просто одна из возможных форм правления, не вопрос политики. Для них монархия — единственное условие правильной духовной жизни народа, Отечества в целом. Но, как видим, в свою очередь, при условии, что Монархи православно благочестивы. В противном же случае (если это не так), православным монархия безполезна и безразлична, она может быть, а может не быть, — всё равно!