Церковный раскол был большою бедою в России для всех! Но, как мы видели и ещё увидим, он явился как следствие другого раскола и гораздо более важного — между духом и плотью в народе, между церковной и царской властями.

Приближался решительный выбор путей преодоления, или углубления этих расколов. Теперь, в конце XVII-го столетия многое, если не всё, зависело от того, что решит, как поступит, какой путь изберёт законная царская власть?

В том же знаменательном 1682 г. для правления Софьи возникла опасность со стороны князя Хованского. Имея в руках военную силу, он стал вести себя весьма независимо. Пошли даже слухи, что он мечтает сам стать Царём, уничтожив для этого и «правительницу» и Царей Ивана с Петром. Хованского с сыном вызвали из Москвы к Софии, обвинили в измене и казнили. Над стрельцами поставлен был думский дьяк Фёдор Шакловитов, сумевший совсем успокоить стрельцов, подчинив их всецело правительнице Софье. Она и любимец её князь Василий Голицын решали почти все дела в государстве. Говорили, что намечается их законное бракосочетание. В. В. Голицын был «западником», как и многие в высших кругах того времени. В то же время они понимали опасность духовных влиянии Запада и предпочитали к себе приближать учёных киевских и греческих монахов.

В правление Софьи Наталья Нарышкина с сыном Петром оказались как бы в опале, да и сами боялись быть у неё на глазах. Большей частью жили они не в Москве, не в царских покоях, а в сёлах Коломенском, Преображенском, Семёновском, чаще — в Преображенском. Пётр Алексеевич получил только самое начальное образование. Дьяк Никита Зотов обучил его чтению и письму, прошёл с ним первый круг чтения (Псалтирь и Новый Завет). Далее должен был проходиться второй круг наук: грамматика, пиитика, риторика, диалектика и философия, латинский и греческий языки. Все дети Царской Семьи, даже девушки — сёстры Петра этот круг обязательно проходили. Преподавали его, как правило, киевские учёные, составлявшие свои курсы по образцам, взятым у католических учебных заведений. Но удаление из Москвы привело к тому, что Царь Пётр этих наук не проходил, то есть остался неучем, в том числе в области пусть схоластического, но всё-таки богословия. Оказался он также в ранние годы и вне воспитания при дворце, со всей его вековой сложившейся обстановкой, обычаями, правилами. Нужно сказать, что и сам он царских московских дворцов не любил, помня как там у него на глазах убивали его родных и придворных. Впечатления эти, потрясшие детскую душу, были очень сродни тому, что пережил в своём детстве Царь Иван IV Васильевич. К этому прибавлялось и то, что мать Государя Петра Наталья Кирилловна, будучи очень благочестивой и православной, вместе с тем киевских учителей не любила, особенно тех, кто приближён был к Софье. Воспитанная «западником» Артамоном Матвеевым в явной приязни к «немцам» (как тогда называли всех западных иностранцев) она допускала к Петру именно их. Н. Зотов и назначенный «дядькою» (воспитателем) Петра князь Борис Алексеевич Голицын оказались тоже во многом «западниками» и к тому же людьми довольно не строгих нравов... Зотов баловал Петра показом немецких картинок, во множестве продававшихся на Москве, возбудил интерес Государя к «немецким» наукам и знаниям. Подрастая вдали от дворца, в обстановке свободной, Царь Пётр увлекался созданьем «потешных» полков из «Преображенских конюхов», как выражалась Царевна Софья, искусством управлять людьми и кораблями. На Яузе он построил потешную крепость Пресбург. Найдя в Измайлове западный ботик («дедушку русского флота») Пётр с увлечением осваивал плаванье на нём под парусом. Затем он стал строить суда на озере в Переяславле, для потешных «морских» сражений. Создавать и осваивать это помогали Петру как раз «немцы» из близкой к Преображенскому немецкой слободы. Постепенно он вовлекался в изучение математики, геометрии, баллистики, фортификации, навигации и т.д... Всё это преподавали ему голландцы Тиммерман и Брандт. Затем Пётр сблизился с шотландцем генералом Гордоном и швейцарцем Лефортом, человеком способным, но и слишком весёлым. Подрастая, Пётр Алексеевич начал бывать в немецкой слободе уже не только ради науки, но принимая участие в увеселениях и пирушках иностранцев, таким образом проникаясь влияниями протестантизма с его восприятием міра. Годы шли. «Потешные» преображенцы и семёновцы из случайного сброда сделались хорошо вооружёнными и обученными западному военному делу полками, всецело преданными Петру (основа будущей гвардии). При Дворе продолжали считать Петра пустым легкомысленным человеком, знающим только потехи. Порывистые увлечения сына не всегда одобряла и мать его Наталья Кирилловна, имевшая на Петра большое влияние. Она решила женить его. И женила в 1689 г., подобрав сама невесту Евдокию Лопухину. Пётр, по-видимому, не очень её любил, часто одну оставлял ради своих потех. От этого брака в 1690 г. родился Царевич Алексей. Было Петру уже 18 лет! Брат Иван оказался совсем неспособным к правлению и очень болезненным (он вскоре и умер). Сестра Софья должна была передать Петру всю полноту государственною власти. Но не передавала, чего-то ждала, или опасалась. Говорят, она даже хотела стать правительницею пожизненно. Но её положение пошатнулось после двух неудачных походов В. В. Голицына на Крым. Пётр опасался стрелецкого войска, подчинённого Софье, и до времени не решался заявить о своих правах. Летом 1689 г. начались ссоры и пошла открытая борьба между Натальей Кирилловной и Петром, с одной стороны, и Софьей — с другой. Опасаясь петровских «озорников» — потешных, Софья усилила на Москве стрелецкие караулы. Весть об этом пришла ночью в Преображенское в искажённом виде, так что, разбудив Петра, его приближённые в страхе сказали, что стрельцы идут с целью его убить. Пётр в исподнем белье ускакал в близлежащий лесок, там оделся и помчался в Троице-Сергиеву Лавру, за крепкими стенами которой он и укрылся. Испуг его был таким сильным, что на всю жизнь остались подёргивание щеки и головы и нетвёрдость походки («запинанье ноги»). В Монастырь Преподобного Сергия к Петру пришли преображенцы и семёновцы. Правительница Софья уговорила Патриарха Иоакима стать посредником, чтобы мирно уладить дело, и послала его к Петру. Но Патриарх, понимая, что при взрослом Царе правление Софьи уже лишено законных оснований, остался с Петром, твёрдо став на его сторону. Петр двинулся на Москву и не встретил сопротивления. Софью оставили почти все сторонники. Князь Василий Голицын был сослан, начальник стрельцов Шакловитый и несколько их командиров обвинены были в заговоре и казнены, Царевна Софья отправлена в заточение в Новодевичий монастырь. Опалам и казням подверглись тогда и другие сторонники Софьи. Пётр остался единодержавным Государем России.

Поначалу Царь Пётр мало вникал в государственные дела, предаваясь по-прежнему забавам и увлечениям. А эти забавы сопровождались совершенным попранием и отвержением православных обычаев и приличий. Величайший соблазн для общественности, в которой и без того уже наметилось отступление от устоев Святой Руси, стал исходить с самой вершины власти, от законного Самодержца. Распространялись западные одежды, курение табака, пьянство, пренебрежение всем церковным. Патриарх Иоаким, поддержавший Петра как законного Государя в самый решающий час, не поддержал его ни в каких отступлениях от Православия. Приглашенный на царский обед по случаю рождения Царевича Алексея в 1690 г. Иоаким согласился придти, только если за этим обедом не будут присутствовать иностранцы. Пётр вынужден был принять это условие. Но и ранее Патриарх открыто выступал против назначения иноземных военачальников в русских войсках, что стало входить в обычаи после отмены местничества. Иоаким впервые указал на то, что нововведения Петра не вызваны никакой действительной потребностью государства. Он писал справедливо, что «благодатию Божией в Русском царстве людей благочестивых в ратоборстве искусных очень много» и обращаясь к властям, указывал: «Опять напоминаю, чтоб иноземцам-еретикам костёлов римских, кирок немецких, татарам мечетей не давать строить нигде, новых латинских и иностранных обычаев и в платье перемен по иноземным обычаям не вводить...». Всякое государство, — говорил Патриарх, — ценит и хранит свои обычаи, нравы и одежды и чужих не перенимает, и людям чужих вер никаких преимуществ перед своими не даёт и храмов чужих строить не позволяет. Всё это было написано в Завещании Иоакима незадолго до смерти в марте 1690 г. и говорит о широком распространении того, против чего он так возражал. В самом деле, всякое западничество во время его правления Церковью заметно усиливалось. Участились случаи бегства в Европу молодых русских людей из числа образованных в западном духе. Иностранцы-католики на Москве добились разрешения иметь своих священников. Прибыли к ним два иезуита, развернув свою пропаганду и среди россиян. Иоаким добился того, что этих двух выдворили из государства, впредь положив, чтобы у католиков на Москве были священники, не принадлежащие к «Обществу Иисуса». Но католичество просачивалось тогда даже и в церковную среду. Это связано было с южнорусской (Малороссийской) учёностью. Мы видели, что таковая давно привлекалась для российских церковных потреб. Задолго до Никона Киевский Митрополит Пётр Могила провёл в Малороссии почти такие же преобразования, что и Никон. Но, кроме того, он создал в Киеве высшую школу — знаменитую Могилянскую Академию. Она была призвана бороться с католичеством, унией и протестантизмом, от которых исходили тогда поношения и укоры православным в «невежестве», неучёности. Дабы «защитить» Православие от подобных упрёков Академия в Киеве постаралась не отставать от католиков и просто скопировала у них и способы обучения и перечень основных дисциплин. Против католиков Академия применяла доводы протестантского богословия, против протестантов — доводы католического. В итоге Киевская учёность прониклась образом мысли и логики и католической и протестантской схоластики, далеко отходившей от древней православной святоотеческой мысли. При таком обучении лишь немногие из учёных киевлян сохраняли действительную православность. К числу таких прежде всего относился Епифаний Славинецкий, создавший в России школу учеников, условно называемую «эллинистической». «Эллинисты» восстановили учебное заведение при Чудовом монастыре, основанное ещё Патриархом Никоном и временно закрывшееся в связи с его опалой. Но тогда же в России действовало и иное, прокатолическое или «латинствующее» направление, основанное тоже киевским учёным Симеоном Полоцким (скончался в 1680 г.). Он, его способный ученик Сильвестр Медведев, пользуясь близостью к Феодору Алексеевичу, создали свой проект Академии в России, по образцам средневековых западных университетов. Проект предусматривал автономию Академии, очень широкие её полномочия, вплоть до права приговаривать еретиков к сожжению на кострах. Такой Устав Академии были представлен Феодору Алексеевичу, но он не успел его подписать, скончался.