Верховный главнокомандующий И. В. Сталин лично утверждал распределение гвардейских минометных частей по фронтам, планы производства боевых машин и боеприпасов, а также план формирования новых полков. Поэтому деятельность штаба командующего ГМЧ и Главного управления вооружения была очень напряженной. Командующий и члены военного совета должны были в любое время суток иметь исчерпывающие сведения по всем вопросам. В штабе, управлении и отделах было установлено непрерывное дежурство. Место нахождения каждого работника всегда было точно известно оперативному дежурному.
29 апреля 1943 года решением Государственного Комитета Обороны гвардейские минометные части были переданы в оперативное подчинение командующему артиллерией Красной армии маршалу артиллерии Н. Н. Воронову. Обособленность управления и снабжения была сохранена, так как центральные органы управления гвардейских минометных частей успешно справлялись со своими задачами. Решение Государственного Комитета Обороны способствовало более тесному взаимодействию гвардейских минометных частей с артиллерийскими и, одновременно, обязывало командующих артиллерией фронтов и армий изучать особенности боевого применения, знать их состояние. Такие организационные мероприятия постепенно подготавливали необходимые условия для объединения ГМЧ с артиллерией. Командующим гвардейскими минометными частями Красной армии был назначен генерал-майор артиллерии (с 28 сентября 1943 года — генерал-лейтенант артиллерии) П. А. Дегтярев, его заместителем генерал-майор артиллерии П. Н. Кулешов, членом военного совета — генерал-майор артиллерии Л. М. Гайдуков. Они возглавляли ГМЧ до конца войны.
В сентябре 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны были созданы оперативные группы гвардейских минометных частей фронтов. Первые оперативные группы были созданы на Северо-Западном, Юго-Западном, Южном, Брянском и Ленинградском фронтах (последняя в октябре 1941 года была переименована в опергруппу Западного фронта). На командование этих групп возлагалось руководство боевой деятельностью всех гвардейских минометных частей, находившихся в распоряжении фронта, а также обеспечение их боеприпасами, вооружением, организация ремонта боевых и транспортных машин. Начальники оперативных групп подчинялись непосредственно командующим фронтами, в распоряжении которых они находились, одновременно тесно взаимодействуя с командующими артиллерией.
Штат опергруппы состоял из командующего и одного-двух членов военного совета, штаба, отделения артиллерийско-технического снабжения, артиллерийского склада, автопарка, санчасти и передвижной ремонтной мастерской.
Оперативные группы были созданы и в армейском звене.
«ПРИКАЗ НКО СССР
О создании армейских оперативных групп минометных частей Ставки Верховного Главнокомандования
№ 008 11 января 1942 г.
1. Для оперативного руководства отдельными гвардейскими минометными дивизионами М-8 и М-13, действующими в составе армий, создать армейские оперативные группы минометных частей для армий, которым придано не менее трех отдельных гвардейских минометных дивизионов.
Армейские оперативные группы именовать: “Оперативная группа минометных частей (такой-то) армии”.
2. Армейские оперативные группы придавать в распоряжение командующих армий, с задачей оперативно-тактического руководства и правильного боевого применения и использования гвардейских минометных дивизионов, приданных армии.
3. Формирование армейских оперативных групп минометных частей возложить на командующего минометными частями Ставки Верховного Главного командования полковника тов. Аборенкова.
Формирование групп произвести: для Западного фронта — до 15 января 1942 г., для других фронтов — в течение января 1942 г.
Заместитель Народного комиссара обороны СССР
армейский комиссар 1-го ранга ЩАДЕНКО».
Столь подробно рассказываем об этих структурах, потому что без этого невозможно будет проследить дальнейшую службу Алексея Ивановича Нестеренко.
Обстановка войны лучше всяких кадровых органов исправляет те ошибки, которые до нее были допущены и кадровыми органами, и высшим командованием в выдвижении на те или иные посты тех или иных людей.
В марте 1942 года полковник Нестеренко был назначен начальником инспекторского отделения Штаба гвардейских минометных частей, находившегося при Ставке ВГК в Москве. В начале апреля его направили в командировку в штаб Северо-Западного фронта (командующий фронтом — генерал-лейтенант П. А. Курочкин, начальник оперативной группы ГМЧ — генерал-майор артиллерии Ю. П. Бажанов). Здесь три гвардейских минометных полка оказались отрезаны бездорожьем и непогодой от основных сил. Дислоцировались в лесу, в боевых действиях участия не принимали. Не хватало продовольствия, боеприпасов.
Алексей Иванович рассказывает: «Мне доложили, что снабжение частей прервано, что поступают тревожные радиограммы об отсутствии боеприпасов и продовольствия… Продовольствие и боеприпасы (патроны к винтовкам и автоматам) сбрасывались на парашютах. Делались попытки сбрасывать и ящики с реактивными снарядами, но они не увенчались успехом… Необходимо было срочно выводить полки ГМЧ на восточный берег реки Ловать».
Через сутки, благодаря мастерству водителя, Нестеренко добрался до минометных полков и сумел там в короткий срок подготовить все для вывода полков из западни, в которой они оказались. Напрягая все силы, ракетчики за двое суток построили лежневые дороги, через болотистые места проложили фашинные настилы. Через несколько суток все три полка переправились через реку Ловать в более сухие и безопасные места. Было срочно организовано продовольственное снабжение полков из ближайших продовольственных складов. Эту историю Нестеренко рассказал на праздновании своего семидесятилетнего юбилея, когда представил присутствующим своего гостя — Героя Советского Союза Петра Васильевича Шутова, который командовал одним из этих полков.
Из Москвы было получено распоряжение — выехать на левое крыло фронта, где находились другие гвардейские минометные части.
Нестеренко вспоминал: «Дороги уже достаточно подсохли, и через двое суток я прибыл в полк, которым командовал Герой Советского Союза гвардии майор Казбек Дриссович Карсанов, высокий статный мужчина с красивой черной бородой. Волевое лицо, спокойные уверенные движения, рассудительность внушали уважение и симпатию к этому человеку. Забегая вперед скажу, что Казбек Дриссович окончил войну в звании генерал-майора, командуя 7-й гвардейской минометной дивизией.
После беглого ознакомления с ближайшим дивизионом мне стало ясно, что полк боеспособен. Вместе с Карсановым мы наметили план проверки дивизионов и тылов полка. Осуществить эту проверку не довелось, так как меня срочно вызвали в Москву. Прежде чем выехать в столицу, я встретился с генералом Ю. П. Бажановым и членом военного совета опергруппы полковником Г. С. Должиковым. Я доложил им о результатах проверки, передал свое впечатление о полках. Оно было хорошим. Несмотря ни на что, полки остались боеспособными, моральное состояние их — высокое».
Кстати, Герой Советского Союза генерал К. Д. Карсанов тоже был в числе гостей на праздновании семидесятилетия Нестеренко.
После прибытия в Москву и доклада о положении дел Нестеренко было приказано срочно выехать на Южный фронт, где складывалась неблагоприятная ситуация с гвардейскими минометными частями.
Южным фронтом командовал генерал-лейтенант Р. Я. Малиновский, а оперативную группу ГМЧ возглавлял Герой Советского Союза полковник Л. М. Воеводин, который был храбрым командиром, но ему недоставало хороших организаторских способностей. Инспектирование завершилось тем, что Алексей Иванович возглавил оперативную группу ГМЧ Южного фронта. Такое решение принял командующий фронтом Малиновский, а его решение поддержал генерал Аборенков.
В это время фронт вел кровопролитные бои на территории Ростовской области. Шли бои за Новочеркасск и Ростов. По предложению Нестеренко приказом командующего Южным фронтом для прикрытия разрыва между Южным и Юго-Западным фронтами, куда прорывались танковые и механизированные колонны врага, в Дачном была сформирована подвижная группа фронта.