На иеромонаха Варнаву было возложено послушание главного свечника Лавры. Теперь в его обязанности свечника входила закупка воска для производства свечей на свечном заводе Лавры и масла для лампад во все четырнадцать храмов монастыря, а также выемка пожертвований из кружек. Должность весьма хлопотная и ответственная, поскольку главный свечник отвечал за все средства, вырученные от продажи свечей, масла, за пожертвования, полученные во время тарелочного сбора, а также от некоторых частных благодетелей. В этом нелегком послушании о. Варнаве в полной мере пригодился тот опыт, который он приобрел занимаясь коммерческой деятельностью в миру. В архиве Лавры, относящемся к этому периоду, – многочисленные рапорты иеромонаха Варнавы о сдаче им в казну Лавры денежных сумм.

Но и на этом послушании иеромонах Варнава не забывал об иноческом делании. Однако для него исподволь уже наступало время духовного плодоношения. Постепенно и братия Лавры, и богомольцы начали отмечать особую духовную радость во время священнослужения иеромонаха Варнавы. Его проповеди отличались доступностью и простотой. Сказывался многолетний опыт подвижничества в миру. В отличие от иноков, подвизавшихся в уединении, бывший петербургский купец хорошо знал жизнь людей разных сословий – от простолюдина до утонченного интеллигента, их духовные нужды и затруднения. Именно в это время в слове и служении о. Варнавы начали отмечать необычайную духовную силу. Расширялся круг его духовных чад – поначалу к о. Варнаве обращались за советом и утешением богомольцы, затем его совета стали искать и монашествующие.

Между тем гонения на Церковь, с размахом ведшиеся по всей стране, проникали и за стены Лавры. Аресты духовенства, в особенности членов Александро-Невского братства, стали регулярными. В такой ситуации иеромонах Варнава, также будучи членом братства и опасаясь ареста, просил благословения митрополита Вениамина съездить на родину, дабы проститься со старушкой матерью. Митрополит благословил его, и о. Варнава уехал.

Вернувшись в Лавру, о. Варнава узнал, что власти арестовали митрополита Вениамина и его сотрудников. Поредевшая братия по мере сил и возможностей пыталась выйти из создавшейся ситуации – на смену попавшим в заключение должны были прийти другие – одним из них был и иеромонах Варнава, по решению братии вошедший в Духовный Собор Лавры.

В то время Духовный Собор Лавры стоял перед непростым выбором. Вскоре после ареста митрополита Вениамина в Лавре появился обновленческий «архиепископ» Николай Соболев, пользовавшийся безоговорочной поддержкой советской власти. Он заявил свои права на Лавру, потребовав прекратить возношение имени Патриарха Тихона за богослужением. Наместник Лавры, епископ Николай (Ярушевич) – в то время единственный свободный православный архиерей в епархии, вынужден был уклониться от разрешения этого вопроса, передав всю ответственность архимандриту Иоасафу (Журманову) и Духовному Собору Лавры. Причем мнения братии Лавры разделились – кто-то готов был стоять насмерть, продолжая возносить имя святителя Тихона, даже рискуя лишиться храмов и подсобных помещений; другие же, напротив, считали, что сохранив внутреннее самоуправление Лавры, можно признать самозваного «архиепископа» – именно такой позиции придерживался архимандрит Иоасаф. Его поддержали члены Духовного Собора: духовник обители, архимандрит Сергий (Бирюков) и иеромонахи Варлаам (Сацердотский) и Варнава (Муравьев). Это на время отсрочило закрытие Лавры. Однако часть ревнителей, отвергавших какие бы то ни было компромиссы с обновленцами, в знак протеста покинула Лавру. Но, к сожалению, иного выхода не было – митрополит Вениамин с ближайшими сотрудниками был расстрелян, многие члены Александро-Невско-го братства получили тюремные сроки. Лишь после освобождения в 1923 году Патриарха Тихона Лавра вернулась под патриарший омофор.

В это время иеромонах Варнава получает новое послушание – казначея Лавры. Мирские навыки о. Варнавы по-прежнему не отпускали его. Но он не роптал, усердно исполняя послушание. Духовные дарования о. Варнавы также не остались без внимания – духовник обители, архимандрит Сергий (Бирюков), начал готовить иеромонаха Варнаву себе в преемники.

На рубеже 1926–1927 годов иеромонах Варнава подает прошение о пострижении в великую схиму. Прошение о. Варнавы было удовлетворено – он был пострижен в схиму с именем Серафим, в честь преподобного Серафима Саровского, которого он весьма почитал.

А уже в 1927 году по общему избранию братии и Духовного Собора Лавры иеросхимонах Серафим становится духовником Александро-Невской обители. Это послушание становится для о. Серафима практически подвигом. Под его духовным окормлением оказалось множество духовных чад – это и братия Александро-Невской обители, и многочисленные богомольцы, весьма почитавшие благодатного старца Серафима, и местные архиереи. И если на других послушаниях, какими бы тяжелыми и ответственными они ни были, о. Серафиму удавалось находить свободное время для чтения и богомыслия, то здесь практически все его время принадлежало духовным чадам. Он часами исповедовал братию и богомольцев, причем условия в Лавре были весьма неблагоприятными. Троицкий собор, где обычно происходила исповедь, по недостатку средств не отапливался и о. Серафиму в любую погоду приходилось часами стоять на холодном каменном полу. Когда же силы совсем оставляли его, он ненадолго уходил в свою келью в Федоровском корпусе, но и там посетители не оставляли его в покое. Так что спал о. Серафим всего несколько часов в сутки.

Духовное служение ближним Господь вознаградил благодатными дарами рассуждения, прозорливости и исцеления. Вот свидетельства о нескольких таких случаях.

Как-то раз на исходе 1927 года к о. Серафиму пришел архиепископ Алексий (Симанский) – управляющий Новгородской епархией. У владыки тогда появилась возможность выехать за границу, и он просил совета о. Серафима, как ему поступить. Отец Серафим ответил ему так: «Владыка! А на кого Вы Русскую Православную Церковь оставите? Ведь Вам ее пасти. Не бойтесь, Сама Матерь Божия защитит Вас. Будет много тяжких искушений, но все, с Божией помощью управится. Оставайтесь, прошу Вас» [3, с. 36–37].

В другой раз к келье о. Серафима в Федоровском корпусе привели одержимую женщину, которая никак не могла войти в храм. Увидев ее, о. Серафим сказал: «Давайте вместе помолимся» [3, с. 41]. После этого он встал на колени перед иконами и начал молиться. Помолившись, о. Серафим помазал болящую маслом из лампады. Женщина упала на пол и начала корчиться и лаять. Отец Серафим стал молиться, накрыв болящую епитрахилью. Она затихла. После этого ее одержимость прошла – женщина смогла посещать богослужения.

Предполагается, что именно во время пребывания в Лавре о. Серафим написал самое известное свое произведение «От Меня это было». Хотя относительно его авторства точной уверенности нет.

Всего лишь три года был о. Серафим духовником Александро-Невской Лавры – к 1930 году тяжкие труды подорвали его здоровье. В какой-то момент, отпустив многочисленных исповедников и едва добравшись до кельи, о. Серафим просто не смог встать с постели. Обеспокоенная келейница позвала врача, который обнаружил у о. Серафима букет болезней: межреберную невралгию, ревматизм, закупорку вен нижних конечностей, сердечную недостаточность.

Болезни о. Серафим переносил благодушно; однако, его здоровье непрестанно ухудшалось. Врачи советовали оставить обитель и переселиться куда-либо в зеленую зону. Отец Серафим отказывался, но в дело вмешался правящий архиерей – митрополит Серафим (Чичагов). Он благословил о. Серафима переехать за город. Также митрополит благословил бывшую супругу о. Серафима – схимонахиню Серафиму – и их внучку – Маргариту – сопровождать батюшку.

Так начался период, свидетельств о котором почти не осталось. Это время – тридцатые годы, когда жизнь о. Серафима наиболее скрыта от посторонних – в отличие от мирского периода жизни старца или от его жизни в Лавре. Поэтому об этом времени ходит множество различных версий и домыслов.