X–XI столетиях новой ереси — так называемого богомильства, которое имело много общего с павликианством, и прежде всего — дуалистическое мировоззрение. Несмотря на жесткие преследования со стороны императоров, прежде всего Алексея I, богомильство распространялось на Балканах и нашло приверженцев в Малой Азии. Оно оказало также большое влияние на развитие ереси катаров на юге Франции.

Помимо крупных и мелких ересей у византийской церкви был конфликт с иудаизмом. В основе его лежало то обстоятельство, что иудеи, не признавшие Христа, по мнению византийских богословов, утратили положение избранного народа, которое перешло к римлянам (то есть к византийцам). До эпохи Юстиниана к иудеям в империи относились терпимо, хотя зачастую неодобрительно. Положение обострилось после неудачной войны с персами и арабского завоевания, в котором винили иудеев (хотя без всяких видимых оснований). Иудеям был запрещен как целый ряд видов общественной деятельности, так и доступ на государственную службу, и они периодически подвергались преследованиям. Часто наряду с иудеями в соответствующих государственных документах упоминались и различные еретические группы, но сами отрицательные упоминания о них были достаточно частыми. Все приведенные примеры показывают тесную взаимосвязь светской и церковной власти в империи, и, конечно, распространять или эффективно защищать православие в Византии государство могло лишь опираясь на силу армии.

Духовную и светскую власть церкви в империи олицетворяли епископы. С VI в. они играли ключевую роль в городских магистратах и являлись управляющими церковными имениями (это положение сохранилось за ними на всем протяжении истории Византии). В руках церкви сосредоточились такие богатства, что, согласно одной из оценок, средства, которыми она располагала, превосходили государственные ресурсы (если не считать расходы на армию). Церковь получала доходы в основном от землевладения и других видов недвижимости. Согласно церковным уставам, принятым на соборе 692 г., на епископов возлагалась обязанность заботиться о церковном имуществе в случае угрозы войны или иных бедствий. Церковные благотворительные фонды — основа церковной филантропии — обычно получали средства за счет земельной ренты, получаемой с крупных церковных имений. За счет церкви и богатых жертвователей строились и содержались больницы, сиротские приюты, дома престарелых и т. д. В создании приютов наряду с духовенством порой участвовали и сами императоры, подчеркивая тем самым политическую важность подобного рода деятельности. На протяжении веков церковь получала большое количество пожертвований в виде земельных владений — от имений богачей до небольших наделов мелких землевладельцев. Церковные земли не подлежали отчуждению, поэтому церковное землевладение постоянно росло. С другой стороны, практика передачи земель в долгосрочную и даже наследственную аренду часто означала, что часть земель выводилась из-под непосредственного управления церкви.

Для церковной администрации образцом служила государственная организация империи. Над епископами стояли автономные архиепископы, над ними — митрополиты, возглавлявшие духовенство провинций, а над ними — патриарх, который лично назначал митрополитов. Епископы избирались провинциальными синодами, то есть собраниями, в которых участвовали представители местного духовенства, а с VII в. — только сами епископы. Епископы руководили всем духовенством (священниками и монастырями) в своих районах. Многие епископы стали мучениками во время гонений на христиан в Риме в III — начале IV в., и епископство пользовалось особым уважением. Задача епископов была троякой: защита и распространение православия, борьба с ересями и исполнение церковных законов. Они возглавляли церковные суды, следившие за чистотой нравов и религиозных обрядов, а также разбирали конфликты между духовенством и мирянами. Как уже говорилось, епископы также управляли церковными имениями и были ответственными за благотворительность и помощь бедным. С начала VII в. епископы были по закону наделены определенными привилегиями для защиты от возможных злоупотреблений светских властей. Как правило (хотя вовсе не исключительно), они происходили из наиболее привилегированных и образованных слоев общества и обладали присущими таким людям достоинствами и недостатками. Разделяя взгляды той элиты, из которой они происходили, провинциальные епископы в личных письмах порой жаловались на свою участь — быть пастырями в краю «темноты и варварства», как они именовали свои области. Конечно, подобные образы часто были преувеличениями ради эффектности, и многим епископам свойственна была действительная преданность своему служению и пастве. Бесспорно, среди них были также люди нечестные и корыстные, но нет достаточных данных, позволяющих судить о масштабах проблемы. Благотворительная же деятельность и помощь бедным, которыми занимались епископы, на практике зависели от преданности своему делу того или иного из них. Многие епископы мало что делали для прихожан, но в источниках имеется и немало сообщений о тех из них, кто строил больницы, приюты, лепрозории и т. д.

С другой стороны, епископы и высшее духовенство часто были вовлечены в политику, как церковную, так и государственную. Епископы нередко выступали как ходатаи от различных групп населения — от крестьян, страдавших от налогового гнета, до имперских чиновников, которые просили императора оградить их от политических преследований. Успех этих дел зависел как от способностей самого епископа, так и от его политического положения и связей. Высшее духовенство, как считалось, имело право «свободной речи», и его представители порой пользовались этим правом по отношению к императорам или вельможам, чтобы защитить интересы своей паствы или отстоять чистоту православных обрядов или нравов, если, по мнению этих духовных лиц, устоям православия угрожала опасность. Это могло быть небезопасно для них, особенно если патриарх пытался противостоять сильному государю в вопросах государственных дел или церковной политики.

Как ни странно, церковь лишь постепенно выработала свой нравственный кодекс в отношении социальных и семейных дел, прежде всего брака, оставив эти вопросы, по крайней мере, до конца XI в., в компетенции римского гражданского права и светских судов. Римское же право порой вступало в противоречие с христианским каноническим правом. Например, римское семейное право разрешало развод по обоюдному согласию супругов (при условии разрешения вопросов собственности), хотя по каноническому праву развод был возможен лишь при супружеской измене. Но только в 1084 г. император Алексей I передал полную юрисдикцию по этим делам церковным судам.

В целом византийское духовенство не занималось прямо гражданской, а тем более военной службой (в отличие от западного духовенства, чье активное участие в Первом крестовом походе поражало византийских комментаторов). Правила, запрещающие духовенству брать в руки оружие даже для защиты своих церквей, соблюдалось строго, и были случаи, когда духовных лиц наказывали за их нарушения. Но они, безусловно, участвовали в политической жизни и борьбе своего времени, да и трудно было бы ожидать иного. С ними часто считались и как с духовными пастырями, главами общин, и, во многих случаях — как с обладателями крупной земельной собственности. К тому же многие из них прекрасно знали местные условия, поддерживали контакты с влиятельными людьми на местах и нередко (хотя не всегда) могли влиять на общественное мнение. В смутные времена к мнению епископов многие охотно прислушивались, видя в них нравственных арбитров. С другой стороны, епископам подчас приходилось расплачиваться за активное участие в политической жизни.

Императоры понимали значение духовенства, и столичного, и провинциального, отсюда их интерес к назначению высоких духовных лиц. Известны периоды, когда имперская власть была особенно заинтересована в поддержке духовенства, например, во времена официального иконоборчества или в эпоху постепенного возвращения утраченных территорий в Анатолии в XII столетии, когда важно было восстановить государственное управление на вновь обретенных землях. По этой же причине высшие духовные лица порой представляли интересы империи, участвуя в дипломатических миссиях за рубежом, и таким образом — в международной политике. Некоторые из них проявили себя как искусные дипломаты.