С IV столетия в Константинополе при патриархе существовал правящий синод. С IX в. его членами являлись только высшие иерархи — митрополиты, архиепископы и помощники патриарха, но их число значительно возросло с 1070-х гг. за счет епископов, бежавших из районов, захваченных турками. В этот же период заметно возрастает и влияние синода не только на церковные, но и на государственные дела. Одновременно стало расти и значение канонического права по отношению к гражданскому. Это сделалось еще заметнее в последние века византийской истории. В то же время рост автономии провинций, а также разъединение между собой земель империи из-за вторжения завоевателей привели к тому, что возросли авторитет и фактическая власть епископов на местах. Увеличилась и роль церковных судов в отдельных регионах. Рост морального авторитета и влияния церкви в провинциях укрепляло позиции и автономию провинциальных элит, их возможности и готовность противодействовать политике императорского двора.

Во взаимоотношениях императоров и патриархов наиболее полно выразилась возможность взаимосвязи духовной и светской власти, характерная для Византии. Редко кому удавалось стать патриархом или пребывать долго в этом звании без поддержки императора. В VI–XV столетиях около 30 % патриархов были вынуждены уйти или были низложены из-за конфликтов с императорами. Но в целом позиции патриархов были достаточно прочными. При императорском дворе они проводили коронации, заупокойные службы, крестины в семьях самих императоров и их родственников. Само положение патриархов как первосвященников давало им возможность влиять на общественное мнение в пользу или не в пользу того или иного императора. Поэтому серьезные противоречия между императорами и патриархами могли вызвать крупные политические конфликты в империи. Оттого так важно было согласие между ними.

Императоры, считавшиеся защитниками православия, выделяли большие суммы на строительство церквей и создание монастырей и нередко хорошо разбирались даже в сложных богословских вопросах. Но их вторжения в область теологии могли порождать трения с патриархами и даже вызывать внутрицерковные противоречия. Например, в 543 г. Юстиниан, как уже говорилось выше, издал эдикт, осуждавший пронесторианские тексты трех теологов (Федора Мопсуэстского, Феодора Кирхского и Ибата Эдесского), надеясь таким образом успокоить монофизитов. Папа Римский Вигилий признал этот эдикт, но западное духовенство решительно воспротивилось ему. В 533 г. на вселенском соборе в Константинополе, где преобладали представители западной церкви, были осуждены и «три сочинения», и сам папа. В конфликтах духовной и светской власти вторая чаще одерживала победу в текущем времени, а первая — в более долгосрочной перспективе. Например, в 640-х гг. император Констант II, сторонник монофелитов (см. гл. 2), арестовал и отдал под следствие папу Мартина и главного противника монофелитов Максима, но не по церковным обвинениям, а по обвинениям в потворстве мятежникам или внешним врагам. По данным источников, исходящих от сторонников Максима, императора в действительности интересовало прежде всего подчинение обвиняемых его воле во внутрицерковном конфликте. Правительству удалось тогда лишить церковную оппозицию лидеров, но это вызвало новый конфликт с западной церковью. Единство было восстановлено лишь после кончины Константа, когда в 680 г. его сын Константин IV на вселенском соборе в Константинополе приветствовал осуждение монофелитства. Его приверженцы впоследствии оставались лишь в Ливане, где существуют поныне под именем христиан-маронитов.

Такая же ситуация, но в гораздо более острой форме, родилась в период иконоборчества. По не вполне ясным причинам в 720-х гг. император Лев III наложил запрет на публичное почитание икон. Это вызвало противодействие среди части духовенства, что и привело к уходу в 730 г. патриарха Германа, и к назначению ряда патриархов Львом III и его сыном Константином V за их готовность проводить линию императорского двора. Впоследствии императрица Ирина отказалась от политики иконоборчества с помощью своего ставленника патриарха Тарасия, собравшего в 787 г. в Никее вселенский собор. В 815 г. император Лев V вернулся к политике иконоборчества, и снова это было сделано с помощью патриарха, назначенного императором. Однако эта политика не нашла поддержки внутри церкви и страны, и в 840-х гг. императоры отказались от нее окончательно.

Во время чисто политических конфликтов императорам удавалось более легко добиться успеха. В 867 г. император Василий низложил ученого патриарха Фотия, поскольку его деятельность вызывала противодействие Рима и значительной части византийского духовенства. После ухода из жизни его соперника, патриарха Игнатия, Фотий был избран вновь, но в 886 г. его снова низложил император Лев VI, поскольку Фотий стал развивать теорию, согласно которой власть патриарха должна была стоять выше власти императора, что являлось прямым вызовом правителям империи. В XI столетии патриарх Михаил был низложен императором Исааком I (которому помог взойти на трон), после того как Михаил стал проводить слишком независимую политику. Та же участь постигла в 1282 г. высоко одаренного патриарха Иоанна, крупного дипломата и церковного политика, после кончины его покровителя Михаила VIII, поскольку этот патриарх выступал за союз с западной церковью, не принятый тогда властью.

Попытка Фотия пересмотреть взаимоотношения между патриархами и императорами отражала реальные изменения, произошедшие после эпохи иконоборчества. Авторитет патриархов, по крайней мере, в вопросах нравственности, в ту пору действительно возрос, и они нередко пытались активно вмешиваться в личную жизнь императоров, прежде всего в вопросах о браках и разводах. Например, патриарх Сергий отказывался признать законность брака императора Ираклия с его племянницей, но император убедил патриарха снять свои возражения. Патриарх Тарасий отказывался признать новый брак Константна VI, который развелся с женой, чтобы жениться на любовнице, но император угрожал вернуться к иконоборчеству, и патриарх смирился с этим браком. Хотя Тарасий проиграл, это столкновение стало предвестником новых аналогичных конфликтов. Патриарх Игнатий, обвинявший в супружеской измене дядю императора Михаила, предпочел не смириться и лишился сана. Затем патриарх Николай I отказался признать четвертый брак императора Льва, и хотя был низложен, но впоследствии вернулся к власти и выступил с осуждением своих противников. В 960-х гг. патриарх Полиевкт решительно отверг идею императора Никифора II о том, что солдаты, погибшие в боях с нехристианами, должны расцениваться как мученики, и императору пришлось от нее отказаться. Тот же патриарх настоял на том, чтобы император Иоанн I удалил от себя и выслал свою любовницу, вдову убитого императора Никифора, за соучастие в заговоре; Иоанну пришлось просить прощения и покаяться перед патриархом, чтобы тот согласился короновать его.

В этот период конфликты чаще кончались успехом для императоров, чем для патриархов. В IX–X вв. четверо патриархов, Игнатий, Фотий, Николай и Ефимий, были низложены за отказ подчиниться воле императора; при этом все четверо были признаными авторитетами в делах церкви и вопросах богословия.

Немаловажной частью сложных взаимоотношений между императорами и патриархами был ритуал покаяния, когда императоры, добровольно или по принуждению, каялись перед патриархами в совершенных грехах. И хотя императоры часто одерживали сиюминутные победы, было немало случаев, когда патриархам в дальнейшем удавалось организовать эффективное противодействие воле императоров, о чем уже говорилось.

К этому следует добавить, что взаимоотношения между церковью и государством прошли определенную историческую эволюцию. Территория, реально контролируемая императорами и патриархами, менялись от эпохи к эпохе. До конца VII столетия весь православный мир управлялся пятью патриархатами, которые справлялись с этим, несмотря на противодействие различных еретических движений. После утраты трех восточных патриархатов Константинополь контролировал только те земли, что и имперское правительство. Но с 860-х гг. православный мир стал быстро расширяться благодаря обращению в христианство болгар, а затем, в конце X столетия, — крещению Руси. Константинопольские патриархи не управляли этими землями как императоры, но их духовная власть оставалась там реальной даже в последние дни империи. По сути, патриархи в ту пору контролировали более обширное пространство, чем византийские императоры. В этих условиях патриархи считали даже своим долгом заниматься и политическими вопросами, поскольку весь православный мир ожидал от них морального и духовного руководства. Реально же их возможности влиять на политику зависели от исторической ситуации. В конце XIV в. императоры, конечно, не обладали реальной властью и авторитетом, которыми располагали их предшественники в X столетии.