Однако в начале V в. на сцене появилась новая христоло-гическая ересь: несторианство, названное так по имени основателя этого учения, антиохийского монаха Нестория, ученика Феодора Мопсуэстского. В 428 г. Феодосий II назначил Нестория епископом Константинопольским, но это назначение было враждебно встречено жителями города после того, как новый епископ публично стал проповедовать, что Деву Марию нельзя считать Богородицей (Theothokos). В городе начались демонстрации протеста. После того как римский папа Целестин по просьбе Кирилла — епископа соперничавшей с Константинополем Александрии — проклял Нестория, императора уговорили созвать Третий вселенский собор. Согласно теологии Нестория, божественное и человеческое начала в Христе не слиты воедино, но только сопряжены, и потому Марию следует именовать «Christothokos» — Хрис-тородицей, чтобы не смешивать божественное и человеческое начала. Несториан несправедливо обвиняли в том, что они проповедуют наличие в Христе двух ипостасей, божественной и человеческой, а следовательно и двух сыновей, Божьего и человеческого. В 431 г. Эфесский собор осудил несторианство, которое затем создало собственную церковь и в 486 г. провело свой собор в Селевкии (Ктесифоне) в Персии. Укрепившись в течение последующих столетий в Ираке и Иране, несторианство распространилось по Северной Индии и Центральной Азии вплоть до Китая; оно сохранилось и до нашего времени (особенно в Северном Ираке), где известно сейчас под именем Ассирийской церкви Востока.

Хотя в V в. несторианство было вытеснено из византийского государства, споры и противоречия, вызванные его появлением, привели к куда более серьезному расколу внутри христианства, связанному с появлением новой ереси — монофизитства, известной под этим именем только с VII в., но представляющей собой реакцию на некоторые доводы Нестория. В основу ее снова лег вопрос о соотношении божественного и человеческого начал в личности Христа. Среди двух школ доминировала наиболее радикальная, развивавшаяся неким Евтихием, согласно учению которого божественная природа Христа предшествовала человеческому началу и доминировала над ним (отсюда возникло и само слово «монофизитство»: «моно» по-гречески «один», а «физис» — «природа»). В 449 г. Эфесский собор, проходивший в обстановке насилия и угроз со стороны некоторых монахов, поддерживавших Евтихия, принял монофизитский символ веры. Однако позднее, в 451 г., расширенный Халкедонский собор отверг монофизитство и восстановил ортодоксальное Никейское вероучение, получившее название православного. Политические результаты этих расколов сказались на государственной жизни как столицы империи, так и отдельных провинций. В Египте и Сирии стало распространяться монофизитство, особенно среди сельского населения, и это время от времени приводило к суровым гонениям. Политика же императоров могла меняться от царствования к царствованию, внося известную смуту в церковные и государственные дела. Стремясь сгладить эти противоречия, император Зенон (474–491) издал Henotikon — указ о единстве церкви. Анастасий поддержал монофизитство, Юстин I — решения Халкедонского собора, а Юстиниан — отчасти под влиянием императрицы Феодоры (ум. в 548 г.) — колебался между этими двумя учениями. Феодора оказывала поддержку, в том числе финансовую, сирийским монофизитам и их вождю епископу Якову Барадею (имя которого впоследствии перешло на Сирийскую яковитскую церковь; подобная церковь (коптская) существует и в Египте). Монофизитской стала и Армянская Апостольская церковь. Определяющее значение повсюду имели в первую очередь традиционные верования, однако нетрудно предположить, что свою роль играли и сепаратистские настроения, особенно в связи с предпринимавшимися время от времени гонениями против еретиков.

Помимо упомянутых, в указанное время существовали и другие влиятельные ереси, с которыми приходилось считаться императорам. Так, в Северной Африке была широко распространена ересь донатизма, возглавлявшаяся пуританской сектой, отказавшейся признать законным рукоположение карфагенских епископов. Поскольку Рим поддерживал церковные власти, сепаратистские настроения немедленно обострились, и ересь эта, хотя и имевшая немногих последователей, просуществовала в регионе до VII столетия. Среди прочих ересей следует назвать распространившуюся в IV в. из Месопотамии и Сирии ересь мессалианства с ее грубо материалистическим представлением о Боге и грехе, осужденная Эфесским собором 431 г. В основном на западе было распространено пелагианство, названное так по имени основателя — британского монаха Пелагия. Ересь эта неоднократно осуждалась — в 411 и 418 гг., и, наконец, на Эфесском соборе 431 г. Эти ереси не имели долгосрочных исторических последствий, но в борьбу с ними то и дело втягивались императоры, что способствовало укреплению связей церкви и имперского правительства.

Хотя на территории Западной Римской империи образовался ряд варварских королевств, имперская власть в Константинополе продолжала считать утраченные земли своими и порой видела в западных монархах своих законных вассалов, управляющих делами Рима в упомянутых провинциях до тех пор, пока Константинополь не сумеет восстановить полное административное и военное присутствие. В особенности это касалось остготов (ариан и потому еретиков) при их вожде Теодорихе, который был воспитан в Константинополе и отправлен Зеноном на борьбу с узурпатором Одоакром, свергшим последнего западного императора Ромула Августула и объявившим себя обладателем имперской власти. Теодорих добился успеха и, хотя формально он правил от имени императора, смог создать сильное государство в Италии. Аналогичным образом Кловис, вождь салических франков в северной Галлии, в конце V в. вполне осознанно принял ортодоксальное никейское вероучение, чтобы получить признание и поддержку папы и императора; он также утверждал, что представляет римскую власть по крайней мере номинально, пользуясь своими ортодоксальными религиозными воззрениями как оправданием войны со своими соседями-арианами (еретиками), в частности, населявшими южную Галлию вестготами.

Таким образом, императоры видели в землях Запада не утраченные, а временно вышедшие из-под их контроля территории. При Юстиниане эта идея легла в основу нескольких победоносных войн по возвращению потерянных земель, целью которых было восстановление Римской империи в том прежнем размере, какой имела она во времена своего наибольшего величия. Естественно, в целом этот план являлся излишне амбициозным — с точки зрения необходимых для его осуществления ресурсов, — чтобы иметь какие бы то ни было шансы на успех, однако Юстиниан подошел очень близко к его воплощению в жизнь. Проблемы, возникшие после его смерти в качестве результата проводившейся политики, доказывают нереальность поставленной цели.

После ухода из жизни в 526 г. Теодориха Остготского между его преемниками началась борьба за власть. Приблизительно в это же время раздоры начались в Северной Африке — в королевстве вандалов, образовавшемся в первой половине V в. после того, как вандалы форсировали Рейн, прошли через Галлию и Испанию и, наконец, переправились через Гибралтар в Северную Африку. По прошествии нескольких лет их короли создали могущественное королевство, обладавшее значительными ресурсами, и построили флот, с помощью которого начали препятствовать судоходству, совершать набеги на Италию и угрожать прочим частям империи. Политические конфликты и усобицы предоставили возможность вмешательства Юстиниану, который воспользовался ею, и в 533 г. его полководец Велиза-рий, высадившийся в Северной Африке с небольшими силами, провел молниеносную кампанию, разгромил две армии вандалов и взял их столицу, Карфаген, чем окончательно сломил сопротивление противника. Этот успех вдохновил имперскую власть, и в 535 г. под предлогом необходимости вмешаться в дела остготов, чтобы навести у них порядок, византийские войска оккупировали Сицилию, а затем и Южную Италию. Готы не смогли оказать действенного сопротивления, и византийцы взяли их столицу Равенну, а короля Витигиса пленили и отправили в Константинополь. Казалось, война была выиграна.