Твердая позиция, энергия и упорство нового папы привели к тому, что побудили курию к энергичным действиям. Вместе с тем очень скоро его решения и поведение отвратили от него симпатии, которые многие немецкие прелаты питали к его предшественнику. Его упрекали в чрезмерной резкости и вспыльчивости, в принятии мер, могущих в конце концов ущемить интересы епископов, и в отказе императору в прерогативах, которые всегда за ним признавались, не учитывая того, насколько бесполезен возврат к открытой борьбе. Похоже, что так стал думать и Конрад фон Виттельсбах, переставший быть главным противником Барбароссы среди германского духовенства.
Узнав об этом избрании и о позиции папы в отношении Фольмара, Штауфен по своему обыкновению без колебаний взял на себя инициативу, убежденный, что на сей раз у него в руках все козыри и даже право в некоторых вопросах находится на его стороне. Из Тосканы он прибыл в Ломбардию. 27 января 1186 года торжественно отпраздновал в Милане брак Генриха VI с Констанцией Сицилийской к большой радости жителей и руководства коммуны, крайне польщенных оказанной им честью. Чтобы не обращаться с просьбой к архиепископу города, а именно — к папе, — он попросил патриарха Аквилеи сочетать браком супругов и в то же время официально пожаловать его сыну королевскую корону Италии. Это был прямой удар по авторитету Урбана III, у которого не спросили ни мнения, ни совета.
Глава церкви отреагировал жестоко. Он тут же попросил Кремону возглавить на полуострове движение против Фридриха I. Папа связался с немецкими епископами, которые когда-то жаловались на слишком давящую власть монарха в вопросах регалий и имущества умерших священников, и стал подстрекать их к сопротивлению. Его призыв встретил благоприятный отклик не только Фольмара, но также Филиппа Гейнсбергского, архиепископа из Кельна, которому пожалование в 1180 году герцогства Вестфальского немного вскружило голову; имея собственные амбиции в Северной Германии, он плохо переносил императорские вмешательства. 17 мая 1186 года папа сделал решающий жест, который его противник расценил как объявление войны: он лично ввел Фольмара в сан архиепископа Трира, что противоречило германскому обычаю и Вормсскому конкордату, но — с некоторыми оговорками — соответствовало решениям недавнего церковного собора в Латерано, при том, что Рудольф фон Вид, соперник, инвестированный коралем, смещен не был. Более того, он назначил Фольмара и Филиппа Гейнсбергского папскими легатами в Германии.
Ответ был быстрым и резким. Он напоминал прежние методы Фридриха и доказывал, что Фридрих на седьмом десятке жизни и тридцать пятом году правления, удивительно сохранил свой молодой задор. Верона была тут же блокирована, все подступы к ней отрезаны, альпийские перевалы взяты под наблюдение, чтобы папа и курия не могли сообщаться ни с кем извне. Императорская агентура даже заявила, что любого посланца, которого поймают, предадут пыткам и смерти. В то же время очень четкие инструкции были даны Генриху VI, который с небольшим войском должен был вступить в Церковные области и действовать в Центральной Италии самым решительным образом в интересах императора и империи.
В июне молодой король завоевал всю северную часть патримонии; он добился обещания верности от Перуджи за счет пожалования ей привилегий, которые, в свою очередь, обеспечивали ему власть в городе; подчинил Витербо и Нарни; отдал Сутри в ленное владение некоему римскому сеньору, как если бы обладал правом сюзерена. В Тоскане с помощью своих должностных лиц он еще больше увеличил немецкое засилье в городах, где могли произойти волнения: Сиене были предъявлены суровые требования, она должна была вернуть «владения и права, принадлежавшие графине Матильде». Более чем когда-либо владения Матильды контролировались Штауфенами и стали для них способом удерживать область в подчинении, а папство — в своих руках.
Что касается кремонцев, которых Урбан III подстрекал к мятежу, то Фридрих начал угрожать им военными репрессиями, однако скоро дал им понять, что никогда не считал их непримиримыми врагами. В соответствии с программой, которую он утвердил через мирный договор в Констанце, и стремясь сохранить равновесие между коммунами, договариваясь одновременно с умеренными гвельфами и гибеллинами, он предложил кремонцам прощение на почетных условиях. 8 июня Кремона обязалась не воевать против Милана, Пьяченцы и Кремы, вернуть императору местности Луццара и Гасталла и выплатить довольно внушительную контрибуцию, которая и была им получена 29 июня. 6 августа Фридрих вернулся в Германию, а Генрих VI, осадивший в то время Орвьето, выказал ему королевскую милость.
Ввиду этих предприятий Урбан III 18 июня направил германскому епископату письмо с жалобой на императора, которого обвинил во вторжении в Патримонию Св. Петра, в несправедливом подозрении в адрес папы, якобы толкавшего кремонцев к мятежу через их епископа Сикара, в разграблении пьемонтских церквей (Ивреа и Турин) и в ущемлении духовенства и городов Тосканы. Все эти деяния говорили об отказе от сотрудничества с папством и следовании Божьему завету, требовавшему: «принудительная власть двух мечей против хитрости неправедных и во спасение христианского народа». Это послание фактически призывало немецких прелатов сделать монарху внушение и как бы поощряло их к сопротивлению.
Фридрих, которому донесли о происках некоторых папских агентов, не был расположен терпеть поведение Фольмара и был обеспокоен позицией, занимаемой Филиппом Гейлсбергским. По этой причине, уверившись, что сможет удержать в руках Италию после примирения с Кремоной и воспрепятствовать там любым инициативам папы, он вновь перешел Альпы и тут же связался с самыми влиятельными князьями. В конце ноября (1186 год) он созвал ассамблею в своем дворце в Гельнгаузене для обсуждения церковных проблем и ответа германских прелатов на июньское папское послание. Ему не составило труда до начала ассамблеи убедить этих людей в своих добрых намерениях, обратив их внимание на то, что его деятельность в Италии была чисто политической, а в деле с выборами в Трире и с посвящением Фольмара право и обычай нарушал не он.
Епископы, желавшие прежде всего согласия и глубоко взволнованные действиями папы, порывавшего с программой, выработанной на переговорах в Венеции, и старавшегося вызвать беспорядки в Германии, без колебаний стали на сторону императора. Архиепископ Магдебургский Вихман, на которого, видимо, рассчитывал Урбан III, оказался во главе тех, кто осудил действия папы и составил ему очень эмоциональное письмо. Глава церкви был обвинен во «враждебности по отношению к императору», ему ставились в вину его интриги в Милане и с кремонцами, а особенно его вмешательство в Трирское дело, где он пренебрег старинными обычаями, запрещавшими «каждому епископу германского королевства принимать посвящение до получения регалий от императорского скипетра». Наконец, папу попросили прислушаться к самым мудрым советам и трудиться ради мира между империей и церковью, так как папа должен знать, что епископы обязаны «сохранять и поддерживать право и авторитет империи клятвой, которую они принесли императору и его прославленному сыну, августейшему королю Римлян». Как и в 1159 году, немецкое духовенство не представляло, что можно восстать против их государя; ну, а он, в отличие от той, прежней ситуации, на этот раз имел на руках все козыри.
Оставалось одно осложнение: Филипп Гейнсбергский не прибыл в Гельнгаузен и не скрывал своего протеста. Урбан III рассчитывал на него. Поэтому 19 февраля 1187 года он ответил на письмо епископов, не касаясь германских проблем и обойдя молчанием Фольмара, но сделав упор на действиях в Италии Штауфена, отказавшегося возвратить конфискованные владения святого престола и не выказывавшего намерения упрочить «мир и согласие между Церковью и империей». То есть он не уступал и ждал дальнейшего развития событий.
В это время позиция, занимаемая архиепископом из Кельна, являлась вызовом для императорской власти; он не только продолжал территориальную экспансию в районе нижнего Рейна за счет некоторых королевских областей, не только способствовал экономическому развитию Кельна в ущерб соседним королевским городам, но вмешивался в вопросы, которые его не касались (например, дела Нижней Лотарингии), и систематически собирал вокруг себя всех тех, у кого были какие-нибудь причины противиться Фридриху: непосредственно подчиненных ему епископов. Фольмара. герцога Брабантского (лично заинтересованного в Лотаринской проблеме), ландграфа Людовика III Тюрингского и графа Адольфа Гольштейнского, у которого были разногласия с Бернхардом Анхальтским, поддерживавшим императора. Более того, он установил связь с Генрихом Львом, вернувшимся в 1185 году из ссылки, и с королем Дании, оспаривавшим у Германского королевства балтийское побережья (Померанию). На Пасху 1187 года он даже осмелился председательствовать в Кельне на многолюдном собрании, в котором участвовали его союзники и вооруженные войска.