Барбаросса, 29 ноября 1186 года провозгласивший на ассамблее в Нюрнберге новое мирное уложение, чтобы сделать упор на своем неоспоримом праве, собрал небольшую армию и вошел в Лотарингию, дабы положить конец интригам, которые в связи с вопросом наследования графства Намюрского, ставшего вакантным, могли обернуться против него. Тотчас же его прибытие пресекло попытки кое-кого из знати и прелатов поднять против него мятеж. Фольмар, перенесший свою резиденцию в Мец, потому что его соперник Рудольф сидел в Трире, еще с февраля созвал в Музоне синод, на котором отлучил от церкви епископов из Туля и Вердена, отказавшихся его признать, а теперь бежал в Реймс, в земли графа Генриха Шампанского. Тогда император связался с Филиппом Августом, в чьих интересах было присматривать за шампанским кланом. По осуществлении этого маневра он вернулся на восток с намерением проехать через Кельнское архиепископство.

При этом известии Филипп Гейнсбергский немедленно начал открытое сопротивление. Он приказал разрушить мост через Мозель, по которому должно было пройти королевское войско, и стал готовить свой город к обороне. Фридрих созвал князей в Вормсе и перед их ассамблеей в августе обвинил архиепископа в оскорблении его величества, архиепископ же должен был предстать перед ассамблеей в Страсбурге на Рождество. Этого оказалось достаточно, чтобы перетянуть на свою сторону большинство его союзников, еще не забывших процесс и низвержение Генриха Льва. Так что Штауфен торжествовал: в Германии, как и в Италии, королевская власть была сильна и пользовалась почетом. Урбан III оказался изолированным более, чем когда-либо.

Тогда император довел до его сведения, что он расположен возобновить переговоры и даже встретиться с ним. С этим он отправил в Верону посольство, но папа при этом известии решил порвать отношения окончательно и отлучить Штауфена от церкви. Чтобы не давать аудиенции представителям императора, он уехал из Вероны в Венецию, где собирался провозгласить свое решение об отлучении. Но по пути он умер в Ферраре 24 октября 1187 года.

В Священной коллегии в то время существовала умеренная группа, которая одобряла действия Урбана III в начале его понтификата, когда он отстаивал свои принципы в Италии, но она никогда не одобряла его действий в отношении Фольмара и связей с Филиппом Гейнсбергским. К тому же, многие кардиналы желали примирения, чтобы иметь возможность организовать крестовый поход. В общем, все осознавали изоляцию святого престола и тупик, в который его завлек покойный папа. Поэтому они единогласно поддержали Альберто да Морра, выходца из Беневенто, человека большой святости, бывшего преподавателя права из Болоньи, ставшего кардиналом благодаря Адриану IV, затем канцлером римской церкви при Александре III, чьим другом и наперсником он был в 1175–1181 годах.

Став после выборов Григорием VIII, этот папа решил вернуться в Рим и уладить спорный вопрос, который противопоставил папство Штауфену. Он написал Фридриху, что не собирается наступать на права империи, и добавил, что «не пристало папе и кардиналам брать в руки оружие и сражаться, но служить Богу молитвой» (Ш.Э. Перрен). В подтверждение своих благих намерений в качестве уточняющих предложений он обратился в тех же выражениях к Генриху VI, которого назвал «избранным императором Римлян», отменил вердикты, провозглашенные Фольмаром в отношении епископов из Туля и Вердена.

К несчастью, 17 декабря он умер в Пизе, по пути в Рим. Впрочем, эта кончина ничего не изменила в ситуации, так как кардиналы дали ему в преемники римлянина Паоло Сколари, кардинала-епископа из Палестины, избравшего себе имя Климента III, который сразу после избрания торжественно объявил о крестовом походе и обратился к Генриху VI, чтобы тот сопровождал его в Рим. Наступила оттепель.

Все эти недели Фридрих не отступал от своей цели — поддержания мира и порядка в Германии. В том же декабре 1187 года (некоторые историки считают, что это могло быть и в июле, во время набега императорской конницы в Лотарингию) он дошел до Мааса, между Ивуа и Музоном, и там встретил Филиппа Августа. Оба короля поклялись друг другу в дружбе, укрепив тем самым альянс против Плантагенетов и Вельфов, заключенный еще во времена Людовика VII. Филипп обязался изгнать Фольмара из Реймса, а Барбаросса пообещал ему передать графство Намюр Бодуэну де Эно, тестю короля Франции, а не Генриху Шампанскому, заявившему свои претензии на это наследство. Обещание это должно было быть выполнено в следующем году на ассамблее в Эрфурте, когда Бодуэн V получил в лепное владение от монарха все эти земли, а также титул маркиза Намюрского.

В это время Климент III был занят только своим возвращением в Рим. В начале 1188 года он двинулся в путь с большим эскортом, которым командовал лично Генрих VI. В феврале папа вступил в город. Сначала он в разговорах с представителями императора непрестанно демонстрировал свое желание урегулировать все насущные вопросы до организации крестового похода. В начале весны было достигнуто принципиальное согласие, а главные переговоры должны были продолжаться в течение нескольких месяцев до составления официального документа. И действительно в это время между папством и империей восстановился мир. В Германии было то же самое, так как 27 марта Филипп Гейлсбергский, не явившийся на ассамблею в Страсбурге (Рождество 1187 года), но не получивший никакой поддержки от святого престола, подчинился решениям ассамблеи в Майнце. Он попросил прощения и поклялся, что никогда не хотел оскорбить императора. Тот простил его и не вынес ему никакого приговора, если не считать наложения штрафа на население Кельна.

Эта щедрость была не только акцией политического деятеля и жестом доброты со стороны сердечного человека. Это было, главным образом, решение прощающего христианина, потому что на этой торжественной ассамблее, где он отказался сесть на трои, чтобы предоставить место председателя ассамблеи Христу — то было «Христово собрание», — он публично принял крест. Фридрих хотел быть уверенным в победе, хотя решение принял много месяцев назад.

В конце марта 1188 года, благодаря его твердости и дипломатии, благодаря принципам и средствам, определенным в 1180 и 1183 годах, он достиг успеха на всех фронтах. В Германии царил порядок, попытка нео-Вельфов с треском провалилась, королевская власть, опирающаяся на феодальные основы, была прочна. В Италии ни один город, ни один сеньор не выступали против него. Его сын Генрих VI, король Германии и Италии, пользовался всеобщим уважением. Сам папа был склонен к сотрудничеству. Почти все пункты программы, намеченной в начале его царствования, были выполнены.