Те же казаки, вероятно, участвовали и в другом нападении, когда в Астрахань по Волге отправился дьяк Елизар Ржевский. Он должен был доставить в юрод деньги и различные запасы для гарнизона. До конечной точки своего похода Ржевский не доплыл. По пути ею перехватил отряд воровских казаков. Царские ушкуи были захвачены и ограблены. Ржевский и некоторые из ею подчиненных чудом избежали гибели. Сознавая, что за потерю казны и припасов его ждет царская опала, дьяк решил отбить награбленное. Спешно собрав стрелецкий отряд, он отправился в погоню. Однако в многочисленных притоках и заливах «воровские казаки» чувствовали себя более уверенно, чем стрельцы. Грабителей поймать так и не удалось.

Тем не менее правительство не могло оставить безнаказанным столь вопиющий случай грабежа царских подданных. На поиск «воровских казаков» Иван IV отрядил из Казани воевод Алексея Ершова, Богдана Постникова и стрелецкого голову Даниила Хохлова с детьми боярскими, стрельцами и казаками. Они получили приказ отыскать и уничтожить всех «воровских казаков», которых смогут изловить. С тем же заданием на Дон были отправлены Даниил Чулков и Василий Хрущев с казаками. Дьяку Ржевскому было предписано с казаками двигаться от Азова вверх по течению Дона навстречу отряду Чулкова и Хрущева с тем же заданием О результативности столь масштабной операции говорить сложно. Однако то, что разбои на Дону и Волге не прекращались, говорит о том, что полностью разгромить воровских людей царских служителям не удалось.

Помимо русских купцов с 1558 года к торговле с Персией через Волгу активно подключились англичане. Несмотря на все опасности, они довольно успешно освоили этот торговый путь. Им не раз приходилось отбиваться от разбойников. 8 мая 1578 года англичанам пришлось выдержать целое морское сражение с казаками, которые внезапно напали на торговый караван. Поскольку силы были неравны, англичане были вынуждены отдать свое судно с товарами в обмен на сохранение жизни. Столь дерзкое нападение вызвало гнев царя, и астраханскому воеводе пришлось отправить 70 лодок под предводительством стольника Ивана Мурашкина со стрельцами для того, чтобы изловить разбойников. Только после этого англичане получили обратно свои товары, которые оценивались в баснословную для того времени сумму от 30 до 40 тысяч фунтов.

В числе тех казаков, которые ушли с Дона на Волгу для грабежа, был и будущий покоритель Сибири атаман Ермак Тимофеевич. Зная от надежных людей, что против него и его товарищей царь готовит войско, он 28 августа 1578 года бежал с Волги на Каму и поступил на службу к купцам Строгановым. Ермак привел с собой 6000 казаков, с которыми он грабил судна на Волге и Каспии. Строгановы, понимая, что столь многочисленную ватагу необходимо занять делом, обеспечили их припасами и направили в Сибирь для покорения местных племен. В 1579 году казачий отряд двинулся на реке Чусовои, а после зимовки дальше в Сибирь. Поход оказался успешным. В 1581 году Ермак разбил войска хана Кучума и занял его столицу, объявив его ханство частью Русского государства.

Из числа тех, кто грабил купцов на Волге, часть казаков разошлась в разные стороны. Один отряд в числе 30 человек под командованием атамана Василия Гугнина поселился на реке Яик (Урал) в 420 верстах от устья. Изначально они промышляли рыбной ловлей, но постепенно увеличив свои силы и построив морские суда, стали выходить в море для разбойного промысла. Они организовали свои станы в самом устье реки для удобства своего промысла. В 1584–1586 годах на Яике скопилось до 600 волжских казаков со своим атаманом Матюшкой. Свою силу они продемонстрировали довольно быстро. В 1586 году отряд конных черкасов из 82 человек напал на Волге на отряд атамана Рязанцева и убили 20 судовых казаков, потеряв при этом атамана Марка и 10 человек. Потом они напали на рыбаков и два купеческих струга, плывших из Астрахани с рыбой.

Голландский путешественник Исаак Масса так описывал происшествие с персидским посольством, направлявшимся в Москву примерно в 1597 году. Посол, ехавший из Персии в Московию, был ограблен «степными казаками». Поскольку, с точки зрения русских властей, нападение на дипломатов считалось страшным преступлением, разбойников схватили, а их атамана посадили живьем на кол. Однако это отнюдь не означает, что так было всегда в подобных случаях.

Учитывая отдаленность от Москвы, местная администрация не слишком торопилась пресекать деятельность воровских казаков. В ряде случаев астраханские власти вели себя не лучше, чем разбойники. Немец-опричник Генрих Штаден, служивший при дворе Ивана IV, описывал произвол русских чиновников по отношению к иностранным купцам. Когда английские купцы, которые направлялись из Персии в Холмогоры, достигли Волги, к ним явился русский станичный голова со своими стрелками, якобы в качестве провожатого и охраны от нападения татар и черемисы. Англичане с радостью их приняли. Когда голова со стрельцами вступил на борт английского корабля, нагруженного восточными пряностями и дорогими шелковыми тканями, русские набросились на англичан и ранили нескольких из них. Завладев судном, они заставили шкипера и матросов отвести корабль в неизвестное место, где похитили часть груза.

Не меньшей проблемой русского государства на Каспии в конце XVI века были грабежи русских караванов со стороны шемаханского хана Шемхала Тарковского, который контролировал весь Дагестан и кумыцкие степи. Уже в 1590 году русские войска оттеснили Шемхала за реку Копсу, устроив здесь город Копе. Для их поддержки царь приказал астраханскому воеводе послать туда казаков — 500 яицких и 1000 волжских. За свою службу им полагалось хлебное и денежное жалованье. К сожалению, результаты их деятельности неизвестны, но укрепиться на завоеванных землях русская армия надолго не смогла.

Таким образом, в течение XVI столетия Русское государство существенно расширило свои территории. Благодаря завоеванию Казанского и Астраханского ханств границы Русского государства отодвинулись на юг, позволив получить выход к Каспийскому морю для начала прямой торговли с Персией. В то же время донские и запорожские казаки начали предпринимать первые, пока еще слабо скоординированные, морские походы на Черное и Азовское моря, бросая вызов могуществу Османской империи.

Уже в XVI веке выявились все достоинства и недостатки казачьего войска, которые особенно четко проявились в морских походах. С одной стороны, и донцы и запорожцы позволили снять опасность дальнейшей турецкой экспансии в Причерноморье. Их дерзкие набеги заставили турок отказаться от дальнейших планов расширения своих владений и перейти к обороне уже имевшихся территорий. С другой стороны, отсутствие контроля за Дикими полем давало возможность запорожским и донским казакам безнаказанно совершать грабежи на Волге и Каспии, где ни русские, ни персидские власти не имели достаточных сил и средств для полного контроля за регионом «Воровские казаки» в XVI веке стали настоящей проблемой властей и перспективы роста торговли с восточными странами только осложняли положение, поскольку это привлекало все новые и новые ватаги с Днепра и Дона на Волгу и Яик.

Начало Смутного времени не могло не сказаться на положении казачества. Если Иван Грозный воспринимался казаками как олицетворение великодержавной власти, способной покарать и миловать, то отношение к Борису Годунову, занявшему престол по решению Земского собора, было иным. Он не воспринимался казачеством как законный царь. Гораздо более привлекательным являлся образ царевича Дмитрия, сына Ивана Грозного, с которым связывались надежды на дальнейшее улучшение жизни. Царь так же выражал свое недоверие казакам, запретив воеводам пускать их в новую крепость Царев-Борисов, созданную в низовьях Северского Донца в 1600 году.