Первый успех было решено закрепить новым походом к берегам Крыма. В конце июня 1647 года донские казаки снова отправились в морской поход на 33 стругах. К сожалению, на этот раз он оказался неудачен. На море между Таманью и Темрюком во время шторма разбило 16 стругов и выбросило обломки на «Черкесскую сторону». Многие выбравшиеся на берег казаки были убиты татарами и черкесами или взяты в плен. Кроме того, часть стругов пропала в море. Подобрав переживших шторм, казаки направились обратно в устье Дона. Однако здесь их ждала новая угроза. На Мертвом Донце их поджидали заранее собравшиеся здесь объединенные силы турок, крымских и ногайских татар, а также отряды черкесов. Казаки решили пробиваться в свои земли с боем. Понеся большие потери, остатки отряда пробились к Черкасскому городку. После долгих боев обратно возвратились лишь 12 стругов.
Разгром Донского войска крымско-татарские силы решили использовать в своих целях. Поскольку было очевидно, что казаки не смогут быстро восстановить свои потери, 19 июля в качестве ответной меры к Черкасскому городку подошли объединенные турецко-татарские силы. Азовский наместник Мустафа-бей подошел с конными отрядами крымских и ногайских татар и черкесов. 28 июля по Дону к городку подошли силы Алей-аги с янычарами, артиллерией и припасами на 280 судах. Все эти силы предназначались для полного искоренения казачества на Дону до самого Воронежа. Началась осада Черкесского городка. Пока одни казаки отбивали приступы на городских стенах, другие атаковали турецкий флот, отбив множество вражеских судов. В результате, не добившись своей цели, турки и татары сняли осаду и спешно возвратились в Азов.
Осада Черкасского городка дорого обошлась донским казакам. Несмотря на победу, людские потери были слишком велики, а надежды на набранных в центральных районах России Жданом Кондыревым добровольцев не оправдались. В Черкасском городке осталось лишь 1000 казаков, не хватало хлеба и боеприпасов. Несмотря на то, что основные силы турок и татар отошли от города, отдельные отряды азовцев численностью в несколько сотен человек постоянно осуществляли набеги на окрестности Черкасского городка.
Несмотря на то, что набег турецко-татарских сил был отбит, казаки оказались в весьма сложной ситуации. Особенно это касалось запасов пороха и свинца, что заставило отправить 6 февраля 1648 года войсковую челобитную Алексею Михайловичу, с просьбой как можно скорее прислать на Дон боеприпасы, без которых оборона донских земель была невозможна. Только после того как у Перекопа были захвачены языки и из Азова сбежали казаки, захваченные на Донце, стало ясно, что ждать нового похода крымцев и азовцев на Дон не стоит. Это дало время казакам для восстановления своих сил и боеспособности войска.
Государство откликнулось на просьбу о помощи, направив весной 1648 года на Дон большое количество продовольствия и боеприпасов, а так же набрав большое число добровольцев для службы на Дону. Хотя качество набранных для обороны Дона солдат было далеким от совершенства, а многие из них не горели желанием сражаться турками татарами, это позволило укрепить казачьи земли.
В июне 1648 года донские казаки возобновили морские походы к берегам Крыма. Собрав отряд из трех сотен добровольцев, они направились к Тонким водам на восьми стругах. Нападение на «Урмаметовы улусы» произошло как раз в тот момент, когда татары возвращались из набега на литовские земли с захваченными пленными. Донцы, перебив около пятидесяти татарских воинов, отбили у татар около тридцати поляков, которых забрали с собой на Дон. Здесь им дали право выбирать — оставаться в войске и поступить на службу или возвращаться обратно на Родину. Кроме того, казаки захватили пять языков из числа крымских татар. От них они и узнали о том, что крымские татары не будут нападать на русские земли, поскольку на Украине собралось большое польское войско и запорожцы просили оказать им помощь в начавшейся войне с Речью Посполитой. Осенью того же года казаки снова ходили на море под Темрюк на 16 стругах по 30 человек в каждом. Они захватили 50 пленников, которых впоследствии отпустили за выкуп.
Пока русские власти пытались усилить свои позиции на юге и получить выход к морю, обострились проблемы с западными соседями. Причиной стало начало освободительной войны украинского народа против Речи Посполитой. Переломным моментом в истории Запорожской Сечи стало восстание, поднятое в 1647 году Богданом Хмельницким. У него за плечами было бурное прошлое. Он участвовал в Хотинской войне 1620–1621 годов и попал в плен. Сбежав от турок (по другим данным, был выкуплен родственниками), он присоединился к реестровому казачеству. Участвовал в походах и, в конечном итоге, дослркился до сотника. В январе 1648 года Б. Хмельницкий был избран гетманом и, собрав небольшой отряд, напал на небольшой польский гарнизон, находившийся в Запорожской Сечи. После этого к восставшим стали примыкать все больше новых бойцов. В качестве довольно странного союзника Б. Хмельницкий привлек крымского хана Ислам-Гирея.
Весной 1648 года поляки двинули войска против казаков, но в битве под Желтыми Водами и Корсунем были наголову разбиты. Ситуацию усугубило то, что 20 мая 1648 года умер король Владислав IV. Начался период междуцарствия и анархии, что позволило казакам еще больше укрепить свои позиции. В 1649 году, по договору Богдана Хмельницкого с Турцией, казакам дозволялся свободный проход во все гавани Турции. Отныне они не могли просто и безнаказанно грабить своих исконных противников — турок и татар. С другой стороны, это позволило запорожцам впервые за долгий период времени спокойно торговать в морских портах Черного и Эгейского морей.
Таким образом, запорожцы больше не были стеснены в выходе в Черное море, а политика Богдана Хмельницкого, направленная на союз с Крымом, способствовала прекращению морских походов запорожских казаков против татар и турок. Наиболее непримиримая часть украинского казачества, недовольная этим решением, перешла на Дон, а некоторые, возможно, направились дальше к Волге и Яику, как это уже не раз случалось ранее.
Летом 1649 года донские казаки снова отправились на море с небольшими силами: 300 человек на 10 стругах. Они направились к берегам Крыма, где разгромили одно из сел в окрестностях Кафы, освободив из плена около 300 «литвинов», после чего вернулись обратно. В том же году на Дону появились посланники Богдана Хмельницкого, которые просили военной помощи для борьбы с поляками. Однако донские казаки не посмели предоставить ее своим товарищам, не имея разрешения от царя. Кроме того, донцам не нравилось, что им придется биться вместе с крымчаками, с которыми буквально недавно они воевали.
После ряда побед и поражений войска Хмельницкого оказались в крайне тяжелом положении. В 1653 году из-за угрозы перехода крымских татар на сторону поляков, гетман был вынужден обратиться за помощью к царю Алексею Михайловичу. Земский собор 1653 года принял решение об оказании помощи украинским казакам. 8 января 1654 года на Переяславской раде запорожские казаки приняли решение войти в состав Русского государства, и уже осенью 1654 года Россия вступила в войну с Польшей. В результате длительной русско-польской войны 1654–1667 годов восточная часть Украины была присоединена к России.
Пока шла война на Украине, донцы продолжали совершать набеги на турецкие владения. В 1651 году, пользуясь тем, что турецкий флот был занят войной с Венецией, 900 казаков на 12 стругах вышли в море и внезапно напали на город «Каменный Базар» недалеко от Синопа. Захватив 600 пленных, они благополучно ушли от погони и вернулись на Дон.
В июне 1652 году около тысячи донских казаков на 15 стругах во главе с атаманом Иваном Богатым снова ходили в морской поход. На этот раз он оказался очень дальним. Казаки добрались до предместий Константинополя, разграбив города и села на Румелийском побережье. Но на обратном пути им преградили дорогу 10 турецких галер. В завязавшемся сражении казаки не только смогли отбить нападение врага, но и нанести ощутимый урон врагу, заставив его отступить. После этого все 15 стругов благополучно вернулись на Дон. Помимо прочей добычи у казаков оказалось и около полутора сотен пленных. Интересен тот факт, что среди казаков был боярский сын Прибытков, который ранее был отправлен царским правительством на Дон для сопровождения жалованья Донском войску.