В 1689 году русская армия совершила поход на Крым. Приняли в нем участие и казачьи отряды. Так, около тысячи казаков на 45 стругах во главе с атаманом Зотом Камышниковым прошли Азов, а затем направились к Темрюку, уничтожив множество турецких и татарских селений. В августе того же года 690 казаков под командованием атамана Тимофея Долгого, тайно пройдя через Казачий Ерик, вышли в море и напали на селения в устье Кубани. На обратном пути казаки встретили в Азовском море два судна со 150 янычарами, шедшими из Азова в Стамбул. Казаки в абордажном бою овладели судами. 80 янычар было убито, остальные попали в плен и были доставлены в Черкасск.

В 1694 году тысяча донских казаков на 65 стругах под командованием атамана Бориса Данилова снова напали на Темрюк и Кызылташ. На обратном пути они столкнулись с турецкой эскадрой, состоявшей из 30 судов. Поскольку турки преградили пути на Дон, не было иного выхода кроме как вступить в сражение. В результате потеряв 20 человек убитыми, они захватили в качестве трофеев турецкий корабль и тумбас. Поскольку пробиться к Дону они так и не смогли, то ушли к Миусу, откуда вернулись домой сухим путем.

Успехи казаков в борьбе с турками и татарами не могли не привлечь внимания молодого русского царя Петра I. Овладение выходок к морю было его заветной целью, но для этого нужен был настоящий военный флот. В ходе подготовки ко второму Азовскому походу в 1695–1696 годах Петр I повелел построить в Воронеже, Козлове, Добром и Сокольске 1300 стругов длиной от 25 до 37 метров и шириной от 5 до 6,5 метра, 300 лодок и 100 плотов. За короткий срок сотни и тысячи плотников и корабельных мастеров соорудили невиданный ранее по масштабам флот. Он состоял из 2 кораблей, 23 галер и 4 брандеров. Первый корабль «Апостол Петр» имел 36 орудий, имел длину 35 метров и ширину 7,62 метра, второй «Апостол Павел» так же имел 36 орудий, но несколько меньшую длину — 30 и 9 метров соответственно. Самая большая из русских галер имела 38 весел, 5 медных пушек и экипаж из 173 человек.

23 апреля 1696 года весь русский флот начал спуск вниз по Дону. Галеры под командованием самого царя вышли 3 мая, а уже 15-го были в Черкасске. Пока флот спускался вниз по реке, донские казаки решили провести рекогносцировку турецких сил. Отряд из 250 человек под командованием атамана Фрола Митяева вышел из устья Дона 3 мая атаман отправил в Азовское море отряд из 250 казаков под командованием старшины Леонтия Поздеева. 9 мая того же года к Черкасску прибыли основные силы флота под командованием Петра I. Через несколько дней возвратился и отряд Поздеева. Старшина сообщил, что в течение двух дней он находился в устье Дона, пока не показались два турецких корабля, направлявшихся к Азову. Казаки приняли решение атаковать их. Сложность заключалась в том, что турецкие корабли имели слишком высокий борт и казаки не имели возможности забраться на их палубу. Тогда они решили прорубить борт, чтобы проникнуть внутрь напрямую. Когда струги подошли к борту неприятеля, турки стали сбрасывать на казаков камни и другие тяжелые предметы, стреляя по ним из ружей. Видя бесперспективность атаки, казаки отступили, потеряв по счастливому стечению обстоятельств лишь четырех человек ранеными (один впоследствии скончался).

12 мая казаки снова вышли на разведку в Донское устье. Когда турки стали перегружать доставленные на кораблях порох и боеприпасы на мелкие суда (тунбасы) для доставки их в крепость, казаки снова напали на турок. На этот раз им сопутствовала удача. Они захватили все турецкие суда и взяли в плен 27 человек, остальных перебив в бою. Девять турецких тунбасов, они ограбили и затопили, а два привели с собой в качестве трофеев. Несколько турецких судов бросились наутек под защиту кораблей эскадры. Среди турок началась паника, и они, спешно снявшись с якоря, начали уходить в море. Казаки, пользуясь этим, бросились в погоню. Они сожгли один корабль, а другой потопили, поскольку провести их через устье было невозможно.

Вечером 19 мая 1696 года с 9 галерами и 40 казачьими лодками, на каждой из которых было по 20 человек, отправились в устье Дона. Однако из-за малых глубин галеры так и не смогли выйти в море. Их пришлось оставить. Вперед двинулись лишь казачьи лодки. 20 мая турки перевезли в Азов 500 человек, а вечером на 13 тумбасах начали перевозить оружие, провиант, сукно, деньги и т.п. Предотвратить это было невозможно, поскольку еще не все силы подошли. К 12 июня все галеры и брандеры уже стояли в устье Дона и при помощи двух батарей перекрыли сообщение гарнизона крепости с турецким флотом. Через два дня появился турецкий флот из 6 кораблей и 17 галер. Он доставил 4000 человек подкреплений. Простояв десять дней, турки так и не решились на активные действия. Как только они попытались сняться с якоря и прорваться к Азову, Петр отдал приказ также сниматься с якорей. Видя это, турки спешно повернули обратно и вскоре совсем ушли в море. Лишившись поддержки, 18 июля турки сдались.

После победы над турками в 1696 году в руках у казаков оказалось два турецких корабля и добыча 50 000 червонцев, 70 пушек и 80 бочек пороха, не считая прочего оружия. По царскому указу все воинское снаряжение должно было быть отправлено в казну, а деньги, сукно и прочая добыча достались казакам.

К сожалению, Азовский поход был фактически последней крупной морской операцией донских казаков. Царь очень быстро охладел к перспективе выхода в Черное море и переключил свое внимание на Балтику. По мирному договору с Турцией 1700 года, казакам запрещалось выходить в Черное море. Это была непомерная плата за возможность выхода в Азовское море. Однако сложности в отношениях со Швецией требовали успокоения южных рубежей России. Царь понимал, что воевать на два фронта страна не сможет, поэтому приложил титанические усилия, чтобы выполнить все условия Османской империи и получить долгожданный мир.

С этого периода времени начинается планомерное уничтожение казачьего флота. Указы царя запрещали не только военные походы, но даже лов рыбы на море. Петр интересовался, прежде всего, созданием регулярного военного флота на европейский манер, считая морских суда казаков анахронизмом. Это нанесло непоправимый удар казацким традициям морских походов.

Только в период очередной русско-турецкой войны 1710–1713 годов русское правительство вспомнило о важной роли, которую играл казачий флот для защиты морских рубежей Отечества. В 1710 году после долгого запрета для казаков заниматься морским делом Петр Великий издал указ о предоставлении им для войны с Турцией 85 казачьих лодок. В 1711 году для действий против турок, в Азовском море было снаряжено до 100 казачьих лодок. Учитывая, что каждая могла вместить не менее 30 человек, в походе участвовало около трех тысяч донских казаков. К сожалению, учитывая краткость этой войны и ее трагический исход, проявить себя на море казакам так и не удалось. Поражение в войне с Турцией и возврат Азова османам снова поставил вопрос о дальнейшей судьбе казачьего флота. Все оставшиеся в строю суда были уведены в Черкаск, где к 1714 году практически сгнили. В 1716 году было принято окончательное решение разломать их на дрова.

Таким образом, XVII век стал «золотой эпохой» морских походов донских и запорожских казаков. Их смелые действия у берегов Турции создали им ареол борцов за правое дело, хотя конечные цели самих казаков были далеки от идеала. Благодаря смелым операциям казачьему флоту удавалось не только разорять прибрежные селения, но и наносить поражение турецкому флоту. Пиком деятельности донцов и запорожцев стали совместные походы к самым стенам турецкой столицы — Константинополя. Без поддержки казаков не обходился ни один поход на юг Русского государства. Во многом благодаря деятельности казачества удавалось смягчить тяжесть набегов крымчаков на русские земли. Их появление заставляло татарские и турецкие власти дрожать от страха «Азовское сидение» 1637–1642 годов можно по праву считать образцом жертвенности русских и украинских казаков ради интересов государства.