В январе 1671 года Разин вернулся на Дон в Кагальник В его распоряжении оставалось не более 3 тысяч человек Атаман не собирался униматься и предпринял новый рейд, стремясь захватить власть на Дону. Однако его сил оказалось недостаточно, чтобы захватить Черкасский городок Нападение было отбито. Более того, в апреле того же года донские казаки сами осадили Катальный городок и сожгли его. Степан Разин и его брат Фрол были схвачены и в цепях доставлены в Москву. В дороге его конвоировали 76 человек во главе с войсковым атаманом Яковлевым. В Курске и Серпухове, через которые проезжала процессия, охрана была усилена.

В столице начался допрос с пристрастием бывшего «воровского атамана». Разин выдержал все пытки на дыбе, плетьми и каленым железом. Его дух оказался непреклонен. Однако доказательств его вины было предостаточно. В соответствии с законом его приговорили к смертной казни через четвертование. Привезенный в Москву Степан Разин был казнен 6 июня 1671 года. Однако освободить от восставших казаков Астрахань удалось лишь в ноябре того же года.

Сохранился довольно подробный отчет о казни Степана Разина в Москве. Его привезли на огромной телеге с виселицей, под которой он стоял. Чтобы он не мог двигаться, его сковали цепями, одна из которых шла от пояса к ногам, а другая от верхней перекладины виселицы до кольца на шее. Руки его были прибиты к боковым стойкам виселицы. Его брат Фрол так же был скован цепями по рукам и ногам и шел за повозкой, прикованный к ней. Чтобы обеспечивать безопасность, процессию охраняли 1000 стрельцов, которые оттесняли огромную стотысячную толпу москвичей, собравшихся посмотреть на казнь. Исключение было сделано лишь для иностранцев и персидского посла, которым позволили подойти к месту казни настолько, что некоторые из них даже были забрызганы кровью в ходе казни. Во время всей процессии Степан Разин, в отличие от своего брата, сохранял спокойствие и гневный вид. Разина в соответствии с законом казнили через четвертование. Сначала ему отрубили руки, затем ноги и в конце казни — голову. Все отрубленные части тела была надеты на колья в назидание другим ворам, а туловище брошено на съедение псам. Затем настала очередь Фрола, однако тот в панике заявил: «Слово и дело государево!» Это значило, что у него есть ценные сведения, имеющие государственную важность. По этой причине казнь отложили, хотя в конечном итоге он был казнен спустя некоторое время.

Походы Степана Разина и последующее восстание были ярчайшим проявлением бунтарского духа русского казачества. Его поддержали социальные низы русского общества недовольные своим бесправным положением. Несмотря на романтический ореол борцов за свободу, не стоит забывать, что Разин и его сподвижники были в большей степени авантюристами, стремившимися к наживе, которые волею судеб встали во главе крестьянского мятежа. Несмотря на то, что восстание было подавлено с крайней жестокостью, следует отметить, что казаки продемонстрировали свои лучшие таланты в борьбе с регулярными частями царской армии, а их беспримерный поход в Персию заслуживает наилучшей похвалы с точки зрения военно-морской тактики и стратегии.

Разгром восстания Степана Разина и публичные казни его сторонников не охладили стремления казаков к разбойным походам на Волгу и Каспий. Через несколько лет после того, как царские войска ушли из Поволжья и положение дел нормализовалось, новые ватаги «воровских казаков» двинулись на Волгу и Яик. Слишком привлекательна была перспектива грабежа богатых караванов и поселений на берегах Каспия. Однако на этот раз казачьи отряды были не столь малочисленными и старались избегать столкновения с царскими войсками.

В 1677 году около трех сотен яицких казаков спустились из Яицкого городка и напали на Гурьевский городок. Захватив его, они разграбили склады и с добычей направились на остров Камынин в устье Яика. Сообщение о погроме тут же было отправлено в Астрахань, однако у воеводы было слишком мало стрельцов, чтобы гоняться за довольно большим отрядом «воров». Пришлось отправлять гонца за помощью в Казань и Нижний Новгород. В результате удалось собрать отряд под командованием стрелецкого головы Никиты Мамонина из 610 стрельцов при двух медных и восьми чугунных пушках. Ему поставили задачу — выяснить намерения яицких казаков.

Пока царские воеводы собирали силы, казаки на Камынином острове строили морские струги. Пробыв месяц в лагере на берегу моря и сделав шесть морских стругов, они вышли на промысел. Но не успели они отойти от острова, как перед ними появились пятнадцать стругов Мамонина. Силы были неравны, но предводитель казаков Василий Касимов решил пробиваться. Стрельцы издалека открыли артиллерийский огонь по казакам, казаки отвечали тем же, используя орудия, захваченные в Гурьеве. С большим трудом и немалыми потерями казаки все же пробились сквозь ряды царских стругов и ушли в море. Чтобы залечить раны и заделать пробоины в стругах, они решили остановиться на Песчаном острове. Залатав кое-как пробоины и раны, они двинулись дальше к туркменским берегам. Однако здесь их ждала новая неудача. Пристав к Караганской пристани, они назвались купцами, но были быстро разоблачены. Слишком подозрительно они выглядели в сравнении с обычными русскими купцами. Туркмены решили устроить засаду. Когда торг был в самом разгаре, они напали на яицких казаков. Этого они не ожидали и, тем не менее, смело вступили в схватку с наседавшими туркменами. С трудом отбившись от них, казаки спешно погрузились на струги и вышли в море. Положение дел было отчаянное. Возвратиться казаки не могли и не только потому, что их караулили царские струги, но и потому, что вернуться без добычи значило опозорить себя. В результате решили идти еще дальше к персидским берегам. В пяти верстах от города Казлагичи казаки остановились на знакомом острове Сары. В свое время здесь уже стоял Разик. Однако прежде чем казаки совершили свой первый набег, местные жители уже известили все побережье о появлении разбойников. К их нападению уже были готовы, когда первый отряд Касимова напал на Казлагичи. Пришлось снова спешно возвращаться на струги и уходить в море.

Пока казаки думали, что делать дальше, слух об их подвигах уже достиг Астрахани. Воевода Петр Михайлович Салтыков немедленно отправил в море стрелецкого голову Ивана Короткого с четырьмя сотнями стрельцов. Ему было предписано отправиться к Гурьеву и выведать у местных властей сведения о «воровских казаках». Уже 1 октября Короткий прибыл в Гурьев, но, естественно, так ничего и не узнал. Здесь знали только о том, что обратно казаки не возвращались, а значит, они продолжали разбой где-то в море. Тогда стрелецкий голова решил осмотреть те места, где могли найти себе пристанище разбойники. На острове Камынин и Песчаном острове стрельцы нашли лишь остатки лагеря, но ни одного человека Дальше на юг стрельцам двигаться не хотелось, поэтому они направили в Астрахань запрос о дальнейших действиях. Однако воевода строго приказал своим подчиненным быть в море до 1 ноября. В результате, когда 2 ноября отряд Короткого прибыл в Астрахань, стало известно, что казаки по-прежнему ходят по персидскому побережью и живут на острове Сары. Поскольку было вполне очевидно, что ждать их возвращения бесполезно, было принято решение зимовать и ждать их весной.

Между тем сами казаки постоянно передвигались. Изредка они грабили встречавшиеся купеческие суда, но большого толка от них не было. Удача окончательно отвернулась от них. Во время сильного волнения у берегов Баку перевернуло два струга и 30 человек попали в плен. Чтобы спасти свои жизни, они были вынуждены принять ислам. Остальные устроили себе на острове Чирей небольшую крепость с тремя пушками и стали готовиться к зимовке. Их положение было крайне сложным. Припасов было немного. Половина из тех, кто вышел в поход, была убита или взята в плен. Вернуться обратно на Яик они не могли. На совете казаки приняли решение ждать весны, а затем пробиваться через Терек на Дон. Однако у царских властей были иные задумки. 31 марта 1678 года, как только на Волге стаял лед, из Астрахани на поиски воров отправился отряд головы Игнатия Сумарокова, состоявший из 900 человек на 21 струге. Ему было предписано осмотреть все острова, где казаки могут зимовать. Поскольку долгое время от Сумарокова не было известий, на его поиски был отправлен Короткий, который должен был узнать о результатах поиска. Однако ни Сумароков, ни Короткий так и не обнаружили казачий отряд и ни с чем вернулись в Астрахань. К сожалению, дальнейшая судьба казаков не известна Возможно, им удалось пробиться на Дон, но более вероятно, что они были перебиты персидскими или царскими служилыми людьми и бесславно закончили свою одиссею.