Неудачи яицких казаков, впрочем, не означали искоренение преступности. Караваны по-прежнему продолжали грабить «лихие люди». Так в 1697 году на Каспии по указу царя полковником Бушевым и атаманом Киреевым был пойман известный разбойник донской казак Костюк со своей артелью. Он поставил себе небольшой городок близ Сулака на реке Прорве. Все пойманные разбойники были доставлены в Астрахань и публично казнены.

Таким образом, XVII век на Волге и Каспии также стал «золотой эпохой» деятельности казаков. Однако в отличие от событий на Черном и Азовском морях, здесь им пришлось столкнуться не столько с мусульманской экспансией, сколько с попытками русских властей прекратить деятельность «воровских казаков». Последовательно развивая торговые отношения с Персией, царское правительство не могло допустить вмешательства в этот процесс со стороны голытьбы с Дона. Запреты, увещевания и даже наказания не могли остановить социальные низы, стремившиеся к «воле», которая трактовалась как право грабить всех без разбору для «справедливого» перераспределения богатств. Пиком такой деятельности стали походы под предводительством Степана Разина, который собрал под свои знамена значительные силы не только казаков и крестьянства. Его Персидский поход был пиком деятельности «воровских казаков» на Каспии. Смелость действий, размах, тактический талант в морских сражениях заставляют воспринимать этого человека как неординарную личность своего времени, несмотря на криминальные наклонности самого атамана и его подчиненных.

К сожалению, грабежи и убийства русских купцов и служилых людей на Волге и Каспии вряд ли можно оправдать даже теми справедливыми устремлениями, которыми руководствовались многие участники его восстания. Разинское восстание, в восприятии значительной части русского общества, долгое время будет рассматриваться как стремление к свободе, а не как проявление разбойного разгула, что, конечно, неверно.

После присоединения Украины к России цари и императоры стремились к ликвидации своеволия запорожцев. Стремление подчинить казачество воле центральных властей вызвало ответную негативную реакцию. Эти вольные люди не привыкли жить по указаниям царя и зачастую ради «воли» были готовы даже на предательство. Когда на Украине появились шведские войска Карла XII, гетман Мазепа вышел из подчинения России и с группой сторонников присоединился к шведам. Признавая власть Мазепы, Карл XII даровал ему знаки власти: бунчук, булаву и прочее. Однако большая часть населения Левобережья не поддержала своего гетмана, а после поражения при Полтаве позиции Мазепы стали еще более шаткими. Спасая себя, он, с группой сторонников, перешел границу с Османской империей и обосновался в Бендерах.

Поскольку измена гетмана воспринималась в Петербурге как измена всего запорожского казачества, Петр I решил разгромить Запорожскую Сечь. Выполняя его приказ, русские войска до основания разрушили все ее укрепления, взяв в качестве трофеев более 100 орудий. Несколько тысяч наиболее непримиримых казаков ушли от преследования и двинулись в Крым на службу хану, с которым еще не так давно воевали. Им была выделена земля по реке Каменке, а затем на крымской стороне Днепра. Таким образом, в результате предательства Мазепы значительная часть запорожцев оказалась в весьма сложном положении, в окружении враждебно настроенного мусульманского населения.

Петр Великий не слишком сожалел об этой измене и с легкостью признал в Константинопольском трактате 1712 года переход запорожцев под власть Порты. Оторванные от своих обычных занятий, запорожцы влачили жалкое существование. Часть занялась обслуживанием перевозов на Днепре и Буге, часть — солеварением и рыбной ловлей. Но при этом им было запрещено торговать в Очакове и портах Крыма, что создавало большие проблемы и ставило в зависимость от перекупщиков. Однако существование в отрыве от единоверцев оказалось самой сложной проблемой. Более того, крымский хан продал 1500 запорожцев на турецкие галеры, обескровив войско и лишив его самых боеспособных воинов.

Крымские власти всерьез опасались усиления запорожцев, поэтому одним из условий их пребывания в крымских и турецких владениях был запрет на возведения каких-либо укреплений и содержание артиллерии. Кроме того, им запрещено было ездить к казакам, оставшимся в России. Для этого вокруг поселений постоянно находились татарские разъезды, зорко следившие за соблюдением этих условий. Виновного в их нарушении ждала быстрая смерть. Тем не менее казаки умудрялись обходить строгие ханские запреты. Так, однажды рыбаки обнаружили в осыпи на днепровском берегу небольшую пушку. Об этом немедленно было сообщено кошевому атаману. Осмотрев место находки, казаки выкопали из песка еще пятьдесят орудий. Чтобы они не достались татарам, кошевой приказал спрятать их в зимовнике, ожидая «лучших времен».

В 1733 году вновь осложнились отношения Польши и Турции с Россией. Поляки запросили у Турции подкреплений из числа запорожцев и крымских татар. Возникла реальная опасность вовлечения Порты в новую войну. Крымский хан, как главный союзник султана, обещал ему выделить сильное подкрепление. Однако участвовать в войне против России казаки отказались. Посовещавшись, казаки отправили к императрице Анне Иоанновне прошение о принятии их обратно в русское подданство. Это прошение было удовлетворено, и к казакам был отправлен офицер для приведения к присяге, а вместе с ним дар — несколько тысяч рублей серебром. В результате, когда к запорожцам явился турецкий посол с янычарами, то он был встречен отнюдь не праздничным салютом, а артиллерийскими залпами и вынужден вернуться обратно ни с чем. Узнав об этом, султан приказал изловить всех казаков, находившихся в пределах его владений, и отправить их на каторжные работы. Запорожцы также не остались в долгу, перебив всех находившихся в своих поселениях турок и татар, после чего перешли границу и соединились с русской армией.

После начала очередной русско-турецкой войны в 1735 году они участвовали во всех крупных операциях по захвату Перекопа, Кинбурна и Бахчисарая. В 1737 году были в числе войск, штурмовавших Очаков, захватив при этом богатые трофеи. Казаки участвовали также в операциях русского флота на Черном море, поскольку прекрасно знали побережье и расположение турецких сил. За свои подвиги запорожцы получили личное поощрение от императрицы.

После окончания войны Нисский мир 1739 года окончательно определил, что все Запорожские земли являются частью Российской империи, а Константинопольская конвенция 1741 года передала всех запорожцев, со всем кошем, владениями и вольностями в полное и безраздельное владение нашей страны. Спустя несколько лет запорожские казаки были подчинены киевскому генерал-губернатору и гетману, что значительно ослабило независимость казачьей общины.

Новый кризис Запорожской Сечи начался в период правления Екатерины II. Казаки проявляли свою непокорность и грезили возвращением в славные времена эпохи гетмана Сагайдачного. В период восстания Емельяна Пугачева они откровенно выступили на стороне самозванца. В результате в 1775 году по манифесту Екатерины II Запорожская Сечь была ликвидирована. В том же году генерал-поручик Текель со своими войсками захватил ее и вновь разрушил все имевшиеся укрепления. Все запорожцы, пожелавшие продолжать службу в российской армии, были приравнены к другим военнослужащим. Все старшины получили офицерские звания, а прочие казаки распределены по полкам. С этого периода времени запорожцы исчезают как организованная восковая единица. Земли войска были разделены между соседними губерниями. Однако и на этот раз наиболее непримиримая часть украинского казачества отказалась принимать царский указ. Подстрекаемые своими старшинами, они перешли на службу к своим прежним врагам — туркам.