Заговор в пользу Димитрия мог развиваться параллельно заговору в пользу Василия. В обеих партиях имелись горячие головы, полагавшие, что великий князь им препятствует, им не терпелось вступить в очный поединок, убрав с дороги Ивана Васильевича, который мешал и тем и другим. Но когда Патрикеевым удалось убедить государя пойти на венчание Димитрия, в окружении Елены Стефановны возобладали сторонники компромисса.

По мнению К. В. Базилевича, казнь Ряполовского «со времен Карамзина историки без достаточных на то оснований объясняли якобы их участием в династической борьбе на стороне Елены Волошанки и Димитрия Ивановича». Если одна часть исследователей (Я. С. Лурье, А. А. Зимин) придерживается «дипломатической» версии падения Патрикеевых, обращая внимание на разногласия между Иваном III и рядом деятелей правительства по поводу русско-литовских отношений, то другая часть (Н. А. Казакова, И. И. Смирнов) отдает предпочтение «династической», идущей от Карамзина, полагая, что опальные вельможи поплатились за попытку помешать Ивану III умалить положение Димитрия в пользу сына Софьи Палеолог.

Ясно выраженный совсем недавно принцип престолонаследия также был предан забвению, и на смену ему пришел произвол монарха, — кому хочу, тому и даю княжество — отвечал Иван III псковским послам, а в их лице всем недоумевавшим по поводу внезапных и внешне беспричинных перемен.

На самом деле упомянутые «династическая» и «дипломатическая» версии падения Патрикеевых друг другу не противоречат, а друг друга дополняют, поскольку конфликт с Литвой накладывал отпечаток на внутриполитические раздоры, и напротив, перипетии династической борьбы сказывались на дипломатических отношениях между Москвой и Вильно, которые усилиями придворных партий становились орудием междоусобной борьбы.

Уже вскоре после венчания Елены Ивановны в Вильно в 1495 году отец и сын Патрикеевы, Семен Ряполовский, ранее столь преуспевавшие на дипломатическом поприще, оказались отстранены от литовских дел. Между тем до последнего момента перечисленные лица играли ключевые роли в сношениях с западным соседом: в 1492 году в качестве «наивысшего» московского воеводы князь Иван Патрикеев принимал участие в переговорах о заключении мира с Литвой. В 1493 году к нему, как стороннику литовско-русского сближения, обращаются литовские паны.

В марте — апреле 1494 года Семен Ряполовский, сын Ивана Юрьевича — князь Василий и Федор Курицын ездили в Вильно сватать княгиню Елену. Василий Патрикеев вел переговоры в Москве с представителями Литвы в августе 1494 года. Это далеко не исчерпывающий перечень контактов Ивана Патрикеева и его ближайших помощников с литовской стороной за эти годы.

По сообщению Степенной книги, государь велел казнить Семена Ряполовского «испита подробну вся преже бывшая крамолы», причем такая же участь ждала отца и сына Патрикеевых. Получается, что опальные поплатились за прошлые преступления. Какие именно? Как только сопровождавшие в Вильно Елену Ивановну Семен Ряполовский и Михаил Русалка выехали в Москву, Александр Казимирович отослал большинство москвичей из придворного штата своей супруги, а Елену Ивановну «нача нудити к римскому закону».

Получается, что послы покинули Вильно, не удостоверившись в том, что оговоренные сторонами условия проживания Елены при дворе мужа будут строго соблюдаться литовской стороной. Что же касается Василия Ромодановского, то он провинился в том, что русские придворные Елены не сохранили в тайне от литовцев некую конфиденциальную информацию. Великий князь настоял, чтобы «вперед, что с вами дочи моя учнет говорити, и что будет от нее пригоже написати, или вам ко мне что писати, ино бы у вас не видел никто».

Что еще более существенно, в ходе своего визита в Вильно Ромодановский не смог добиться признания Ивана III великим князем «всея Руси». Государя тем более раздосадовала эта неудача, что в ходе осуждения мирного договора 1494 года Александр Казимирович согласился было с таким поименованием, но новый титул по недосмотру послов не попал в окончательный текст договора 1494 года. Иван III мог припомнить и то, что люди из окружения Патрикеевых отказались от более энергичного давления на литовских представителей и убедили государя в 1494 году заключить мирный договор с Александром Казимировичем на условиях, которые могли быть более приемлемыми для московской стороны.

Иван Васильевич пришел к неутешительному выводу: его дипломаты имеют особый, отличный от его собственного, взгляд на брачный союз Александра и Елены и русско-литовские отношения в целом. Если Патрикеевы рассматривали договор как средство укрепления межгосударственных отношений, что объясняет их предрасположенность к уступкам, то великому князю в первую очередь договор был для давления на литовскую сторону и укрепления московского влияния на православное население Литвы.

Нельзя сказать, что после брака Александра Казимировича и Елены Ивановны государь совершенно разочаровался в проверенных соратниках и перестал доверять им важные поручения. В январе 1496 года отряд Василия Патрикеева совершил удачный рейд по южной Финляндии против шведских войск, в августе 1498 года Семен Ряполовский в качестве воеводы передового полка был послан к Казани. Однако сношениями с Вильно теперь занимались другие люди. Люди весьма примечательные. Полгода спустя после прибытия Елены Ивановны в Вильно в августе 1495 года в Литву прибыл Борис Васильевич Кутузов, «чтобы дщери его Елены, а своеи великои княгини не нудилъ от гречаского закона къ римскому закону». Борис Васильевич — близкий друг Иосифа Волоцкого, а его родные братья Михаил и Константин служат у новгородского епископа Геннадия Гонзова. Кутузову и раньше доводилось принимать литовских послов, но, по всей видимости, в переговорах он играл второстепенную роль и в Литву не выезжал.

Радикально изменилась роль братьев Захарьиных в сношениях с западным соседом. Яков в бытность новгородским воеводой участвовал в дипломатической переписке со своим коллегой и соседом на литовской стороне — полоцким воеводой Яном Заберезинским, но при этом скорее выполнял функцию почтового ящика: пересылал воеводские письма в Москву и получал оттуда ответы. В конце концов, великий князь освободил его и от этой нагрузки, отписав Якову Захарьину, что «…ино непригоже тебе к нему своего человека ныне посылати з грамотою, ни с его человеком грамоты посылати».

Вскоре Якова вовсе удалили с политической авансцены, отправив на воеводство в Кострому. Но проходит немного времени, и Яков Захарьин оказывается одной из ключевых фигур в подготовке перехода очередной группы литовских князей на службу московскому государю. В государевом архиве хранились «тетрати, писан приезд Семенов Стародубскаго и Шемячичев приезд, и грамоты, посылная, опасная, ко князем, и речи, и к воеводам к Якову Захарьину с товарыщи». После падения Патрикеевых Яков Захарьин уже самостоятельно списывается с тем же Яном Заберезинским и посылает в нему своего человека.

Поспособствовал переменам в московской дипломатии и непосредственно Александр Казимирович, который, по мнению С. М. Каштанова, став зятем Ивана III, во внешнеполитических сношениях старался игнорировать сына Елены Стефановны. В частности, в приветствии, переданном литовским гонцом великокняжеской семье в июле 1495 года, имя Димитрия даже не упомянуто. У литовцев был прямой резон ослабить позиции внука молдавского господаря, который в эти годы стал одним из главных противников Ягеллонов. Так Александр Казимирович и Софья Палеолог превратились в невольных союзников.