Только в конце мая 1918 года Булах-Балахович получил возможность сформировать красный Лужский конный партизанский полк численностью около 700 человек (из которых только половина бойцов составляла конницу) при 12 пулеметах и двух орудиях. Этот полк входил в состав 4-й Петроградской дивизии Красной армии. По приказу Троцкого полк, как партизанский, «не подлежал контролю военного комиссара», на основании чего Балахович не допускал в распоряжение своей части политработников Красной армии.

Чекисты отмечали, что Лужский полк отличался особой «нездоровой обстановкой», «бесчинством личного состава», «мародерством», и советовали сменило командный состав. Сам «красный атаман» прославился казнокрадством и приписками: при реальной численности своего отряда 500–700 человек он получал довольствие на 1200 бойцов. Но у командования были другие заботы, и оно закрывало глаза на своеобразную «независимость» Балаховича, считая его идеальным исполнителем карательных акций на «внутреннем фронте». В июле–сентябре 1918-го Лужский полк принимал «деятельное и активное участие» в подавлении антибольшевистских крестьянских восстаний в районе Луга–Новоселье–Струги Белые, причем делал это с исключительной жестокостью. «Партизаны» атамана Балаховича с большим энтузиазмом проводили порки восставших крестьян и конфискацию их имущества. В то время батька сформировал ядро своего будущего воинства из особо преданных лично ему подчиненных.

Кроме фотографий Булаха-Балаховича остались воспоминания современников об этой противоречивой личности. Его называли «павлином среди воронов», описывая как «убежденного бабника» и «жгучего брюнета, с несколько хищным выражением лица». Балахович был трижды женат. В 1905 году он взял в жены дочь местного доктора — еврейку Генриетту Гарбель, от которой у него была дочь Аддона и два сына — Юлиуш и Генрик. В 1913 году Станислав бросил жену, которая умерла через пять лет. Вскоре после ее смерти Балахович женился на остзейской баронессе Герде фон Герхард, в браке с которой у него было две дочери — Софья и Мария. После окончания советско-польской войны 1919–1921 годов Станислав сочетается третьим браком с полячкой Яной Коречко, родившей ему дочерей Дануту и Барбару.

Современникам запомнился большой лоб атамана, правильной формы нос, серые холодные глаза, он был «сухой и жилистый, с военной выправкой спортсмена или казачьего джигита», «среднего роста, стройный, лицо незначительное, широкие скулы, руки грязные. Говорит с польским акцентом, житейски умен, крайне осторожен, говорит без конца о себе в приемлемо-хвастливом тоне. Болтает, перескакивая с темы на тему, пьет мало». О Булах-Балаховиче вспоминали, что, «несмотря на отсутствие военной школы, он показал себя талантливым офицером, свободно управляющим сотней людей в любой обстановке с редким хладнокровием, глазомером и быстротой оценки обстановки». Одевался атаман в «красочную» форму терского казачьего войска, его запомнили в «казацком кафтане, с желтыми отворотами, в большой папахе с желтой же опушкой», он любил оружие и был вооружен «старинной серебряной саблей» (очевидно, саблей в серебряных ножнах).

В сентябре 1918 года командование немецких оккупационных войск, понимая, что дни германской интервенции на северо-западе России сочтены, приняло решение о создании русских добровольческих частей в Пскове под условным названием «Северная армия». Узнав о формировании этой армии, Булах-Балахович переходит на сторону Отдельного псковского добровольческого корпуса «Северной армии» (к этому моменту в его корпусе насчитывалось всего 2,5 тысячи бойцов). Что подтолкнуло Балаховича к резкой смене окраса — личные амбиции и конфликты с властью? Продразверстка? Переход к регулярности в Красной армии и отказ от партизанщины? Скорее всего, он чувствовал, что начавшийся в сентябре 1918-го красный террор коснется и его особы. Да и положение большевиков казалось шатким: обыватели со дня на день ждали падения власти Ленина.

16 октября 1918 года на тайном совещании в Елизаровском монастыре Балахович и его единомышленники, а также начальник большевистской Чудской озерной флотилии Нелидов решили перейти на сторону белых. Однако Булах-Балахович пошел на такой опасный шаг только 6 ноября 1918-го, когда в Петрограде готовились к празднованию первой годовщины Октября. Часть полка Балаховича в 420 сабель в полном вооружении перешла к белым в районе Пскова. Командование «Северной армии» сохранило целостность отряда, его автономность как партизанского соединения, оставило батьку на должности командира, вернув ему звание ротмистра. Красноармейцев полка амнистировали, а офицерам сохранили их прежние чины. Полк Балаховича поначалу разместили в тылу корпуса — в Пскове.

За несколько дней до окончательного перехода к белым Балахович еще надеялся на успешную карьеру самостоятельного атамана восставших крестьян — на роль нового Стеньки Разина. Он думал поднять местное крестьянство, захватить Лугу и Гдов и провозгласить свою «республику», но его самостоятельное атаманство закончилось скромным разоружением роты красноармейцев. В момент, когда Балахович уже поднял восстание своего полка против красных, но еще не привел его в стан белых, он издал воззвание «Братья крестьяне!», в котором были такие строки: «По вашему призыву я, батька Балахович, встал во главе крестьянских отрядов. Я, находясь в среде большевиков, служил родине, а не жидовской своре, против которой я создал мощный боевой отряд. Нет сил смотреть на то, что творится кругом: крестьянство разоряется, церкви, святыни поруганы, вместо мира и хлеба кругом царит братоубийственная война, дикий произвол и голод...»

Балахович вещал: «Целые области освобождены уже от своры международных военных преступников. Все страны мира идут против них. Братья, я слышу ваши желания и иду на помощь вам, обездоленным, разоренным Объявляю беспощадную партизанскую войну насильникам. Смерть всем, посягнувшим на веру и церковь православную, смерть комиссарам-красноармейцам, поднявшим руку против своих же русских людей. Никто не спасется. С белым знаменем впереди, с верой в Бога и в свое правое дело я иду со своими орлами-партизанами и зову к себе всех, кто знает и помнит батьку Балаховича и верит ему. Тысячи ваших крестьян идут со мной, нет силы, которая может сломить эту великую крестьянскую армию».

Необходимо отметить, что находясь в рядах белогвардейских войск, Булах-Балахович всегда подчеркивал свою независимость «народного атамана-батьки», который вынужденно сохраняет военный союз с «генералами». Он стремился превратить свой полк в ядро новой «Народной армии», однако количество добровольцев в его полку исчислялось единицами. Его отряд был провозглашен «Конным полком имени батьки Булах-Балаховича», хотя сам он называл себя «атаманом крестьянских и партизанских отрядов». Но командование белой армией было недовольно Балаховичем, который «не подчинялся и ни перед кем не отвечал».

Белогвардейские источники, сообщающие о деятельности батьки, полны домыслов, сплетен и слухов. Первый этап пребывания полка Балаховича в Пскове запомнился местным жителям кутежами балаховских офицеров в ресторанах — «...над Псковом стоял дым коромыслом». Полк Балаховича, по мнению современников, хотя и состоял из авантюристов, но «хорошо одетых и снаряженных людей, прекрасных лошадей».

Однако вскоре Красная армия захватила Псков, и Псковский белый корпус ушел в независимую Эстонию, под протекторат Антанты. Балахович мечтал стать командующим Северного корпуса, он активно «поспособствовал» уходу генерал-майора Вандама с должности командира этого корпуса, обвинив его в недостатке решительности. Но на должности комкора оказался полковник Неф, а Балахович довольствовался чином подполковника. В феврале–марте 1919 года полк Балаховича держал оборону вместе с эстонской армией на берегу Чудского озера, между Мехикорма и островом Перрисар.

В определенный момент Балахович предложил командующему Южной группы Северного корпуса генералу Родзянко (в состав которой и входил полк Балаховича) произвести рейд в тылы красных, на базу Чудской флотилии. Полк Балаховича без потерь занял базу флотилии — Раскопель, и вывез оттуда три пулемета, три автомобиля, радиостанцию, значительные денежные суммы. Новый рейд Балаховича имел целью городок Гдов, где были «добыты» 10 миллионов рублей, пять пулеметов, военное снаряжение. За эти победы он был произведен в полковники и назначен инспектором кавалерии корпуса. 13 мая 1919 года началось общее наступление белого Северного корпуса на Петроград, в котором отрядом Балаховича (три полка) был вновь захвачен Гдов. 25 мая войска 2-й эстонской дивизии, наступая совместно с белогвардейцами, захватили Псков. 29 мая «атаман крестьянских и партизанских отрядов» Балахович торжественно вступил в Псков, где его встречало духовенство. Балаховичу была передана должность диктатора Пскова — «Главноначальствующего городом» и командира гарнизона. С июня 1919-го остатки Псковского корпуса получили название Отдельного корпуса Северной армии, восточным отрядом которого командовал Булах-Балахович.