В отличие от программы «добровольцев», Балахович провозгласил свою более «левую» программу, в которой призывал признать передел помещичьих земель крестьянами, независимость народов Российской империи, законную власть Учредительного собрания. В своих воззваниях он беззастенчиво лгал: «За эти два месяца ко мне перешли десятки тысяч красных солдат и офицеров... Англия, Франция и Америка только что в изобилии прислали мне сюда на наш фронт пушки, пулеметы, автоматические винтовки и патроны, а также и непобедимые чудовище-танки, перед которыми не устояли даже железные армии Вильгельма. Со мной все великие и меньшие наши союзники. Со мной эстонцы, шведы, датчане, поляки и латыши, со мной все русское крестьянство, вся зеленая и в большей части и сама Красная армия». Конечно, ни Англия, ни Франция не посылали Балаховичу танков и пушек, не переходили к нему в больших количествах красноармейцы. Но его лозунги были популярны у части населения, в войсках батьку считали «другом простых солдат» и даже колдуном. К Балаховичу как к «народному атаману» переходили отдельные части красных и группы «зеленых». В его соединениях появились антантовские мотоциклы и автомобили.

Вскоре, находясь в составе белогвардейских частей, Булах-Балахович стал называть себя «Зеленым атаманом за демократическую народную крестьянскую трудовую Россию» и призывал всех недовольных властью большевиков «идти на Москву!» Но частям Балаховича на пути в столицу удалось занять только поселок Струги Белые и выдвинуться в направлении к городкам Порхову и Острову. Летом 1919 года Балахович был произведен в генерал-майоры. Основанием для этого послужил переход его частей в контрнаступление, захват батареи красных и семи пулеметов.

Критики атамана называли его «истребителем жидов». Действительно, в день торжественного въезда в Псков Балахович повесил девятерых коммунистов, большинство из которых оказались евреями. На купцов-иудеев была наложена большая контрибуция. Впрочем, сам «батька-атаман» не раз заявлял: «Моя цель — истреблять даже не коммунистов, а только негодяев, которых действительно не может носить земля». В Пскове во время балаховщины был установлен порядок публичных казней, которые совершались днем, по нескольку раз в неделю, в центре города, в присутствии атамана или его помощника — барона Энгельгардта. Обычно Балахович собирал митинг, на котором, как «верховный судья», вступал в «диспут» с жертвой, устраивая «суд народа», после чего обращался к присутствующим с вопросом: не желает ли кто-нибудь поручиться за осужденного. Обычно следовал отказ, после чего осужденных вешали на трехгранных фонарях. Балахович заявлял, что он не хочет, «чтобы белых и меня обвиняли в том, что я казню в застенках. Пусть все видят, кого я вешаю. Я приглашаю вступиться, когда увидят, что убивают невиновного. На тех, за кого вступятся свободные граждане, моя рука не подымется». Интересно, что батька устраивал казни не только коммунистов, но и уголовников, продавцов кокаина. Псковское купечество отправило ему поздравительный адрес, в котором были такие слова: «Кузнец Вакула оседлал черта, а ты, батька-атаман, — коммунистов».

Корреспондент газеты «Русские ведомости» князь Львов писал: «Мы ехали по району, оккупированному год тому назад знаменитым Булах-Балаховичем. Народная память осталась о нем нехорошая. Грабежи и, главное, виселица навсегда, должно, быть, погубили репутацию Балаховича среди крестьянского мира. За 40–50 верст от Пскова крестьяне с суровым неодобрением рассказывают о его казнях на псковских площадях и о его нечеловеческом пристрастии к повешениям». В июле 1919 года, по протесту представителей Антанты публичные казни были прекращены...

Оригинальным был «сбор пожертвований» на нужды частей Балаховича. В виде принудительных пожертвований в Пскове было собрано 200 тысяч рублей. Балахович выяснял адреса и доходы богатых горожан Пскова и приказывал им в трехдневный срок «добровольно» внести крупные суммы.

Во время «псковского сидения» Булах-Балахович был уличен в печатании фальшивых «керенок», которые еще находились в обороте в качестве разменных денег. Доверенные люди батьки изготовляли в Пскове фальшивые 40-рублевки. В штаб генерала Родзянко из Пскова поступило донесение: «По инициативе г. Афанасьева батька выписал Тешнера, который приготовил клише для 40-руб. керенок. В гостинице «Лондон» в № 1 была открыта экспедиция, в том же номере был водворен и посажен под охрану двух солдат (вооруженных), которые стояли у дверей, г. Тешнер, сделавший попытку к побегу и возвращенный из Печер обратно в Псков. Оттуда экспедиция была переведена под непосредственную охрану районного коменданта Куражева, где она и процветала, пока там были Куражев и Афанасьев. Все это велось под непосредственным руководством Стоякина, который повесил одного из писарей за слишком хорошее знакомство с делами экспедиции. Печатание денег производилось в доме Коммерческого банка (в Пскове) под помещением районной комендатуры. В помещение экспедиции допускались только полк. Якоби, полк. Стоякин и кор. Якобсон. Печатал мастер Богоприимцев. По этому делу Стоякин хотел расстрелять пор. Андреева. В этом деле принимали еще близкое участие, кроме указанных лиц: подполковник Якоби, ротмистр Звягинцев, полк. Энгельгардт, корн. Якобсон, сотник Корчагин...»

Получив известие о фальшивомонетничестве атамана, командующий Северным корпусом генерал Родзянко потребовал у главнокомандующего армией генерала Юденича отставки Булаховича и назначения следствия. Но Юденич согласился лишь на проведение следствия. Родзянко стремился удалить Балаховича «от партизан его отряда и тем прекратить в корпусе стремление к партизанщине», и дело «о фальшивых керенках» ему было очень кстати.

Понимая, что в кругах «своих» он нажил множество врагов, Балахович стремился найти поддержку у представителей эстонского и польского высшего офицерства. Атаман близко сошелся с начальником 2-й эстонской дивизии, с верховным эстонским командованием. Одновременно Балахович искал контакты с поляками. 23 июня 1919 года батька сообщил польскому командованию, что он поляк, а из 1500 его бойцов 250 являются этническими поляками (скорее всего, это были литовцы, белорусы, литовские татары). Польская сторона предложила Балаховичу откомандировать своего офицера связи в расположение командования Литовско-Белорусским фронтом. Однако тесные контакты с иностранцами не только не укрепили положение атамана, но и вовлекли его в новые интриги. Чувствуя поддержку Запада, Балахович пытался создать оппозицию офицеров армии против высшего командования — Юденича и Родзянко.

В первой половине августа 1919 года на белый фронт в Псков приехал английский генерал Марч. Он встретился с Балаховичем, при этом игнорировал его непосредственного начальника — командира 2-го корпуса генерала Арсеньева. Балахович посетил Таллинн, где на английском крейсере встречался с генералами Марчем и Гофом (главой британской миссии в Эстонии), с эстонским главнокомандующим Лайдонером. Юденич и Родзянко, узнав об этих встречах, посчитали, что эти контакты служили интригам Балаховича против командования Северо-Западной армии и что Балахович стремится стать ее главнокомандующим.

19 августа по вызову генерала Гофа и главнокомандующего армией генерала Юденича Балахович прибыл в Таллинн, где был назначен (не имея на то никаких прав и оснований) командиром 2-го корпуса Северо-Западной армии, вместо генерала Арсеньева. Фактически Булах-Балахович стал хозяином Псковского района. Батька вспоминал о своем назначении: «Я намерен был использовать предоставленную мне самостоятельность для немедленного удара по красным, причем я заранее знал о переходе ко мне двух красных полков. Удар этот, и по мнению эстонского командования, принимавшего весьма деятельное участие во всей операции, был бы безусловно сокрушительным и отдал бы в мои руки новую большую территорию». Но победа была украдена...

С генералом Марчем встречался не только Булах-Балахович, но и генерал Родзянко, передавший Марчу компромат на атамана. Но эти материалы не смутили английских генералов. Тем временем Юденич и Родзянко тайно готовили арест Балаховича и некоторых лиц из его окружения. В Псков с этой целью был направлен отряд полковника Перемыкина в составе трех полков и двух броневиков. Однако 23 августа Перемыкин обнаружил в Пскове только штаб батьки, а все его войско находилось на фронте. Балахович и несколько чинов его штаба были помещены под домашний арест, полковник Стоякин во время ареста был задушен. Части же атамана оперативно скрылись на эстонской территории. Вскоре Булахович бежал, каким-то образом сумев ввести в заблуждение охрану. Уже 25 августа «батька» с небольшим отрядом верных ему «зеленых» завязал бой против красноармейских частей. 27 августа отряд Балаховича ушел в Эстонию, переправившись на западный берег реки Великой под прикрытие 2-й эстонской дивизии. С сентября 1919-го атаман находился на службе эстонского государства, в составе 2-й дивизии.