Однако большевики пресекли создание самоуправления в Кирсанове и смогли организовать перевыборы уездного совета, в результате которых председателем совета был избран большевик Агейкин. Понимая, что столкновение с новой властью неизбежно, Антонов создает тайную подпольную организацию, которая начала готовить восстание против большевиков. Членами этой организации стали будущие атаманы Тамбовского восстания Ишин и Плужников, местные милиционеры Токмаков, Заев и Лощинин. Заговорщики похищали со складов оружие и зарывали его в землю в районе будущих «базовых» сел. Антонов руководил разоружением эшелонов Чехословацкого корпуса, который передвигался через Кирсанов на восток. Отобранное у чехов оружие он отправлял в села Рамза и Чернавка, где планировалось создать антибольшевистский отряд.

В конце апреля 1918 года ЧК раскрыла «эсеровский заговор» в Кирсанове. Чекисты расстреляли ближайших сподвижников Антонова — эсеров Заева и Лощинина, которых он незадолго до ареста назначил начальниками районных милиций уезда. Антонов, узнав о расстрелах своих товарищей, предпочел скрыться «в неизвестном направлении». Он затаился в лесных деревнях Рамза, Чернавка, Каравайная, Трескино, где собрал небольшой отряд крестьян, выступивших против мобилизации в Красную армию. Некоторое время Антонов находился в Самаре, где у власти находился Комитет членов Учредительного собрания (Комуч), часть членов которого были эсерами. Но идеи Антонова были намного левее идеологии Комуча, и будущий атаман не задержался в «эсеровской республике».

Из крестьян Кирсановского уезда Антонов сформировал Боевую дружину для вооруженной борьбы против большевиков, проводившую политику террора против комиссаров-«назначенцев» и продотрядовцев, экспроприировавшую государственные кассы. Штаб антоновцев располагался в селе Караул в Инжавинской волости. В Инжавине подпольем руководил эсер Ишин, в Паревке — Григорий Хвостов и Ластовкин, в Рамзе — Павлов и Сычалин, в Иноковке — Токмаков и Жариков.

Летом 1918 года тамбовское крестьянство начало борьбу против продразверстки и других повинностей в пользу революционного государства. Крестьяне не желали идти в Красную армию и прятались в лесах от мобилизации. Дезертиров на Тамбовщине насчитывалось до 25 тысяч человек.

В середине июня 1918-го в Тамбове произошло антибольшевистское восстание, руководителями которого стали Александр Богуславский, Петр Булатов и младший брат атамана Антонова — Дмитрий. После того как восставшие захватили город, они восстановили городскую думу и арестовали до 200 коммунистов и советских активистов. В близлежащих к Тамбову волостях крестьяне также свергли власть большевиков. Однако через два дня восстание было подавлено.

В сентябре 1918-го восстали тамбовские села: Рудовка, Васильевка и Никольское, участие в организации этих выступлений принял и Александр Антонов. В начале октября 1918-го в Борисоглебске произошло восстание призванных в Красную армию унтер-офицеров Первой мировой.

К ноябрю 1918-го в дружине Антонова уже насчитывалось до 150 человек эсеров и дезертиров. В конце года антоновцы напали на Золотовский волостной совет, убив нескольких местных коммунистов. Антонов совершил также налет на Инжавинский райпродком, захватил кассу, убив четырех продработников — руководителей райпродкомиссариата. В декабре 1918-го дружина Антонова разошлась на «зимние квартиры».

Летом следующего года на так называемых Трескинских лугах Тамбовщины Антоновым была собрана целая «армия» в две тысячи человек. Однако 80 % ее составляли дезертиры, не горевшие желанием проливать свою кровь в Красной армии, у более половины бойцов не было огнестрельного оружия.

В октябре 1919-го дружина Антонова, базировавшаяся в Инжавинских лесах и поддерживаемая крестьянами Кирсановского уезда, перемещалась по Тамбовщине, из уезда в уезд, уничтожая коммунистов, представителей карательных органов власти, продотряды и ссыпные пункты, раздавала зерно крестьянам. Тогда Антонов впервые напал на село Инжавино, где казнил нескольких коммунистов. Среди убитых антоновцами были председатель Тамбовского губисполкома, заведующий губернским контролем и др. С наступлением зимы Антонов вновь распустил большую часть своей дружины, а сам с небольшим отрядом в 50 бойцов укрылся в лесном лагере у села Рамза.

В то же время Антонов направляет письмо начальнику Кирсановской уездной милиции с протестом против очернения действий дружины. В письме атаман писал: «По дошедшим до нас сведениям, товарищи коммунисты, желая очернить меня и моих товарищей перед лицом трудового крестьянства и всей свободомыслящей России, обзывая нас бандитами, стараются приписать нам причастность к грабежам, совершенным в районе волостей: Трескинской, Калугинской, Курдюковской и др., прилегающих к этому району. Подобная наглость достойна позорной бюрократии старого времени. Я больше чем уверен, если вы истинные демократы, то, заглянув в тайники души своей, обрызганной святой кровью трудящихся, скажете: «Толкаемые бессильной злобой, мы бросаем людям незаслуженные обвинения, позорящие имя гражданина, хорошо зная, что эти люди не только сами не способны на такое позорное дело, но и не пропустят этого безнаказанно другим»... Нашу непричастность к грабительским бандам мы доказываем следующими фактами: Караваинская банда, находящаяся под руководством известного вам Бербешкина, ныне нами ликвидирована. Труп Бербешкина и его помощника Артюшки можете взять в округе «Кензари» в ста саженях от дороги направо, как ехать из Курдюков на Рассказово. Трупы других, если вам требуются, можем доставить по месту требования или просто обнаружить, причем считаем своим долгом довести до вашего сведения, на борьбу с уголовщиной мы всегда готовы подать вам руку помощи».

Антонов именовал себя независимым эсером, хотя при этом не считал себя членом эсеровской партии. Оторванный от центральных органов партии, не имея с ними никакой связи, без идейного партийного руководительства, он остался на позиции эсеровской партии до ее раскола. Ни общероссийское, ни губернское руководство эсеров не было причастно к движению, которое организовывал Антонов. ЦК Партии социал-революционеров (ПСР) не выдвигал тогда «на повестку дня» вооруженного восстания против коммунистов, считая, что разрозненные, стихийные выступления крестьян не приведут к победе, а только усилят красный террор. Лидеры эсеров надеялись на мирную акцию — крестьяне в своих коллективных «приговорах» должны были предъявить свои требования властям. В мае 1920 года ЦК ПСР предложил создавать в селах «Союзы трудового крестьянства», которые должны были стать альтернативой большевистским советам. Тогда же тамбовские эсеры начали восстанавливать эсеровские «Крестьянские братства».

После того как в конце 1919 года ЧК разгромила Тамбовский губком ПСР, эсеровское движение в губернии вышло из-под контроля Центрального комитета партии. Тамбовский губком ПСР требовал от Антонова прекратить называть себя эсером, подчиниться тактике партии, отказаться от террористической борьбы. Эсеры из Тамбовского губкома считали, что атаман провоцирует власти, что он собрал «шайку... которая перебила из-за угла до 200 совработников в Кирсановском уезде». Но атаман был сторонником «независимой партизанской тактики» и не желал слушать приказы эсеровских «бюрократов».

Весной 1920 года села Тамбовщины поднялись на новое восстание против диктатуры пролетариата. В марте началось выступление крестьян в Борисоглебском уезде, которое быстро распространилось на Воронежскую губернию. Против восставших была направлена группа Войск внутренней охраны республики (ВОХР) в составе пяти стрелковых батальонов, двух эскадронов, двух батарей и столько же бронепоездов. Эти войска на время погасили пламя восстания. Однако в апреле восстание возобновилось в Борисоглебском и Шацком уездах. Подразделения ВОХР не сумели справиться с восставшими, и только войска Орловского военного округа временно «умиротворили» Тамбовщину.

В начале мая произошло выступление крестьян в Рамзинской волости Тамбовского уезда, разгромивших продотряд и волостной совет. Тогда же вспыхнули локальные восстания в Лебедянском, Козловском, Темниковском и Кирсановском уездах. В мае на Тамбовщине появляется целая «зеленая армия» — до пяти тысяч повстанцев и дезертиров, базировавшихся в густых лесах, тянувшихся от Кирсанова до Моршанска. Антонов, пользуясь моментом, стремился организовать и поставить под свой контроль «зеленую армию» дезертиров.