25 августа, за неделю до начала войны, германским кораблям за рубежом был отдан приказ следовать в отечественные порты. Англичане были слишком заняты рейдерами, и немцы использовали Мурманск для дозаправки и стоянки судов, которые пересекали Атлантику в высоких широтах, прежде чем спускаться на юг вдоль нейтрального норвежского побережья. Таким образом до Германии добрались почти 100 судов общим водоизмещением 500000 тонн. Многие из них доставили ценные грузы. Несколько судов было перехвачено противником, однако большую часть из них затопили собственные экипажи. Еще более 300 судов остались в нейтральных портах.
Англичане, как и предполагалось, в самом начале войны установили блокаду. Начав с длинного списка контрабанды к концу ноября англичане распространили контроль на весь германский экспорт. Даже нейтральные суда обыскивались на предмет наличия контрабанды. Нейтральные грузы проверялись в нейтральных портах, чтобы дать англичанам возможность лучше контролировать морскую торговлю. Капитаны таких судов получали британские сертификаты, которые позволяли им избежать захода в британские порты для досмотра, ведь такая процедура подвергала суда риску подорваться на минах или попасть под атаку самолетов. Блокада не нанесла такого ущерба экономике Германии, как в Первую Мировую войну, так как сохранилась торговля с Россией и странами Восточной Европы, а кроме того были накоплены большие стратегические запасы. Самым уязвимым местом оказалась доставка железной руды из Норвегии и Швеции. Каждый год там закупалось около 11 миллионов тонн руды, которую доставляли в Германию морем, летом — по Балтике, зимой — вдоль норвежского побережья. Балтийские маршруты были относительно безопасны, так как союзники не собирались вторгаться в нейтральные Швецию и Норвегию, зато норвежское побережье было открыто для любых атак, если только англичане собирались нарушить международные законы. Такая ситуация неизбежно должна была привести к конфликту.
Германский флот ожидал, что англичане испробуют методы Первой Мировой войны, чтобы отразить подводную угрозу, они так и поступили. Британские торговые суда попали под руководство Адмиралтейства еще до начала войны. Они получили инструкцию сообщать обо атаках по радио, предпринимать маневры уклонения в случае попыток досмотра, использовать против подводных лодок артиллерию и глубинные бомбы, а если представится случай — таранить. Самые быстроходные суда следовали особыми, часто меняющимися маршрутами и немедленно получили вооружение. Для тихоходных судов были организованы конвои. Кораблей сопровождения не хватало, а использование системы конвоев снижало эффективность судоходства на 25 — 40 %. Однако конвоирование судов повышало их шансы уцелеть. Подводные лодки не могли использовать артиллерию против конвоируемых судов, поэтому их ограниченные запасы торпед быстро истощались.
Кроме того англичане имели новый прибор, о котором немцы почти ничего не знали — асдик или подводные эхолокатор. Однако его эффективное использование требовало высокой квалификации и настойчивости. Для обнаружения лодки требовались 2 или 3 эскортных корабля. Один из них проходил над предполагаемой позицией лодки, сбрасывая глубинные бомбы, и все вместе они пытались восстановить гидролокационный контакт, когда затихало эхо взрывов бомб. Обычно эта процедура повторялась, иногда на протяжении нескольких часов.
Англичане имели слишком мало кораблей, чтобы организовать большое число эскортных групп, или вести атаки долгое время. К 26 сентября 1939 они однако заявили, что вскоре все британские суда получат вооружение. Также англичане создали не слишком надежную систему воздушного поиска. Обычно британские самолеты вынуждали лодку временно погрузиться. Действия англичан создали такую ситуацию, в которой немцы почти не могли выполнять положения призового права.
Так как Германия имела мало океанских подводных лодок, ее флот с самого начала начал использовать надводные корабли для постановки мин. Эсминцы и другие корабли ставили оборонительные заграждения вдоль побережья Германии, а подводные лодки минировали подходы к британским портам. Надводные корабли ставили смешанные заграждения из якорных контактных и донных магнитных мин. Контактная мина устанавливалась на определенной глубине и взрывалась, когда корабль налетал на нее. Трос, связывающий мину с якорем, был самым слабым местом в конструкции, так как тральное приспособление подсекало его и освобождало мину. Всплывшая мина уничтожилась артогнем. Донная магнитная мина покоилась на дне и взрывалась, когда стальной корпус корабля вносил искажения в магнитное поле Земли. Ударная волна взрыва, как предполагалось, должна была разрушить корму корабля. Донные магнитные мины были особенно эффективны, и немцы надеялись, что англичане не скоро найдут способ борьбы с ними.
Так как надежда Гитлера поладить с Францией быстро рассеялась, начиная с 23 сентября началось минирование французских вод. Редер настаивал на постановках мин с самолетов, хотя мин пока было маловато. В ноябре Люфтваффе неохотно совершили ряд вылетов. И еще раз летчики оказались правы: постановки с воздуха были неточными, и англичане обнаружили 2 мины на отмелях Темзы. Когда в 1940 году было готово большое количество авиационных магнитных мин, англичане уже создали методы из траления.
В общем минная война, которая теперь стала практиковаться постоянно, была в первые 6 месяцев войны очень успешна. Несмотря на безразличие Люфтваффе и ограниченные возможности малых подводных лодок (которые могли нести только по 6 — 8 мин) англичане потеряли 114 торговых судов водоизмещением почти 400000 тонн плюс 2 эсминца и 15 тральщиков. Линкор "Нельсон", 2 крейсера и 2 эсминца были повреждены. Косвенные результаты тоже оказались значительными, так как англичанам пришлось привлечь к расчистке заграждений много потенциальных кораблей сопровождения. Кроме того нейтральные страны в определенной мере снизили объем торговли с Англией из-за минной опасности. Англичанам даже пришлось по этой причине временно закрыть порт Ливерпуль. Немцы потеряли 2 подводные лодки и 2 эсминца, потопленные по ошибке собственными самолетами. Британская подводная лодка "Салмон" повредила 2 легких крейсера, когда они прикрывали выход на минные постановки 5 эсминцев. Эти потери были крайне умеренными. Анализируя операции, Морское Верховное Командование было огорчено лишь неспособностью Люфтваффе добиться больших результатов, особенно в отдаленных районах, которых не могли достичь надводные корабли.
Перед началом войны в море были отправлены все наличные подводные лодки. 3 сентября они получили по радио приказ о начале военных действий. Капитан-лейтенант Фриц-Людвиг Лемп на U-30, как и командир остальных лодок, развернутых в Атлантике, в первый день войны не видел никаких целей. Но после заката появился корабль. Он был затемнен и шел зигзагом, держась в стороне от обычных маршрутов. Лемп опознал его как британский вспомогательный крейсер — большой пассажирский корабль, получивший вооружение и используемый для патрульной или эскортной работы. Лемп вышел в атаку. Только после того, как первая торпеда попала в цель, ему открылась истина. Атакованный пассажирский лайнер "Атения", имевший на борту более 400 человек, начал посылать сигналы SOS. 4 корабля, в том числе 2 эсминца, немедленно откликнулись на призыв. U-30 поспешила прочь, даже не сообщив об атаке, так как Лемп не хотел нарушать радиомолчание. Находившийся не слишком далеко германский лайнер "Бремен" слышал этот SOS. Пытаясь спасти людей с "Атении", он тоже мог стать жертвой. Поэтому тяжелая реальность войны заставила его следовать прежним курсом, чтобы оказаться подальше от места происшествия. Пока собирались корабли-спасатели, нос "Атении" задрался вверх, и лайнер скрылся в волнах Атлантики. Вместе с ним погибли 120 человек, в том числе женщины и дети.
"Зверство!" — завопила пресса союзников. "Провокация Черчилля!" — отвечал доктор Иозеф Геббельс. Он утверждал, что англичане сами потопили "Атению", чтобы вызвать заново разговоры о "гуннской жестокости", так же как во время Первой Мировой войны родились россказни о "бельгийских погромах". Сначала Редер и Дениц ничего не знали. Гитлер отреагировал немедленно, он приказал не атаковать пассажирские лайнеры ни при каких обстоятельствах.