U-30 вернулась в базу в конце сентября. Только тогда Дениц узнал правду — но Геббельса уже нельзя было унять. Вместо благородного признания собственной ошибки он продолжал отстаивать шитую белыми нитками версию "провокации". Более того, чтобы получше замести следы, Дениц приказал вырезать страницу из бортового журнала U-30. Однако с нее было снято 8 копий.
Инцидент с "Атенией" стал первым в цепи событий войны внутри войны: серии заявлений и опровержений, обвинений и контробвинений, действий и репрессалий. Хотя союзники и не ожидали такого, германский флот начал войну строго придерживаясь положений призового права, записанных в Лондонском протоколе о подводной войне от 1936 года. Этот протокол требовал от подводной лодки соблюдать те же самые правила, которые ограничивали действия надводных кораблей. Они должны были остановить торговое судно и обыскать его, даже если это судно и было вооружено. Только в случае сопротивления подводная лодка могла отбросить все правила и не заботиться о безопасности пассажиров и экипажа. По этому протоколу спасательные шлюпки не гарантировали безопасности людей, если только рядом не находилось другое судно или события происходили вблизи от берега.
Теоретически такие правила могли дать англичанам некоторый выигрыш времени, если бы немцы рвались соблюдать их. Но военная необходимость быстро разнесла в клочья любые ограничения. Теоретически по тому же протоколу англичане не имели права вооружать торговые суда. Они могли продолжать посылать одиночные невооруженные суда через Атлантику, заявив, что те совершают переход на свой страх и риск. Ведь после досмотра и снятия экипажа их могут потопить.
Англичане, естественно, во всем обвиняли немцев, особенно после потопления "Атении". Более того, рискованность подобных действий в принципе была неоправданно высока. Англичане задолго до начала войны запланировали вооружение торговых судов и приказали им использовать свои рации не только для вызова судов на помощь экипажу, но и для сообщений военным кораблям, которые могли бы атаковать подводную лодку. Наличие орудий на торговых судах вынудило командиров подводных лодок самих решать, как будут использоваться эти орудия — для обороны или атаки, то есть до или после того, как подводная лодка предпримет какие-то действия. Принять подобное решение, стоя на качающейся, заливаемой волнами рубке уязвимой подводной лодки очень трудно. Англичане считали использование радио исключительно оборонительными действиями. Но командиры-подводники считали радиомолчание абсолютной гарантией собственной безопасности. Они полагали, что торговые суда использующие радио, становятся воюющей стороной, так как это помогает британской морской разведке — и были совершенно правы.
После приказа Гитлера "никаких пассажирских лайнеров" без предупреждения можно было топить: военные корабли; торговые суда, имеющие корабельное или воздушное прикрытие; суда, оказывающие любую форму сопротивления. Так как Гитлер все еще надеялся найти ту или иную форму политического соглашения с Францией и Англией после завершения польской кампании, он запретил подводным лодкам атаковать французские суда. Это было достаточно странно, так как в отношении британских судов ничего сказано не было. Немцы даже не останавливали французские суда, хотя они использовали радио, чтобы вызвать эсминцы, когда замечали подводную лодку. Действуя в условиях таких ограничений, те 8 или 9 лодок, которым в тот момент располагал Дениц, конечно же не могли нанести серьезного урона судоходству противника.
Через 2 дня после начала войны стало ясно, что никто не намерен соблюдать условия Лондонского протокола. 5 сентября капитан-лейтенант Герберт Шульце на U-48 остановил пароход "Ройял Скептр" выстрелом по курсу. Пароход немедленно начал вызывать помощь по радио и попытался удрать. Шульце остановил пароход выстрелом из 3.5" орудия, и большая часть экипажа спаслась. Однако радист продолжал посылать сигнал SSS (подводная лодка). Опасаясь повредить снарядами шлюпки, Шульце потопил пароход торпедой. Радист продолжал свою работу до конца и пошел на дно вместе с судном. Вскоре после этого Шульце остановил британский пароход "Браунинг" и приказал ему оказать помощь экипажу "Ройял Скептра" — к величайшему изумлению экипажа "Браунинга", который бросился по шлюпкам при первом же выстреле Шульце.
В первые недели войны британские суда раз за разом упрямо посылали сигнал SSS. В одном случае Шульце сам послал SSS: "Мистеру Черчиллю. Потопил британский пароход "Фирби". Пожалуйста, подберите экипаж". Это была не просто бравада, но и жалкая попытка соблюсти дух призового права.
Англичане однако не собирались прекращать сопротивление. Одно судно полагалось на свои орудия, другое пыталось пойти на таран. Германские командиры пока еще пытались согласовать свои действия с ограничениями Лондонского протокола. Капитан-лейтенант Генрих Либе спас экипаж горящего танкера, хотя тот уже использовал радио. Он отдал пленным спасательные жилеты собственного экипажа, так как не мог передать их на нейтральное судно. Другие командиры лодок попытались оказывать помощь раненым, ставить на ровный киль опрокинувшиеся спасательные шлюпки, передавали спасшимся воду, продукты, карты.
Учитывая полученный опыт и заявления англичан, что вскоре все суда получат вооружение, Редер сумел убедить Гитлера снять ограничения на действия подводных лодок. Шаг за шагом в конце сентября и начале октября были утверждены предложенные изменения. Все суда, использующие радио, могут быть атакованы без предупреждения. Французские суда теряют свой иммунитет. Призовое право не применяется в Северном море (чуть позднее это же было распространено и на Западные Подходы). Любые суда без огней, следующие у побережья Франции и Англии становятся целями. Нейтральные суда предупреждены, что любые действия, которые могут быть истолкованы как враждебные, приведут к возмездию. И вообще с обыском нейтральных судов в водах, омывающих Британские острова пришлось распроститься из-за слишком большого риска. Пассажирские суда под вражескими флагами все еще не подвергаются атакам.
Необходимость увеличить количество подводных лодок обсуждалась постоянно. Почти все совещания у Гитлера затрагивали вопрос ускорения строительства лодок. Редер даже убедил Гитлера посетить Вильгельмсхафен, чтобы посмотреть на подводные лодки и познакомиться с удачливыми экипажами. Предполагались закупки лодок за границей. Однако Гитлер отказался обсуждать этот вопрос с русскими, так как это означало приоткрыть свою слабость перед Россией. Италия и Япония отказались продавать лодки. Зато Япония и Россия предложили свои базы для действий лодок, что было принято. Германские лодки так и не начали использовать русские базы, зато одна из японских баз использовалась позднее до самого конца войны. В отдаленных районах предполагалось для ремонта и снабжения лодок использовать плавучие базы.
В первые недели войны борьба велась в рамках строгих ограничений, поэтому подводные лодки не могли использовать свои тактические преимущества. Ночные атаки — самое эффективное оружие подводных лодок — принесли только 3 % потопленного тоннажа. Но англичанам тоже пришлось нелегко. Они знали о слабости своих эскортных сил и пытались обеспечить защиту множеству кораблей, рассеянных по всему Атлантическому океану. Такое нелепое желание неожиданно предоставило германским лодкам ряд благоприятных возможностей.
Первая выпала 14 сентября на долю U-39 — и ее командир не замедлил воспользоваться случаем. Он выпустил 3 торпеды в авианосец "Арк Ройял", все 3 взорвались. Торжествовать экипажу U-39 пришлось недолго, так как 3 эсминца сопровождения немедленно атаковали лодку глубинными бомбами. Лодка попыталась уклониться, но была повреждена, и ей пришлось всплыть на поверхность. Эсминцы бросились к лодке, и экипаж покинул поврежденный корабль. Лодка затонула. Только попав на борт английских кораблей, немцы сообразили, что авианосец остался цел и невредим. Все 3 торпеды взорвались преждевременно из-за дефекта магнитного взрывателя. U-39 стала первой германской подводной лодкой, погибшей во Второй Мировой войне.