Через 3 дня капитан-лейтенант Отто Шухарт заметил в перископ 10000-тонный пассажирский лайнер. Затем позади лайнера промелькнул авианосный самолет. Лайнер быстро отвернул, и Шухарт не успел ни атаковать его, ни даже опознать. Чуть позднее, продолжая следить за лайнером, Шухарт заметил авианосец, который пока находился еще очень далеко, но шел прямо на лодку. Махнув рукой на лайнер, Шухарт переключился на новую цель. Ни эсминцы сопровождения, ни самолеты не заметили черную тень, мелькнувшую в воде, пока Шухарт маневрировал выходя в атаку. Однако авианосец шел зигзагом, и прошло 2 часа, пока лодке удалось занять подходящую позицию. Наконец авианосец резко повернул, подставив борт, и Шухарт выпустил 3 торпеды практически наугад, так как стрелял прямо против слепящего солнца. U-29 начала быстро погружаться, и все на борту напряженно ждали результатов. Экипаж лодки услышал 2 взрыва. Потом раздалась еще серия взрывов, как будто рвались боеприпасы и котлы авианосца.

Экипажу Шухарта предстояла неизбежная атака глубинными бомбами, которую лодке удалось пережить. Зато голландский лайнер "Веендам", невольный виновник и свидетель стычки, бросился на помощь эсминцам. Они сумели спасти 682 человека, однако 518 человек, включая командира авианосца, погибли. "Корейджес" быстро повалился на левый борт и перевернулся килем вверх. Немного продержавшись на воде, он затонул. Всего 15 минут отделяли попадания торпед от того момента, когда авианосец скрылся под водой.

Столкновения с двумя авианосцами подряд, конечно, были случайными. Однако следующая операция стала реализацией плана 25-летней давности. Немцы подпалили бороду королю Англии прямо в его главной военно-морской базе Скапа Флоу, точно так же, как Дрейк растрепал Армаду в бухте Кадиса. Для атаки был выбран упрямый капитан-лейтенант Гюнтер Прин. (Аналогичная попытка стоила 2 подводных лодок в Первую Мировую войну.)

Скапа Флоу — это обширный бассейн, окруженный островами. Все проливы между ними были блокированы затопленными судами, за исключением входных фарватеров, прикрытых разводными сетями. Немцы провели тщательную разведку Скапа с воздуха и с помощью подводной лодки, которую сильными течениями случайно затащило ко входу в гавань. Один пролив казался заблокированным ненадежно. Именно этим проливом в ночь на 13 октября U-47 пробралась в надводном положении в гавань Скапа. Течение едва не выбросило лодку на скалы, но быстрые уверенные маневры позволили провести лодку через узости. Мгновенная вспышка бледного северного сияния помогла Прину сориентироваться при входе, однако свечение погасло, когда Прин начал осторожно осматривать гавань. Прин быстро понял, что в этот день большая часть Флота Метрополии находится в море, однако все-таки выпустил 3 торпеды в цель, которую определил как 2 линкора. Он увидел только 1 попадание в более дальнюю цель. На самом же деле это было попадание в носовую часть единственного присутствовавшего линкора. Прин развернулся и выпустил торпеду из кормового аппарата. Снова безрезультатно.

Все еще находясь на поверхности в главной военно-морской базе Великобритании Прин медленно описал циркуляцию вокруг цели, чтобы перезарядить носовые аппараты. Гавань оставалась подозрительно тихой, несмотря на взрывы. Англичане решили, что они произошли внутри корабля. После этого Прин выпустил еще 3 торпеды. На сей раз все они попали в цель. Сначала у борта линкора вырос столб воды, затем взметнулась колонна пламени, когда начали рваться боеприпасы. Прин повернул лодку и повел ее к выходу из гавани. Великолепное маневрирование позволило ему ускользнуть с места величайшего позора Императорского Германского Флота, частично оплатив счета 25-летней давности.

U-47 благополучно добралась до дома, а англичанам осталось только объявить о гибели линкора "Ройял Оук" вместе с 833 членами экипажа. В Германии Прина встретили как национального героя. Редер и Дениц посетили его лодку в доке. Экипаж был на самолете доставлен в Берлин, где Прин получил Рыцарский Крест из рук восхищенного Гитлера, который полностью использовал представившиеся возможности поднять дух нации. Флот резко повысил свои акции в глазах Гитлера.

16 октября 1939, через 2 дня после получения сообщения об атаке Прина, Гитлер наконец согласился разрешить торпедировать любые вражеские торговые суда без предупреждения. Более того, было сделано предупреждение, что пассажирские суда, следующие в составе конвоев, могут быть тоже атакованы. Эти шаги были предприняты в ответ на действия англичан, которые создавали угрозу подводным лодкам со стороны торговых судов. Через месяц немцы сняли вообще всякие ограничения на атаки лодок против пассажирских судов, так как стало ясно, что те тоже вооружены. Однако об этом приказе не сообщили в открытую.

После того, как все вражеские суда без исключения, стали объектом неограниченной подводной войны, естественным следующим шагом становилось ограничение доступа нейтральных судов на Британские острова. Пан-Американская нейтральная зона, простирающаяся на 300 миль в Атлантику, и объявление зоны военных действий правительством США, которое запрещало американцам передвигаться в больших зонах опасности в восточной Атлантике, упростили задачу немцев. Они соблюдали зону нейтралитета, а заявление США вымело из района военных действий большую часть нейтральных судов. Остальные нейтральные страны получили рекомендации избегать опасных зон вокруг Британских островов.

1 декабря 1939 была объявлена первая "зона минной опасности", которая включала в себя мелководье вокруг Британских островов. Внутри этой зоны германские подводные лодки должны были топить торпедами все суда, исключая дружеских нейтралов. Все потопления следовало списывать на мины. Фактически, этот приказ объявлял неограниченную подводную войну на ограниченной акватории. Редер в декабре начал требовать расширения опасной зоны и объявления "осады Англии", но Гитлер не спешил. Однако некоторые страны, которые посылали свои суда в Англию, стали объектом репрессалий. 30 декабря был отдан приказ атаковать без предупреждения суда таких стран, начиная с Греции. Следовало увеличить количество атак, и постепенно война начала приобретать новый характер. В конце 1939 был отдан приказ "не спасать уцелевших", так как подводные лодки подвергались большой опасности, действуя вблизи от британских морских и воздушных баз. Этот приказ не распространялся на отдаленные районы. Теперь лодки сами определяли для себя правила действий, основываясь на собственной оценке ситуации. По мере создания новых систем оружия, создавались и новые правила войны.

Воодушевленный успехом Прина и тем, что британский флот был вытеснен в необеспеченные вспомогательные базы, Дениц продолжал ориентировать часть лодок на борьбу с военным флотом, хотя это означало ослабление усилий по уничтожению торгового тоннажа. Однако много возможностей было упущено из-за дефектов торпед. Самым печальным для немцев стал эпизод с U-56, которая отважно проникла внутрь завесы эсминцев и выпустила 3 торпеды в линкор "Нельсон". Все 3 попали в цель, но ни одна не взорвалась. Через несколько недель линкор "Барэм" был поврежден торпедой c U-30. Германский флот не ожидал слишком больших успехов от ограниченного числа лодок, однако те сработали неплохо. И это было только начало.

В начале войны 2 карманных линкора — "Дойчланд" и "Граф Шпее" — уже находились в море. Во время своих походов они, как и вспомогательные крейсера, отработали новые методы нарушения торгового судоходства. Системы радиоперехвата и расшифровки переговоров противника давали информацию о передвижении судов противника. Это позволяло штабу флота часто пересылать суммарную информацию рейдерам. Все маршруты, точки рандеву, абсолютно все имело свои кодовые названия. Поэтому командиру рейдера оставалось только слушать передачи штаба и отвечать однобуквенной радиограммой, указывающей на выбранный им вариант. Радио часто использовалось для введения противника в заблуждение. Карманные линкоры, линейные крейсера, вспомогательные крейсера, подводные лодки — все немецкие корабли часто изображали один другого или вражеские корабли. Иногда использовалась рация захваченного судна союзников. Обман в исполнении вспомогательных крейсеров превратился в подлинное искусство. Даже "Граф Шпее" соорудил себе фальшивые трубу и башню. Кроме великолепной оптики, германские корабли имели радиолокационный дальномер, действующий на дистанциях до 18,5 миль.