При таких обстоятельствах надежды, которые связывались в Афинах с отплытием многочисленного флота под командою Алкивиада, остались неосуществленными. Для крупных экспедиций зима вообще была неблагоприятной порой; скоро Алкивиаду пришлось бороться с финансовыми затруднениями, причем не обошлось без тяжелого притеснения союзников. Наконец, однажды, когда Алкивиад отправился в какую-то экспедицию, Лисандру удалось нанести поражение афинскому флоту, стоявшему у Нотия для охранения Эфеса, причем в его руки попало 15 триер; это была первая неудача на море, которую Афины потерпели за последние пять лет (весною 406 г.).
Это было сравнительно ничтожное поражение, нисколько не изменившее положения военных дел; но в Афинах оно произвело тем более сильное впечатление, что там с уверенностью ждали великих побед под предводительством Алкивиада. Этим настроением не замедлили воспользоваться многочисленные враги последнего; и они действительно достигли того, что на происшедших непосредственно после поражения выборах стратегов Алкивиад не был вновь избран. Гордость не позволяла ему вернуться в Афины, а так как и во флоте его влияние было поколеблено, то он тотчас сложил с себя начальство; он слишком высоко поднялся, чтобы подобно обыкновенному полководцу явиться для представления отчета в правильности своих действий. Поэтому он отправился в добровольное изгнание в свои укрепленные замки на Геллеспонте, которые он приобрел в период своего могущества как убежище на случай крайней нужды. Начальство над флотом принял Конон из Анафлиста, один из товарищей Алкивиада по стратегии, утвержденный в должности при выборах на следующий год.
В пелопоннесском флоте также произошла смена военачальников; место Лисандра в начале нового служебного года занял Калликратид (середина лета 406 г.). В то же время флот был увеличен до ста сорока триер, и явилась наконец возможность перейти к энергичному наступлению. Пелопоннесцы взяли приступом афинскую крепость близ Дельфиния на Хиосе, затем овладели Метимной на Лесбосе. Конон был слишком слаб, чтобы воспрепятствовать этим успехам, потому что его моряки, которым он, вследствие нужды в деньгах, платил жалованье неаккуратно, дезертировали массами, и его флот уменьшился благодаря этому до семидесяти триер. Наконец Калликратид принудил его к сражению перед Митиленской гаванью; 30 аттических триер было взято, остальные заперты в Митилене. Большого флота, который так долго господствовал на Эгейском море, более не существовало; с минуты на минуту можно было ожидать падения осажденного города, а от этого, по-видимому, зависел исход войны.
Так изменилось положение дел, с тех пор как Алкивиад, менее чем год назад, отплыл для покорения Ионии. Но в Афинах понимали, что необходимо употребить все средства, чтобы предотвратить грозящий удар. Все суда, какие нашлись в арсенале, были приведены в исправность, и созваны все годные к военной службе жители Аттики; метекам были обещаны права гражданства, рабам — свобода. Для покрытия расходов расплавили почти все золотые и серебряные жертвенные дары, какие еще оставались в храмах на Акрополе. Таким образом, снарядили 110 триер; Самос выставил 10 кораблей, из всех частей Эгейского моря созваны были рассеянные там эскадры. По истечении месяца оказалось возможным отправить 150 триер для освобождения Митилены. Узнав об этом, Калликратид разделил свой флот, который между тем возрос до ста семидесяти триер; 50 кораблей он оставил у Митилены, а сам со ста двадцатью кораблями двинулся навстречу неприятелю. При Аргинусских островах, у южного входа в Лесбосский пролив, произошло морское сражение, величайшее из всех, бывших ранее в течение этой войны, и афиняне еще раз одержали победу. Калликратид пал, 70 его кораблей были потоплены или взяты в плен, остальные спаслись в Хиос и Фокею. Если бы афинские полководцы энергично воспользовались своей победой, они могли бы уничтожить и ту эскадру, которая блокировала Митилену. Но вместо того, чтобы действовать, они держали военный совет; между тем поднялся сильный северный ветер, который не только сделал невозможным переход в Митилену, но помешал афинянам даже спасти экипажи своих собственных разбитых бурею кораблей. Благодаря этому пелопоннесцам удалось посадить на корабли свои сухопутные войска, погрузить припасы и перевести свою эскадру в Хиос (осень 406 г.).
Но успехи, достигнутые афинянами, все-таки были очень значительны; Конон был спасен, перевес Афин на море восстановлен. Правда, победа была куплена дорогою ценой; погибло 25 триер почти со всем экипажем, и эти потери были тем более чувствительны, что экипаж на этот раз состоял не из наемных моряков, как бывало прежде, а большею частью из афинских граждан. Скоро распространился слух, что моряки, удержавшиеся на обломках потерпевших крушение кораблей, могли бы быть спасены, если бы стратеги не бросили их на произвол судьбы. Вследствие этого военачальники были отрешены от должности и вызваны в Афины для объяснений. Они попытались свалить ответственность на триерархов, которым они поручили спасение потерпевших кораблекрушение, — между прочим, на Фрасибула и Ферамена; но этим они только ухудшили свое положение, потому что теперь Ферамен и его товарищи ради собственного спасения принуждены были выступить с обвинением против стратегов. Они без труда сумели доказать, что приказ о спасении потерпевших кораблекрушение был получен ими лишь тогда, когда разыгравшаяся буря сделала невозможной какую бы то ни было попытку к спасению, и, таким образом, в свою очередь свалили ответственность с себя на стратегов. Озлобление народа против последних росло с каждым часом; решено было не передавать их дела суду, а рассмотреть его в самом Народном собрании. После двух бурных заседаний произнесен был приговор, против обыкновения — не о каждом обвиняемом в отдельности, а обо всех вместе; они были приговорены к смерти и конфискации имущества. Из восьми стратегов, командовавших флотом при Аргинусских островах, двое, Протомах и Аристоген, сознавая грозящую им опасность, не решились даже явиться на суд народный; остальные шесть были казнены. Это были: Перикл, сын великого Перикла и Аспасии, Фрасилл, один из вождей демократического восстания на Самосе, затем Диомедонт, Лисий, Эрасинид и Аристократ, — все убежденные демократы и заслуженные офицеры, которые после блестящей победы, только что спасшей владычество Афин, могли, конечно, рассчитывать на более мягкий приговор, даже если они действительно не сделали всего возможного для спасения своих погибавших солдат. Так взглянул на дело Сократ, заседавший в рядах пританов во время рокового голосования; к тому же убеждению скоро пришло и общественное мнение Афин. Осуждение полководцев возбужденной чернью психологически можно понять, а, следовательно, и простить; но оно остается позором для Афин или, вернее, для того государственного строя, при котором были возможны такие явления.
Политические мотивы, по-видимому, не играли никакой роли при осуждении полководцев. Но партия Алкивиада, конечно, не преминула воспользоваться гибелью стратегов, которые предыдущей весною лишили Алкивиада и его друзей их руководящего положения. В Афинах оживленно обсуждали вопрос о возвращении Алкивиада, и если эта агитация вследствие страха толпы перед тиранией оказалась безуспешной, то по крайней мере друг Алкивиада Адеймант попал в число новых стратегов, которые были избраны для замещения казненных полководцев. Избран был также Ферамен, но его избрание при поверке в гелиее признано недействительным. Руководящее влияние в Афинах по-прежнему принадлежало Клеофонту. Во главе флота стали Конон, Адеймант и Филокл; весною им в помощь избрали еще новых трех стратегов, Менандра и Тидея, которые уже раньше командовали в Сицилии, и Кефисодота, который теперь выступает на сцену впервые. Полководцы должны были ежедневно чередоваться во власти, благодаря чему, разумеется, исчезало всякое единство в командовании.
В Спарте аргинусская катастрофа должна была произвести еще более глубокое впечатление, чем некогда поражение при Кизике. Тогда пелопоннесцы потеряли только пустые корабли; теперь урон составлял 70 с лишком триер со всем экипажем — около 14 тыс. человек: еще ни одно сражение в течение этой войны не стоило даже приблизительно такого количества жертв. И особенно тяжело пострадала сама Спарта, потому что из выставленных ею десяти судов только одному удалось спастись. Между тем силы Афин казались неистощимыми, и конец войны — более далеким, чем когда-либо. Поэтому решено было снова предложить мир, — разумеется, опять под единственно возможным условием сохранения status quo. Но теперь, после новой блестящей победы, Клеофонт был менее, чем когда-либо, склонен согласиться на мир, который восстановлял владения Афин не в полном объеме; по его настоянию предложения спартанцев были отвергнуты.