Кир и ионийские союзники пелопоннесцев потребовали теперь, чтобы во главе флота снова был поставлен Лисандр, единственный человек, который до сих пор оказался способным руководить морской войною; и Спарта не могла отказать в исполнении этого требования. Правда, существовал закон, в силу которого никто не имел права быть навархом более чем один раз в жизни; но этот закон обошли, дав Лисандру только полномочия, но не титул наварха. Щедрые субсидии, которые Лисандр получал от Кира, дали ему возможность возместить потери, понесенные флотом при Аргинусских островах; однако приготовления потребовали немало времени, и только поздним летом 405 г. пелопоннесский флот был снова в состоянии перейти к наступательным действиям. Он направился к Геллеспонту и здесь приступом взял Лампсак. Афиняне тотчас последовали за Лисандром и остановились напротив Лампсака, у берега фракийского Херсонеса, на открытом рейде Эгоспотам; полагаясь на свою большую опытность в морском деле, они не сочли нужным опереться на какой-нибудь укрепленный пункт. По силе оба противника были приблизительно равны; у афинян было 180, у пелопоннесцев около двухсот триер; тем не менее Лисандр не решился принять битву, которую предлагал ему неприятель, и остался со своими кораблями под стенами Лампсака. Лишь на пятый день он неожиданно перешел в наступление, как раз в то время, когда афиняне, обманутые его медлительностью, рассеялись по берегу. Пелопоннесский флот быстро прошел узкий пролив; афиняне не успели посадить войско на корабли или даже выстроиться в боевом порядке. Таким образом, афинский флот почти без сопротивления сделался добычей неприятеля; спаслось только 20 кораблей со стратегом Кононом. Большая часть экипажа остальных судов нашла убежище в Сеете и других городах Херсонеса; и все-таки победитель взял в плен несколько тысяч человек. Оказавшихся между ними афинян, числом 3000 человек, Лисандр казнил в Лампсаке в отместку за жестокости, совершенные афинянами над пелопоннесскими пленными. Пощажен был один Адеймант, — как думали, за то, что он выдал флот Лисандру.
Никогда еще не была одержана такая блестящая победа при столь ничтожных жертвах; не потеряв ни одного корабля, почти ни одного человека, Лисандр уничтожил великий афинский флот. Участь войны была решена; Афины теперь уже не имели средств, чтобы соорудить новый флот. Даже из тех немногих кораблей, которые спаслись от поражения, Афины нескольких лишились, потому что Конон, не решаясь показаться на глаза своим согражданам, бежал с 8 триерами к дружественному Афинам царю Саламина на Кипре, Эвагору. Теперь афинское владычество рушилось всюду; укрепленные пункты союза сдавались без сопротивления, тем более что Лисандр предоставлял гарнизонам свободное отступление. Так пали сначала Сеет, затем Византия и Митилена; десяти кораблей было достаточно, чтобы подчинить Спарте всю афинскую Фракию. Из всех союзных городов остался верен Афинам один только Самос.
Одна из спасшихся триер привезла в Пирей известие об уничтожении флота. Было уже темно, когда корабль вошел в гавань; но печальная весть в тот же вечер с быстротою молнии облетела весь город, и, по словам современника, в эту ночь никто не сомкнул глаз. Теперь вспомнили о всех насилиях, совершенных Афинами в период их могущества над другими греческими городами; вспомнили о гражданах Мелоса, Скионы, Тороны, которые были перерезаны, жены и дети которых были проданы в рабство, о жителях Эгины и Гистиеи, которых Афины лишили всего имущества и обрекли на изгнание. Что, если победители отплатят им теперь тем же? Однако решено было, что бы ни случилось, пасть по крайней мере с честью. Итак, город был приведен в оборонительное положение, всем тем, которые потеряли политические права за участие в олигархическом движении 411 г. или как несостоятельные государственные должники, были возвращены все их права, верным самосцам дарованы права афинского гражданства. Только на возвращение изгнанников даже теперь не могли решиться.
Вскоре Лисандр со 150 кораблями появился в Сароническом заливе; он овладел Эгиной и затем стал на якорь в виду Пирея. В то же время царь Павсаний, четыре года назад (409/408 г.) унаследовавший после своего отца Плистоанакта трон Агиадов, повел соединенную пелопоннесскую армию в Аттику, где соединился с войском, которое под начальством Агиса охраняло Декелею. Оба царя подошли к Афинам и стали лагерем у Академии, непосредственно под городскими стенами. Однако они скоро убедились в том, что силою взять Афины невозможно; поэтому пелопоннесская армия с наступлением зимы вернулась на родину, и остался только флот, чтобы отрезать Афинам подвоз с моря. Через несколько месяцев, приблизительно в январе, стали истощаться запасы в густонаселенном городе, и осажденные решили, наконец, вступить в переговоры. Афины изъявили готовность отказаться от подвластных им областей, за исключением Самоса и клерухий, и заключить союз со Спартою. На такие условия победители, конечно, не могли согласиться; они требовали разрушения Длинных стен на протяжении десяти стадий (около 2 км) и уступки всех внешних владений, исключая Лемноса, Имброса и Скироса, где со времени Персидских войн обитали афинские выходцы и уже не было прежних жителей, которых можно было бы водворить обратно. При данном положении вещей это были очень умеренные требования. Но Клеофонт все еще не хотел примириться с обстоятельствами; по его предложению народ решил не слушать никого, кто дерзнет выступить в защиту такого мира.
Это было, конечно, явное безумие, потому что Афинам не от кого было ждать помощи и только чудо могло спасти город; дальнейшее сопротивление могло повести только к увеличению требований, предъявляемых победителями. Мало того, можно было опасаться, что, раз переговоры будут прерваны, Спарта откажется возобновить их и потребует безусловного подчинения. Чтобы предотвратить эту опасность, Ферамен вызвался отправиться к Лисандру в качестве посла с целью добиться более выгодных условий; он, разумеется, очень хорошо знал, что ничего не добьется, но важно было затянуть переговоры, пока народ образумится. Поэтому Ферамен провел в главной квартире Лисандра три месяца, а в это время голод в Афинах все более усиливался и уносил много жертв. Между тем друзья Ферамена не сидели сложа руки; партия мира получила перевес в Совете; Клеофонт был привлечен к суду по обвинению в том, что не исполнил своих обязанностей в качестве офицера, и благодаря господствовавшему теперь в Афинах настроению олигархам удалось добиться его осуждения и казни.
Таким образом, главный противник мира был устранен. Ферамен вернулся в Афины и тотчас был отправлен во главе посольства в Спарту с неограниченными полномочиями для заключения мира. Разумеется, теперь уже не могло быть речи о таких условиях, какие были предложены четыре месяца назад. Коринфяне, фиванцы и другие спартанские союзники потребовали даже, чтобы Афины были разрушены, а граждане проданы в рабство. Но такое варварство было совсем не в духе Спарты, которая со времени покорения Мессении не уничтожила ни одной эллинской общины. Итак, Афинам был дарован мир; они сохранили свою независимость и удержали за собою всю территорию Аттики со включением Саламина. За то они должны были отказаться от всех своих внешних владений, разрушить укрепления Пирея и Длинные стены, соединявшие гавань с городом, выдать свои военные корабли, за исключением 12-ти, вернуть изгнанных и обязаться помогать Спарте войском в случае войны.
На следующий день по возвращении Ферамена Народное собрание утвердило эти условия, и Лисандр вступил с пелопоннесским флотом в Пирей. 16 мунихиона (в апреле) 404 г. Лисандр тотчас принялся разрушать Длинные стены при ликовании своих союзников; они думали, что теперь свобода эллинов наконец обеспечена. Им очень скоро пришлось убедиться, что они только переменили господина.
Оставалось еще подчинить Самос. После короткого пребывания в Афинах Лисандр отправился туда с флотом и приступил к осаде. Население защищалось с мужеством отчаяния, понимая, что после кровавой революции 412 г. оно не может рассчитывать на пощаду. Разумеется, и здесь всякое сопротивление оказалось бесполезным; спустя несколько месяцев город принужден был сдаться. Жителям предоставлено было право свободного отступления; изгнанные восемь лет назад землевладельцы вернулись на родину и снова вступили во владение своими поместьями.