Карфагеняне принуждены были оставаться почти безучастными зрителями осады Мотии; морская демонстрация, предпринятая для спасения города, не имела успеха. Лишь следующею весною (396 г.) они окончили свои приготовления; их полководец Гимилькон, тот самый, который в предшествовавшую войну взял Акрагант и Гелу, высадился с сильным войском в гавани Панорма. Между тем Дионисий снова перешел в наступление, привлек на свою сторону Галикии и приступил к осаде Сегесты. Но когда перед ним явился Гимилькон, он не решился сразиться с более сильным неприятелем и поспешно вернулся в восточную часть острова, чтобы на всякий случай обеспечить себе сообщение с Сиракузами. Эрике, Галикии и сиканы снова перешли на сторону карфагенян; Мотию Гимилькон также покорил снова. Спустя короткое время карфагеняне срыли Мотию вследствие ее неудобного стратегического положения и вместо нее основали поблизости новый город Лилибей, на мысе того же имени, составляющем крайнюю западную оконечность Сицилии. С тех пор Лилибей оставался главным арсеналом карфагенян на острове.
После этих успехов карфагенский полководец повел свое войско вдоль северного побережья острова на восток. Фермы подчинились ему без кровопролития, Мессена после слабого сопротивления была взята штурмом и разрушена до основания. Затем и сикелы отложились от Дионисия и выставили свой контингент в карфагенскую армию. Так как извержение Этны сделало непроходимой прямую дорогу вдоль берега, то Гимилькон направился через страну своих новых союзников в Катану, оставляя вулкан по левую руку; в Катане флот снова должен был соединиться с армией.
Чтобы прикрыть Сиракузы, Дионисий занял оборонительную позицию у горы Тавра, вблизи нынешней Августы; он хотел воспользоваться этим благоприятным моментом, когда армия и флот неприятеля были разъединены, для того чтобы нанести ему решительный удар. Он прошел вперед до Катаны и приказал своему брату Лептину, командовавшему флотом, напасть на отрезанный от своего сухопутного войска карфагенский флот. Хотя карфагеняне имели 200 с лишком военных кораблей, а сиракузцы только 180, но это небольшое количественное различие с избытком возмещалось тем, что греческий флот состоял частью из четырех- и пятивесельных кораблей. Действительно, карфагенский адмирал Магон хотел избегнуть сражения; но Лептин скоро настиг его, далеко опередив с 30 лучшими своими судами остальную часть своего флота. Финикийцы поневоле должны были вступить в битву; ввиду их численного перевеса Лептин после мужественного сопротивления принужден был отступить; остальные сиракузские корабли, подошедшие без всякого порядка, были легко обращены в бегство и, преследуемые финикийцами, большею частью взяты в плен или потоплены. Сиракузцы потеряли более ста кораблей со всем экипажем, свыше 20 тыс. человек; стоявшее на берегу сухопутное войско было беспомощным зрителем поражения.
Теперь Дионисию ничего другого не оставалось, как поспешно возвратиться в Сиракузы. Карфагеняне последовали за ним; их флот, состоявший из двухсот восьми военных кораблей, вошел в большую гавань, тогда как Гимилькон с сухопутной армией расположился лагерем у храма Зевса Олимпийского, к югу от устья Анапа, почти на том самом месте, где 18 лет назад стоял лагерь афинян. Блокада города была невозможна со времени укрепления Эпипол; поэтому карфагенский полководец ограничился опустошением окрестностей Сиракуз. Между тем наступила осень, и в войске, скученном на небольшом пространстве в болотистой низменности, появилась чума, зародыши которой армия принесла с собою из Ливии; жертвы эпидемии вскоре насчитывались тысячами. В то время как силы неприятеля были парализованы чумою, к сиракузцам подоспела помощь из Пелопоннеса. Спарта только что заключила перемирие с Тиссаферном (см. выше, с. 103) и потому получила возможность отправить в Сиракузы эскадру под начальством Фаракса; Коринф также прислал несколько кораблей на помощь своей колонии, да и италийские греки не отказали Сиракузам в поддержке. Дионисий произвел одновременное нападение на осаждающих с суши и с моря, увенчавшееся полнейшим успехом. Значительная часть неприятельского флота была сожжена, а сухопутная армия заперта в своем лагере. Гимилькон счел свое дело проигранным; бросив армию на произвол судьбы, он со своим карфагенским ополчением бежал в Африку. После этого сицилийские союзные отряды карфагенян рассеялись по своим городам, а главная масса армии, ливийские подданные, иберийские и кельтские наемники, на следующий день сдалась победителю. Карфагенская экспедиция окончилась так же плачевно, как 17 лет назад афинская.
Даже последствия, которые имело поражение для Карфагена, оказались сходны с теми, какие некогда имело сицилийское поражение для Афин. В Ливии вспыхнуло всеобщее восстание, грозившее гибелью Карфагенской республике и подавленное лишь с большим трудом. Между тем Сицилию пришлось предоставить самой себе, и Дионисий мог распоряжаться на острове по собственному усмотрению. Большинство сикельских городов было покорено, Фермы снова завоеваны, финикийский Солунт взят при помощи измены. В Леонтинах, граждане которых, как мы знаем, несколько лет назад были отведены в Сиракузы, теперь поселены были выслужившиеся наемники. Мессена была восстановлена в качестве сиракузской колонии, а несколько далее к западу, на северном побережье Сицилии, напротив Липар, основан был новый греческий город Тиндарис, в котором ядро населения составили изгнанные спартанцами из Навпакта и Кефаллении мессенцы (см. выше, с.93). Таким образом, Дионисий господствовал теперь над большей частью острова и с полным правом мог принять около этого времени титул „архонта Сицилии".
Но теперь, когда остров освободился от страха перед карфагенянами, снова обнаружился тот партикуляризм, который так глубоко коренился в характере греков. Регий, видевший для себя опасность в восстановлении Мессены, объявил войну Сиракузам, и его примеру последовала часть сикелов (394 г.). Правда, регийский стратег Гелорис потерпел кровавое поражение при Мессене, а укрепление Милы в Мессенской области, занятое наксосскими и катанскими изгнанниками с помощью регийцев, также вскоре было взято войсками Дионисия. Но затем счастье изменило сиракузцам. Дионисий двинулся на Тавромений, город, основанный несколько лет назад сикелами на горе Тавр, недалеко от разрушенного Наксоса, но не мог справиться с хорошо укрепленным городом. Осада затянулась до поздней зимы; когда Дионисий наконец решился штурмовать город, он был отбит с уроном в 600 человек и едва сам не попал в плен (394/393 г.). Это поражение повлекло за собою также отпадение от Дионисия Акраганта, второго по величине греческого города в Сицилии.
Между тем Карфаген подавил восстание в Ливии и мог снова послать войско в Сицилию. Карфагенский полководец Магон направился к Мессене, чтобы поддержать регийцев, но должен был отступить перед наступавшими сиракузцами в союзный сикельский город Абакен и здесь потерпел поражение от Дионисия (393 г.). Затем Дионисий двинулся против Регия, в надежде взять город неожиданным нападением. Хотя этот план и не удался, однако регийцы принуждены были заключить перемирие на год, так что Дионисий имел теперь возможность выдвинуть против карфагенян все свои боевые силы.
Тем временем карфагеняне прислали в Сицилию подкрепления, и Магон двинулся на юг поперек острова (392 г.). На берегу реки Хрисас, в области Агиррия, Дионисий встретил его, и некоторое время обе армии стояли лагерем друг против друга. Ни греческий полководец, ни финикийский не желали битвы; дело в том, что Карфаген добивался теперь еще только сносного мира, а для Дионисия также важно было окончить войну, чтобы развязать себе руки для борьбы с теми общинами, которые еще отказывались подчиниться его власти. Поэтому обе стороны скоро пришли к соглашению: Карфаген отказался от всех греческих городов острова и отдал на произвол Дионисия своих сикельских союзников; зато он сохранил власть над крайним северо-западом Сицилии, над финикийской колонией Панормом и страной элимийцев и сиканов. Акрагант возобновил союз с Сиракузами, Тавромений сдался, и Дионисий для защиты этого важного пункта основал здесь военную колонию. Теперь вся Сицилия, исключая небольшую карфагенскую область, была объединена под его властью.