Бакунин так никогда и не научился жить в мире с властями. За воспевание на выступлении польского восстания 1830 года анархист поплатился тем, что в ноябре 1847 года Франция выслала революционера из страны, удовлетворив тем самым просьбу российского посольства, по беспочвенной диффамации которого Бакунин заслан русским правительством, но совсем отбился от рук. Французское государство не стало мешать этим сплетням, которые так на всю жизнь и приклеились к Бакунину.
Не терпимый во Франции, революционер сбежал в Брюссель, где возобновил знакомство с Марксом. Его письмо того времени уже демонстрирует острейшую озлобленность, для которой впоследствии ему представится больше повода:
«И немцы, и кустари, и Бронштедт, и Энгельс, и прежде всех Маркс заняты своими обычными кознями. Заносчивость, злоба, пересуды, любоначалие в теории и малодушие на деле, рассуждение о жизни и абсолютное незнание жизни. Зачитавшиеся спорливые ремесленники гадко кокетничают: „Мещанский ваш Фейербах“, а само слово „мещане“ стало эпитетом, повторяемым до отвращения — ими, которые сами провинциальные мещане с головы до пят и до мозга костей. Одно слово: лживая глупость и глупая ложь. В этом обществе невозможно дышать свободно, я держусь в стороне от них и предельно ясно объявил, что не пойду в их коммунистический союз ремесленников, в котором мне делать решительно нечего».
Февральская революция 1848 года вновь поманила Бакунина в Париж, а оттуда — в Германию. Он рассорился с Марксом по пункту, в котором позднее признал свою неправоту. Поучаствовал в пражском Славянском съезде, на котором не признали его агитацию за славянское восстание. В 1848 году он накропал «Воззвание к славянам», в котором призывал объединиться с революционерами ради свержения российской, австрийской и прусской деспотических монархий. В печати на Бакунина ополчился Маркс, для которого независимость Богемии немыслима в силу бесперспективности славян — по крайней мере, австро-немецких. Бакунин обвинил Маркса в немецком патриотизме, а Маркс Бакунина — в панславизме. Наверняка оба обвинения справедливы. Перед тем разыгралась ещё более острая распря. Марксова Новая Рейнская газета заявляла о документах в распоряжении Жорж Санд, доказывающих, будто Бакунин служил российскому правительству и ответственен за недавние аресты поляков. Бакунин признаваться отказывался, а Жорж Санд в письме газете всё отрицала. Публично от обвинений отрёкся и Маркс, формально примирившись с Бакуниным. Но на деле вражда между двумя революционерами только усугублялась — до 1864 года они не виделись.
Тем временем не дремала и реакция. Майское восстание 1849 года в Дрездене на какие-то пять дней подарило революционерам город. Они установили революционное правительство, а Бакунин стал сердцем защитников революции против прусских белогвардейцев. Однако после поражения бунтовщиков был в конце концов задержан, когда пытался бежать с Хойбнером и Рихардом Вагнером, который плена избежал.
Так Бакунин начинает длительное путешествие по тюрьмам мира. Приговорённый саксонским правительством к казни 14 января 1850 года, он за пять месяцев дождался смягчения приговора и передачи в Австрию, претендовавшую на казнь революционера. Австрияки приговорили Бакунина к казни в мае 1851 года, но приговор опять смягчили, заменив на пожизненное заключение. В австрийских тюрьмах анархист был скован по рукам и ногам, а в одной из них — даже пристёгнут к стене. Наверняка наказывать Бакунина очень приятно, раз и Россия не упустила случая затребовать узника себе. Присланного из Австрии заточили сперва в Петропавловской крепости, а затем в Шлиссельбурге. Цинготным он лишился всех зубов, окончательно расстроил своё здоровье, мало что съедобное мог усвоить. «Но плотью не моществуя, он не сгибался духом. Больше всего боялся одного: как бы подрывное рвение тюремщиков не довело его до деградации, коей пример показан Сильвио Пеллико. Страшился угасания злобы, которой держался и которую мог потерять ради всепрощения и смирения судьбе. Но опасения излишни: силы не оставляли его ни на день, выведя из темницы таким же, каким он туда попал».
После смерти царя Николая многие политзаключённые освободились по амнистии, однако Александр Второй собственной рукою вычеркнул Бакунина из списка. Добившись аудиенции у нового царя, мать Бакунина услышала в ответ: «Сударыня, доколе сын Ваш будет в живых, он свободен не будет». Тем не менее, в 1857 году после восьми лет заключения он был отчасти освобождён — отправлен в Сибирь. Оттуда в 1861 году ему удалось бежать в Японию, а там — через Америку в Лондон. Поразительно, но, вдоволь натерпевшись от правительств, но не развил ожидавшийся от него стокгольмский синдром. С этого момента он с головой ушёл в пропаганду анархистского переворота, впрочем, безнаказанную. Несколько лет жил в Италии, где в 1864 году основал Интернациональное братство, в которое входили люди многих стран, по-видимому, кроме немецких. В основном, братство боролось с мадзинивским национализмом. В 1867 году Бакунин обосновался в Швейцарии, где в следующем году посодействовал формированию Международного альянса социалистической демократии, которому составил программу. В ней лаконичное резюме взглядов Бакунина.
«Альянс заявляет себя атеистическим, он желает окончательной и полной отмены классовых отличий, политического равенства и социального уравнения людей обоих полов. Он желает, чтобы земля, орудия труда и вообще весь капитал перешли в коллективную собственность общества в целом, чтобы не были пригодны к использованию кем угодно, кроме работников, а именно сельскохозяйственных и промышленных объединений. Альянс сознаёт, что все существующие демократические и авторитарные государства, постепенно отводящие себе исполнительные функции по обслуживанию народа их стран, должны полностью раствориться во всемирном союзе вольных объединений сельскохозяйственных и промышленных».
Сам альянс намеревался врасти привоем в Интернационал, который, однако, не признал его своей секцией, обязанной быть местной, а не международной. Позднее, в июле 1869 года, Женевская группа альянса была всё же признана Интернационалом.
Интернационал или Международное товарищество рабочих был основано в Лондоне в 1864 году, а его уставы и программа составлены Марксом. Поначалу Бакунин не видел в нём будущего и остался в стороне. Однако движение молниеносно заразило многие страны, в скором времени стало ощутимой силой на страже социалистической идеи. Монолитным Интернационал был не с самого начала, лишь успехи Маркса на конгрессах Интернационала позволяли обращать в марксизм всё больше и больше людей. Только на Третьем конгрессе в Брюсселе в сентябре 1868 года Интернационал стал социалистическим. Тем временем Бакунин раскаялся в своём неучастии и решил исправить его. Вместе с собой он повёл в Интернационал целые толпы последователей из французской Швейцарии, Франции, Испании, Италии. На Четвёртом конгрессе Интернационала в Базеле в сентябре 1869 года разоблачилось два течения. Немцы и англичане поддерживали Маркса в вере в государство без частной собственности, рвении основать в странах мира рабочие партии, готовности приспособить механизм демократии к выборам в парламент представителей от рабочих. С другой стороны Западная Европа солидаризовалась с Бакуниным в отрицании государства и представительного правительства. Со временем противостояние между двумя группировками Интернационала всё усугублялось, посыпались взаимные обвинения. Часто Бакунина обличали как шпиона, однако по расследовании вопроса от таких обвинений отказались. Конфиденциально Маркс сообщал своим немецким друзьям, будто Бакунин заслан ватниками, от которых получает по 25000 ₣⁄год. Тем временем Бакунин заинтересовался разжиганием крестьянских волнений в России, что отвлекло его от участия в полемике в самый решающий для Интернационала момент. В годы Франко-прусской войны, особенно после падения Наполеона Третьего, Бакунин страстно поддержал Францию. Он подстрекал народ к повторению событий 1793 года и потерпел поражение в лионском восстании. Французское государство обвинило Михаила в оплачиваемом шпионаже в пользу Пруссии, и ему с титаническими усилиями таки удалось скрыться в Швейцарии. С марксистами Бакунин повздорил из-за споров по национальному вопросу. Подобно Кропоткину, Бакунин рассматривал новую Германию угрозой всему свободному миру. Ненависть революционера к немцам объясняется отчасти неприятием Бисмарка, но наверняка сказалась также неприязнь к Марксу. И по сей день анархизм популярен в одной лишь Латинской Америке и воспринимается как синоним германофобии, что произрастает от раздора между Марксом и Бакуниным.