На корабле находилась состоятельная голландская дама Корнелия Лукреция Яне, которая ехала в сопровождении служанки Жанте к своему мужу в Батавию. Капитан Якобс еще в начале путешествия обратил на нее внимание, но дама отвергла его ухаживания; после этого капитан переключил усилия на служанку и быстро добился взаимности. Теперь Иероним Корнелис должен был распустить слух, что Лукреция Яне ведьма, и подговорить матросов вымазать ее дегтем (капитан даже подговорил изрезать ей лицо бритвой, но Корнелис его от этого отговорил). Расчет был на то, что Пелсерт вынужден будет принять суровые меры против участников этой операции. Тогда за матросов вступятся остальные члены экипажа — между солдатами Пелсерта и моряками отношения были натянутыми.
Вечером, когда Пелсерт лежал у себя в каюте, матросы во главе со старшим боцманом ворвались в каюту Лукреции (дверь была не заперта — об этом позаботилась Жанте) и вытащили ее на палубу. Надругавшись над Лукрецией, они затем вымазали ее дегтем и грязью. Священник, оказавшийся поблизости, бросился к Пелсерту, который поднялся с постели и вызвал стражу. К тому времени, когда он добрался, поддерживаемый помощниками, до палубы, солдаты уже разогнали матросов, а пассажирки помогли Лукреции вернуться в каюту.
Пелсерт не сомневался, что капитан, несмотря на свое показное возмущение происшедшим и клятвенные обещания строго наказать виновных, является зачинщиком всей этой истории. В ту же ночь Пелсерт пригласил трех верных офицеров на совет. На палубе, требуя утопить ведьму, шумели матросы. Арестовать их значило сыграть на руку капитану, оставить безнаказанными — подорвать дисциплину, придать заговорщикам уверенность. Пелсерт не успел прийти к какому-либо решению. Той же ночью «Батавия» налетела на рифы у небольшого архипелага, состоящего из скал и голых песчаных островков, в нескольких десятках миль от северного берега Австралии.
Якобе сообщил Пелсерту, что немедленной опасности для корабля нет и что он продержится на плаву по крайней мере до утра, однако пассажиров и солдат предложил перевезти на берег. Первую спущенную шлюпку разбило волнами о борт, за места в других шла драка. Наконец спустили благополучно шлюпку, в которую поспешили сойти Пелсерт и его офицеры, вслед за ними на берег отправился капитан. Старшим на тонущем корабле остался Корнелис. Пока матросы, разбив бочки с вином, пировали, Корнелис поднял люк в полу каюты Пелсерта и спустился в кладовую, где хранились деньги и ценности. Там он взломал сундуки, надел на шею массивную золотую цепь, украшенную изумрудами, и позвал матросов. Те в восторге набивали монетами карманы. Это входило в планы Корнелиса. Теперь матросы были связаны круговой порукой, так как совершили одно из самых серьезных преступлений, запустили руку в казну Компании.
Не ведая о том, что творится на борту «Батавии», Пелсерт приказал в поисках воды обследовать остров, на который высадились потерпевшие кораблекрушение. Воды на острове не оказалось. Была послана шлюпка на соседний клочок земли, также оказавшийся безводным. Тогда несколько солдат, сколотив плот, поплыли к большому острову, видневшемуся на горизонте.
Поняв, что расправиться с Пелсертом сейчас нельзя (тот все время находился в окружении верных людей), капитан предложил ему отправиться на поиски воды на боте. План Якобса заключался в том, чтобы убить Пелсерта, как только остров скроется из виду, а самому направиться к Яве. Там он должен был сообщил, что «Батавия» погибла, а Пелсерт остался сторожить груз. Следующим шагом было получить корабль для спасения груза и людей и привести к месту катастрофы, где Корнелис должен был все подготовить для его захвата. Потом можно будет забрать ценности и отправиться в плавание.
План был связан с определенным риском, но имел и шансы на успех. Впрочем, Пелсерт, соглашаясь плыть с Якобсом, также надеялся как можно скорее добраться до Явы. Его беспокоила судьба сундуков с деньгами, а поиски воды были только предлогом.
Команду бота подбирали капитан и старший боцман. Пелсерту команда не понравилась, и он под предлогом малочисленности экипажа бота взял с собой двух верных офицеров и пятерых солдат. Это не испугало капитана, потому что на боте у него было пятнадцать верных людей. На счастье Пелсерта. по пути им встретился возвращавшийся с большого острова плот с десятью солдатами. Несмотря на протесты Якобса. Пелсерт приказал солдатам перейти в бот. Так рухнули планы капитана.
На большом острове воды не нашли, да, видно, и не очень старались найти. Бот тут же пошел на север, к Яве. В пути Якобе и не пытался убить Пелсерта. Охрана была надежна, и капитану пришлось смириться. Он даже начал заигрывать с Пелсертом, уверяя его, что не имел злых умыслов.
Путешествие до Явы оказалось очень трудным. Они прошли в открытом, переполненном людьми боте более полутора тысяч миль. В двух днях пути от цели бот повстречался с кораблем «Саардам» из эскадры, сопровождавшей «Батавию» до мыса Доброй Надежды.
Прибыв в столицу Нидерландской Индии — Батавию (основанную незадолго до этого на месте яванского города Джакарты), Пелсерт тут же направился к генерал-губернатору и доложил ему о случившемся и о своих опасениях. В тот же день были арестованы боцман и матросы, виновные в нападении на Лукреиию Яне. Капитана Якобса оставили на свободе, но сообщили ему, что он находится под следствием по подозрению в подготовке мятежа и пиратского захвата корабля. Однако доказать это было пока невозможно, так как против капитана не было улик, а имелись лишь показания Пелсерта. Пелсерт же мог обвинять капитана в заговоре, чтобы оправдать свое бегство. Кстати, Пелсерт получил от генерал-губернатора строгий выговор за то, что не пресек бунт в самом начале, а затем уплыл, оставив команду и пассажиров без начальника.
В команду «Саардама», направленного в спасательную экспедицию, включили водолазов для подъема груза и отряд солдат; во главе экспедиции поставили Пелсерта. Через пятьдесят дней «Саардам» подошел к месту катастрофы. На островке, где Пелсерт оставил потерпевших кораблекрушение, никого не было, однако с «Саардама» увидели столб дыма, поднимающийся над большим островом. Направились туда. Навстречу выскочила лодка, в которой было четыре человека. Двое гребли; двое, раненные, лежали на дне. В одном из гребцов Пелсерт узнал солдата Хейса; поднявшись на борт корабля, тот сообщил, что на «Саардам» готовится нападение, что власть на островах находилась до последнего дня в руках Корнелиса, но сейчас перешла к некоему Лоосу…
Хейс не успел закончить рассказа, как показался большой плот с двумя десятками человек, увешанных драгоценностями и разодетых словно на маскарад. Плот приблизился к «Саардаму». По знаку Пелсерта Хейс спрятался. Пелсерт сам подошел к борту и спросил у людей на плоту, где все остальные. Ему ответили, что все на дальнем острове, где нашли воду и устроили лагерь. На вопрос с плота, где капитан Якобс, Пелсерт ответил, что он остался в Батавии.
Убедившись, что на «Саардаме» готовы к бою, Пелсерт неожиданно для пассажиров плота приказал им сдаться. Те попытались было отойти от борта, но после первого же выстрела из пушки побросали оружие. Их связали, и «Саардам» направился к малому острову, где остальные мятежники ждали, когда их сообщники приведут захваченный корабль. Взяв под стражу и этих, стали искать остальных потерпевших крушение. И велико было изумление Пелсерта и голландцев с «Саардама», когда они узнали, что из нескольких сот пассажиров «Батавии» — чиновников, купцов, женшин, детей — в живых осталось только сорок.
Из допросов мятежников и бесед с оставшимися в живых солдатами и пассажирами удалось выяснить, что произошло за три с небольшим месяца, миновавших со дня ухода бота.
Первые три недели прошли мирно: в устройстве жилищ, поисках воды и перевозе с обломков «Батавии» кое-какого добра. Потерпевшие крушение избрали совет, во главе которого встал Иероним Корнелис. Именно он через три недели начал проводить в жизнь план, задуманный им совместно с капитаном Якобсом.