4 июля один из солдат украл бочонок вина и напился пьяным. Корнелис потребовал смертной казни для провинившегося. Совет отказал, тогда Корнелис разогнал его и собрал новый из послушных ему людей. Солдата казнили. На следующий день Корнелис отправил на поиски воды плот, а в команду включил десять верных матросов и четырех солдат, которым не доверял. Через несколько часов плот возвратился, и матросы доложили новому совету, что все четыре солдата, к сожалению, утонули.
Так началось истребление пассажиров «Батавии». Вскоре для этого была выработана простая процедура. Намеченную жертву отправляли куда-нибудь в сопровождении двух-трех верных людей и одного «нейтрала». Возвратясь, они докладывали, что с их спутником случилось несчастье — упал со скалы или утонул в море. Исполнителем приговора всегда назначали «нейтрала». Если он отказывался, его самого убивали, если соглашался, то становился одним из членов пиратской шайки, ибо кровавая порука связывала крепче денег или клятв.
Как-то в палатку к Корнелису вбежал юнга и сообщил ему, что только что видел, как два матроса убили третьего. Корнелис выслушал мальчика и сказал своему помощнику: «Успокой ребенка». Матрос вывел юнгу и одним ударом заколол его.
Пока шли первые убийства, Корнелис приказал привести к нему в палатку Лукрецию. Двенадцать дней она отказывалась стать любовницей диктатора острова. Тогда Корнелис решил доказать ей, что шутить не намерен. Помощник Корнелиса притащил в его палатку сына одного из солдат и, на глазах у Лукреции перерезав ему горло, объявил ей, что, если она будет упрямиться, ее ждет та же участь. Сам Корнелис в это время ужинал в соседней палатке с отцом и матерью мальчика и поднимал тосты за их здоровье и здоровье их сына.
Лукреция сдалась.
Постепенно пираты перестали таиться. Однажды Корнелис пригласил на ужин священника и его старшую дочь, приглянувшуюся одному из матросов. В это время несколько человек вошли в палатку, где оставалась жена священника и три его младшие дочери, и всех задушили. Когда пираты вернулись и доложили, что приказание исполнено, Корнелис велел священнику отправляться домой, а старшую дочь тут же передал матросу.
С каждым днем на острове оставалось все меньше людей. Здесь действовал таинственный закон страха, который через сотни лет заставлял людей послушно собираться в гетто и верить в то, что именно их помилуют; закон страха, который позволял подлецам всех времен безнаказанно истреблять свои жертвы, даже если последних было намного больше, чем преступников. Люди старались убедить себя, что жертвы пиратов в самом деле тонут или падают со скал, а если кого-то казнят, значит, этот человек заслуживает смерти. Безнаказанность делала Корнелиса и его помощников все более наглыми. Они уже верили в то, что никто не посмеет объединиться против них, и изобретали казни одна страшнее другой, чтобы окончательно запугать и без того покорных пассажиров. Однако случилось непредвиденное: эскалация убийств натолкнулась на сопротивление. И это было началом конца пиратского ада. Несколько десятков человек, решивших не сдаваться бандитам, смогли выстоять.
Солдат Хейс, впоследствии добравшийся на шлюпке до «Саардама», в разгар террора был на большом острове, где с несколькими товарищами искал воду, в которой всегда ошушался недостаток. Он уже собирался вернуться обратно, когда ночью через пролив переплыл юнга и рассказал солдатам, что чудом спасся от Корнелиса, который всех убивает. Оружия у Хейса и его друзей почти не было, но на острове с каждым днем собиралось все больше людей. Все, в ком еще теплилось человеческое достоинство или хотя бы воля к жизни, преодолевали пролив на плотиках, на бревнах, а то и просто вплавь и присоединялись к Хейсу и его товарищам. Вскоре этих людей стало более тридцати.
Наступил день, когда на острове, где правил Корнелис, остались только пираты и несколько женщин, да еще священник, во всем покорный пиратам, умоляющий лишь об одном — чтобы не убивали его последнюю дочь. В это время Корнелис узнал, что на маленьком островке по соседству нашли убежише десятка два женщин и юнг. В тот же день пираты снарядили туда карательную экспедицию и перерезали всех обитателей островка. Один из участников этой расправы впоследствии рассказал, что среди жертв была беременная женщина. Увидев ее, помощник Корнелиса отвел ее в сторону и сказал: «А ведь тебе, милая, тоже придется умереть». Женщина бросилась ему в ноги, умоляла не губить еще не родившегося ребенка. Пират вонзил ей в грудь кинжал.
Обшарив весь остров, пираты нашли трех юнг, спрятавшихся в кустах. Их взяли с собой и придумали такую казнь: тот из них, кто выкинет за борт товарищей, останется в живых. Один юнга оказался сильнее своих товарищей, и ему сохранили жизнь.
Наконец пираты заметили, что над большим островом поднимается столб дыма, и поняли, что там тоже скрываются беженцы. Корнелис предполагал, что среди них есть мужчины, и потому решил прибегнуть к хитрости. Он высадился на берег в сопровождении телохранителей и предложил спустившимся с холма Хейсу и его товарищу перейти на сторону пиратов, обещая сохранить им жизнь. Хейс отказался. Тогда Корнелис приказал своему телохранителю застрелить Хейса. Но тот не успел вскинуть мушкет, как из-за скалы вышло более двадцати мужчин. Корнелис испугался, так как не ожидал встретить здесь столько людей, способных дать отпор. Он стал отступать к воде, уверяя, что пошутил. Но ему не поверили. Солдаты набросились на телохранителей и перебили их, самого Корнелиса связали и увели с собой. Остальные пираты, наблюдавшие за событиями с плота, не пришли на помощь своему вождю, а поспешили обратно к своему острову, избрали «императором» матроса Лооса и, вооружившись, начали готовить штурм большого острова.
Судьба почти безоружных защитников острова была предрешена. Пираты медленно оттесняли их в холмы, но тут Хейс увидел паруса «Саардама» и успел отплыть на лодке ему навстречу.
Несколько дней водолазы доставали с «Батавии» сундуки с ценностями, которые не успели захватить мятежники. Одновременно с этим шел суд над пиратами. Большинство из них быстро во всем сознались, только Корнелис вел себя на допросах упрямо и лишь под пытками давал показания. Пелсерту важнее всего было добиться, чтобы Корнелис назвал вдохновителем заговора капитана Якобса, и эти показания он в конце концов получил.
Корнелиса и еще семерых пиратов повесили. Двоих высадили без пищи и воды на берегу Австралии, и они стали, таким образом, первыми европейскими колонистами на материке и положили начало традиции посылать туда преступников. Остальных пиратов приговорили к различным наказаниям: протаскивали под килем, пороли плетьми, но оставили в живых, потому что Голландии были нужны матросы и солдаты. Правда, по возвращении в Батавию генерал-губернатор пересмотрел приговор, и еще нескольких пиратов повесили уже там. Причем юнги, как несовершеннолетние, должны были тянуть жребий, кому умереть на виселице, а кому получить двести плетей, что тоже было равносильно смерти.
Хейс был произведен в прапорщики, остальные защитники большого острова получили не в зачет двухмесячное жалованье. Лукреция Яне, муж которой, не дождавшись ее прибытия, скончался от болезней, вскоре вышла замуж снова. Капитан Якобс был заключен в тюрьму; дальнейшая его судьба не известна. Пелсерт, так и не вернувший себе расположения Компании, погиб через год в одном из походов. Деньги и грузы, поднятые с «Батавии», пошли на закупку пряностей и ведение войн.
Правда, деньги были подняты не все. Из двенадцати сундуков два остались на дне. Один из них разбился во время катастрофы, и часть серебряных монет попала в руки матросов. Второй сундук остался цел, но водолазам с «Саардама» поднять его не удалось — он лежал, придавленный якорем и пушкой. Так как в сундуке оставалось больше двадцати тысяч монет, правительство Батавии не желало примириться с потерей. В 1644 году Тасману, отплывшему исследовать Австралию, было приказано этот сундук поднять. Тасман сундука не нашел.