Той порой церковно-академическая дисциплина начала усердно культивироваться в академических и университетских кругах, а профессор Петроградской Духовной Академии И. В. Чельцов предпринял изложение всей истории христианской Церкви. Здесь он принципиально развивает, что «этот предмет должен лежать в основании всего церковного образования», и «никаких научно-критических исследований (его) Православная Церковь не только не должна страшиться, но может полагать в них одно из средств для своего торжества», ибо «нет ничего столь вредного торжеству истины, как слепая ревность неразумных защитников ее, проявляющаяся в упорном повторении неудовлетворительных, односторонних и, как всегда бывает при этом, совершенно излишних доказательств, в опасении за потрясение самой истины с падением предрассудков, окружающих ее в умах ограниченных, — словом сказать, в преступном желании поддержать ее своими жалкими, несправедливыми, человеческими усилиями, несмотря на то, что она естественно хранится всемогущей силой Самого Бога, ее Источника, и потому не может пасть, хотя бы даже действительно колебалась в их слабых глазах… Православный исследователь тем более будет верен своей вере и Церкви, чем непритворнее и откровеннее будет в своем суде и чем прямее передаст то, что найдет в несомненно точных и верных исторических указаниях».

В самом широком размере осуществил научные церковно-исторические заветы о. А. В. Горского прямой наследник его традиций в Московской Духовной Академии Ал. П. Лебедев, скончавшийся 14 июля 1908 г. профессором Московского университета. Это был ученый подвижник, отличавшийся редкой трудоспособностью и развивший исключительную литературную производительность, далеко не обычную даже и для Запада. К концу жизни он объединил важнейшую часть своих трудов в «Собрании церковно-исторических сочинений», но успел издать лишь десять томов, где после «церковной историографии в главных ее представителях с IV-ro века по XX» обозревает всю историю Восточной Церкви с «эпохи гонений на христиан» и «от падения Константинополя до настоящего времени» с включением «церковно-исторических повествований» (по преимуществу житейско-бытового характера) и специальным исследованием о «духовенстве древней вселенской Церкви от времен апостольских до IX века», не говоря о многих дополнительных и разъяснительных этюдах и трактатах.

Грандиозности объема соответствует и научная солидность. Разумеется, в такой безграничности нельзя было самому всё изучить досконально по первоисточникам, и в этом отношении Ал. П. Лебедев весьма обязан западной науке, однако при непременном условии в такой собственной формулировке: «чужим умом не проживешь». По его мнению, «основы православия так ясны, что погрешить против них можно только сознательно, а не случайно или вследствие небрежности и неосторожности… Православие не может считать себя солидарным со всеми преданиями церковными, со всеми суждениями, какие встречаются в практике церковной о лицах исторических, и со всеми сочинениями, которые часто без оснований приобрели вес в мире православном. Православие стоит выше фактической жизни Церкви и потому оно ничего не теряет, если бы в этой фактической стороне не всё оставалось в том виде, как это было раньше». Этим способом обеспечивалось место для трезвого усвоения всех истинно научных западных приобретений, хотя и с неизменным соподчинением тому господствующему правилу, что «русская церковно-историческая наука служит интересам православного просвещения». Значит, критерий православности, будучи ясным по своему коренному содержанию, позволял сразу и убежденно принимать с Запада всё пригодное и здоровое, а ко всему прочему заставлял применять строгую объективную критику путем самоличной документальной проверки. Через это Ал. П. Лебедев избавлялся от излишней работы в совершенном пересмотре всех накопленных научных результатов и открывал в них прочную опору для новых разысканий, которые, восполняя готовое, обнаруживали и его объективную солидность.

В итоге получалось самостоятельное преобразование всего научного материала с творческим воссозданием церковно-исторической жизни в православном освещении. По прямой догматической соприкосновенности такая задача была крайне трудной, но была она разрешена образцово. Со всей рельефностью можно видеть этот успех, например, в обозрении Вселенских Соборов, которые за IV и V века исследованы Ал. П. Лебедевым в специальной ученой диссертации. Все семь почитаются у нас действовавшими по изволению Духа Святого, почему вероизложения их непогрешительны. Человеческий элемент как бы совсем устраняется и лишается всякого участия. Однако, поскольку всё там совершается среди и ради людей, — здесь они служат самым существенным фактором, на который рассчитан весь процесс. Именно, человек должен усвоить христианскую истину, а это было бы фактически невозможно, если бы он сам не нашел наилучшие формы, удобные для общего восприятия. Для этого требуется широкая человеческая активность, чтобы устранить все односторонние крайности и достигнуть адекватного выражения, санкционирующего обязательный принцип в самых точных очертаниях, в которых необходимо послушание веры при равной свободе вне этих рамок. Ясно, что до этого момента неизбежны и законны «долгие рассуждения» — не менее, чем на «Апостольском Соборе», — чтобы в столкновении и оценке всех мнений достигнуть примиряющего объединения и потом с авторитетностью для разума провозгласить его в достоинстве священно-догматической формулы. Последняя отныне бывает символически незыблемой, но для подготовлявших ее моментов важно со всей научной точностью раскрыть, что этот результат приобретен всем напряжением церковной мысли, со вниманием к убеждениям и совести верующих, хотя бы сомневающихся и мятущихся. Нужно было установить главнейшие течения и существенные влияния, чтобы догматический церковный вывод, будучи кафолически-непререкаемым по содержанию, являлся исторически благовременным и рационально обоснованным. Базируясь на этих предпосылках, проф. Ал. П. Лебедев конструировал историю Вселенских Соборов IV и V веков с замечательной стройностью, показав заправляющее воздействие в них Александрийской и Антиохийской школ, из которых каждая выдвигала партию защитников своих частных решений того или другого спорного вопроса.

Это было для России большой и ценной новостью, на первых порах возбудило подозрение церковных властей, создав новатору репутацию вольнодумца, и даже вызвало оппозицию в ученых кругах (со стороны проф. о. А. М. Иванцова-Платонова). Но Ал. П. Лебедев спокойно пригласил «не застращивать молодую русскую богословскую науку» и мужественно довел дело до конца с научной выдержанностью, обеспечивавшей твердость самого православного воззрения. Ничего не теряя в своей догматической внушительности, соборная процессуальность становилась исторически понятной и сама ограждала себя на всех стадиях, как снова аргументировал эту истину с научной компетентностью продолжатель миссии своего учителя по данному предмету (изучения «истории догматических движений в эпоху Вселенских Соборов») проф. АН. А. Спасский.

Возвышенность этой концепции — по ее идеальной основе, воплотившейся лишь относительно, — свидетельствовала вместе с тем и о величии духа, всегда смотрящего независимо на все исторические факты и творящего только во имя их, а не помимо или вопреки подлинной реальности, хотя бы и ради красивых планов. Предание, в качестве унаследованного мнения, может быть лишь точкой отправления, но не заключительным пунктом, предначертывающим все пути и способы исторического и научного хода. Отсюда у проф. Ал. П. Лебедева всецелая свобода суждений, которая нормировалась единственно фактической правдой и потому никогда не была тенденциозной и одноцветной. По масштабу традиционности его нельзя назвать ни либералом, ни консерватором. То и другое встречалось у него нередко по разным вопросам и взаимно уживалось в исторических созерцаниях, так как покоилось на критической самобытности, чуждой сковывающих предубеждений и каждый раз выносившей научно мотивированные приговоры, которые вытекали из строгого анализа всех материалов. Характерный образец этого драгоценного свойства историографии проф. Ал. П. Лебедева мы видим в отношении к церковной Византии. По происхождению от нее Русской Церкви и в силу долговременной связи воспиталась у нас особая почтительность, застилавшая глаза на фактическую действительность и смыкавшая уста, а потом облекшаяся в псевдонаучную тогу необузданного, самохвального византинизма. Наш ученый, поборов традиционную предвзятость и не убоявшись даже национального озлобления против него, смело перешагнул эту черную черту и опять обнаружил полную независимость мысли, хотя иногда и в излишне резких тонах осуждения.