Опасностей действительно становилось все больше и больше. 24 июня варшавская полиция арестовала заподозренного в покушении на Лидерса отставного юнкера Ковальского и связанных с ним офицеров Шлиссельбургского полка, которые бывали у' Пётровских. Арестованные не дали откровенных показаний, но некоторые сведения, попавшие в руки следствия, возбуждали подозрения, и царские ищейки неотступно следили за многими из близких знакомых Домбровского. Он был уверен, что серьезных улик они не получат, поэтому не счел нужным скрыться. Когда 2 августа 1862 года Домбровского арестовали, он отнесся к этому совершенно спокойно. Но при обыске у него нашли завалявшийся листок из того письма Варавского о литературных вечерах в Петербурге, в котором упоминались Звеждовский и Далевский. Внимание следственной комиссии сосредоточилось не на варшавских, а на петербургских событиях. Вскоре был арестован Варавский, разыскивали Гейденрейха, Голиневича и других товарищей Домбровского по академии. Звеждовский был удален из Вильно. Только заступничество генерала Назимова, у которого Звеждовский был адъютантом, спасло его от ареста.
Домбровский совсем недавно добивался принятия плана, имевшего целью захват Варшавской цитадели. Теперь он оказался в ее десятом павильоне в качестве политического арестанта. Ситуация не из приятных, но Домбровский не отчаивался: для этого не было достаточных оснований, да и не соответствовало это его характеру. Защищаясь смело и спокойно, Домбровский надеялся добиться полного оправдания или отделаться пустяковым наказанием. Досадно, конечно, но некоторое время можно прожить и в цитадели. Тем более что среди офицеров, несущих караульную службу, наверняка найдутся друзья и единомышленники, а с солдатами, он в этом был уверен, тоже можно будет поладить.
Надежды Домбровского на то, что он сможет установить связь с волей, оправдались. Помогали ему в этом не только члены офицерской организации и знакомые офицеры, не только солдаты, с которыми он сумел быстро завязать дружественные связи, но и его самоотверженная Пелагия. Как жениху и невесте, им были разрешены свидания, правда очень непродолжительные и проходившие под наблюдением тюремщиков. Но Пелагия всегда умудрялась при встрече как-то передать Домбровскому весточку с воли, взять заранее приготовленную Ярославом записку.
В следственной комиссии Домбровский защищался очень уверенно, не делая сколько-нибудь существенных признаний и умело парируя те обвиняющие его сведения, которые поступали к следователям. А сведений этих со временем накапливалось все больше и больше, угроза тяжелого приговора все возрастала. Многие из петербургских друзей Домбровского, принявших участие в начавшемся восстании, попали в руки карателей. Некоторые из них дали откровенные показания и позволили следствию вскрыть действительною роль Домбровского в петербургском подполье. Опасаясь, что комиссия в конце концов узнает и о его деятельности в Варшаве, Домбровский настойчиво добивался скорейшего решения по его делу. После более чем двухлетнего заключения военный суд в октябре 1864 года (на нем фигурировали уже не только петербургские сюжеты) приговорил
Домбровского к расстрелу, но наместник царя в Польше Ф. Ф. Берг заменил смертную казнь пят-иадцатилетней каторгой.
Примерно за полгода до этого в десятом павильоне Варшавской цитадели произошло необычайное событие: состоялась свадьба заключенного Ярослава Домбровского с жительницей Варшавы Пелагией. Зглнчинской. Для свадьбы понадобилось специальное позволение царского наместника.
Знаменитая Владимирка, по которой двигались в Сибирь каторжники, начиналась от Москвы. В ноябре 1864 года Домбровского привезли в Москву и поместили в пересыльной тюрьме на Колымаж-ном дворе. Это переполненное в те годы учреждение московской полиции находилось там, где позже было выстроено здание Музея изобразительных искусств. Польские повстанцы, участники крестьянских выступлений, члены землевольческих организаций заполняли эту тюрьму. Среди них Домбровский легко находил друзей: для него многие здесь были людьми одного круга, одних убеждений, одной судьбы. Особенно обрадовало Домбровского то, что нашлись друзья и среди офицеров, несущих караульную службу.
О приезде в Москву и о дальнейшем своем маршруте Домбровский написал жене, высланной к тому времени в город Ардатов Нижегородской губернии под строгий надзор полиции. Пелагия, хорошо зная маршрут я без этого, подала прошение, чтобы ей разрешили на несколько дней поехать из Ардатова в Нижний Новгород для свидания с мужем. Разрешение, однако, ей ие понадобилось, потому что Домбровский не попал в Нижний Новгород. 2 декабря 1864 года он бежал с КолымАжного двора и бесследно исчез. Произошло это как раз вовремя, ибо чуть ли не в тот же день в пересыльную тюрьму пришло предписание задержать Домбровского, чтобы снова предать его суду в связи с показаниями Оскара Авей-де. Этот деятель, назвавший для спасения своей шкуры сотни участников конспирации, знал далеко не все. Но и того, что он сообщил, было вполне достаточно для смертного приговора Домбровскому.
Побег был бы невозможен без помощи московских друзей. Сбрив заранее бороду и усы, Домбровский напялил под полушубок юбку, почти скрывшую его сапоги, и, повязав большой платок так, чтобы посильнее скрыть лицо, подхватил валявшуюся без присмотра корзину и смешался с толпой торговок, которых впускали ва территорию пересыльной тюрьмы для продажи съестного и всяких мелочей. Благополучно миновав охрану, Домбровский нашел безопасный приют и получил подложные документы: сначала паспорт на имя священника Матилова, а потом указ об отставке на имя полковника фон Рихтера. Первый из названных документов сделали из паспорта видного московского землевольца Николая Шатилова, в котором была искусно подчищена первая буква и дописано слово «священник». Второй документ был написан на похищенном революционерами чистом бланке. Воспользовавшись «указом об отставке», Домбровский пошел в канцелярию московского генерал-губернатора на Тверской и заявил о своем намерении поехать за границу. В канцелярии среди посетителей случайно оказался один из офицеров, хорошо знавший его настоящую фамилию. Домбровский пережил тяжелые минуты. Однако офицер сделал вид, что не знает Домбровского, и тот вышел из канцелярии с настоящим заграничным паспортом иа имя отставного полковника Рихтера.
Болеслав Шостакович, Николай Ишутин и некоторые другие из московских революционеров, не имея возможности полностью отрицать свою причастность к побегу Домбровского, на допросе заявили, будто не знали его раньше и помогли ему совершенно случайно, встретив на одной из московских улиц. Трудно поверить этой версии, явно придуманной для того, чтобы запутать следствие. Многие факты противоречат ей. Как бы то ни было, Домбровский получил от московских революционеров безопасный приют, абсолютно «чистые» документы, деньги и адреса их петербургских единомышленников.
Прежде чем покинуть Москву, Домбровский решил сбить со следа полицейских ищеек. Под его диктовку Шостакович написал и отправил в Ардатов следующее письмо: «8 декабря 1864 года. По поручению супруга Вашего, честь имею уведомить Вас, что он, вырвавшись благополучно из рук своих мучителей в первых числах этого месяца, в настоящее время выехал уже за границу». Как и ожидал Домбровский, письмо это не попало к его жене, а было задержано полицией и сбило ее с толку.
Друзья Домбровского действительно подготовили для него безопасный отъезд за границу. Но Домбровский вовсе не собирался оставлять жену во власти полицейских бурбонов. Выручить Пелагию было очень трудно, так как после побега ее мужа она находилась не только под неусыпным наблюдением полиции, но и под присмотром специально поселенных в доме солдат. Домбровскому нечего было и думать о появлении в Ардатове, так как его приметы наизусть знал там каждый полицейский, каждый чиновник. На помощь пришел отставной офицер, бывший участник петербургских революционных кружков и армейской революционной организации в Польше, землеволец Владимир Озеров. У него скрывался Домбровский, находясь в Петербурге. Такой же смелый и находчивый, как Домбровский, Озеров имел совершенно иные внешние данные — он, в частности, обладал огромным ростом. 16 мая 1865 года Озеров прибыл в Ардатов под видом богомольца, пробирающегося в знаменитую Саровскую пустынь. Ему удалось незаметно увидеться с предупрежденной заранее Пелагией. Вечером того же дня они встретились на окраине Ардатова и выехали на лошадях в Гороховец, а оттуда — в Москву.