В Берде была создана пугачевская Государственная военная коллегия. По названию она копировала Государственную коллегию в Петербурге. Но функции ее были значительно шире петербургской. Пугачевская коллегия — орган, направляющий и координирующий деятельность отрядов, входящих в Большое войско. Кроме того, коллегия создавала и рассылала манифесты и указы на территории действий повстанцев и за ее пределы, ведала сбором и распределением денежной казны, провианта, боеприпасов и фуража, назначала и смещала начальников воинских отрядов и гражданской администрации, чинила суд и расправу. Коллегия состояла из четырех членов, секретаря, думного дьяка и повытчиков, а также толмачей. Была создана Походная канцелярия, которая непосредственно ведала текущими делами.

С наступлением зимы войско Пугачева пополнилось тысячами добровольцев. Огромный лагерь расположился под Оренбургом, осада которого продолжалась. Воспользовавшись разгромом карательной экспедиции генерала Кара и полковника Чернышева, Пугачев вместе с частью войска отправился под Яицкий городок. Еще за несколько дней до его прибытия казаки захватили город, но не смогли взять крепость.

С приездом Пугачева осада активизировалась, были сделаны подкопы, минирована крепость. Однако, несмотря на взрыв мин, крепость продолжала упорно сопротивляться.

В Яицком городке Пугачев женился на местной казачке Устинье Кузнецовой. Брак был основан на политическом расчете. «Ты как женишься, — говорили Пугачеву казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Но свадьба «императора» вызвала среди многих недовольство. «Как-де, — говорили многие, — этому статца, чтобы царь мог жениться на казачке». Один из приближенных Пугачева Творогов показал на следствии: «народ тут весь так как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, то есть не получа престола, женился».

Тревожные слухи о приближении новых соединений правительственных войск заставили Пугачева оставить Яицкий городок. С большим войском, насчитывающим около 9 тысяч человек, «Петр III» выступил навстречу корпусу князя Голицына. Бой произошел под Татищевой крепостью. Сражение было чрезвычайно ожесточенным, длилось 6 часов и закончилось победой правительственных войск.

Прибыв после поражения в Берду, Пугачев созвал военный совет, на котором было решено отступать в район Башкирии и Южного Урала. «Петр III» потерял все пушки, лучшую часть своей армии, восстание же не только не было подавлено, но разрасталось, захватывая все новые и новые районы империи. Народные массы не были сломлены, они стремились с оружием в руках завоевать свою свободу. Пугачев правильно оценил это стремление. «Народу у меня, — говорил он, — как песку… и я знаю, что вся чернь меня везде с радостью примет, лишь только услышит».

Начался второй этап Крестьянской войны. Пугачев и его войско двинулись по крепостям Оренбургской линии. В начале мая 1774 г. он овладел крупным населенным пунктом — Магнитной крепостью. Со всех сторон к нему стекались отряды горнозаводских рабочих, приписных крестьян, башкир. Крупные соединения Ивана Белобородова и Салавата Юлаева влились в армию Пугачева. Отряды восставших преследовались карательными войсками под командованием Михельсона. Пугачев шел в направлении Челябинска. За первую половину мая он овладел целым рядом крепостей, в том числе и крупнейшей Троицкой. Здесь его войско столкнулось с карателями. Потерпев поражение, он уходит в Башкирию. На протяжении июня войска карателей неоднократно одерживают победы над восставшими, но отряды Пугачева пополняются новыми бойцами. 21 июня «Петр III» захватывает город Осу и тем самым контролирует весь Прикамский край. В конце июня, разбив правительственные войска в районе Ижевского завода, он выходит на подступы к Казани. Из частного письма П. С. Потемкина, родственника «светлейшего князя Таврического», узнаем, что творилось в этот момент в крупнейшем волжском городе: «В приезд мой в Казань (8 июля) нашел я город в толь сильном унынии и ужасе, что весьма трудно мне было удостоверить о безопасности города. Известия о приближении к самой Казани злодея Пугачева привели в неописанную робость, начиная от начальника, почти всех жителей.» После ожесточенного штурма 12 июля Казань была взята. Под контролем правительственных войск оставалась лишь цитадель в центре города.

Здесь, в Казани, Пугачев освободил свою семью, арестованную и помещенную в местную тюрьму. «Петр III» распорядился поместить жену и детей в обоз, и они сопровождали его в походах.

За восставшими шел Михельсон. Под Казанью состоялся новый бой. Восставшие были разгромлены. С небольшим отрядом Пугачев отступил вверх по Волге и здесь перешел на правый берег реки. После поражения под Казанью наступил третий этап Крестьянской войны.

Для третьего периода восстания характерно интенсивное участие в нем наиболее угнетенной группы крепостных крестьян — частновладельческих. Барские крестьяне с восторгом приветствовали приход пугачевцев, снабжали их провиантом, фуражом, вступали в войско «Петра III», приводили к нему на суд своих притеснителей — помещиков и их приказчиков.

За один месяц преследуемый армией карателей Пугачев прошел от Казани до Царицына, захватив такие крупные города, как Курмыш, Алатырь, Саранск, Пенза, Петровск, Саратов, Камышин. А. С. Пушкин писал: «Вся западная сторона Волги восстала и предалась самозванцу. Пугачев объявил народу вольность, истребление дворянского рода, отпущение повинностей и безденежную раздачу соли». «Пугачев бежал, но бегство его казалось нашествием». Однако после очередного поражения, потеряв почти все войско, Пугачев переправился на левый берег Волги в районе Черного Яра. Оттуда он намеревался пробиваться в Гурьев, но конец его был близок. Среди приближенных казаков возник заговор, целью которого было схватить Пугачева и тем самым купить себе жизнь. В начале сентября 1774 г. заговорщики осуществили свой план. Пугачев был захвачен предателями и сдан правительственным властям. 15 сентября он был доставлен в Яицкий городок, а оттуда в специальной клетке его отвезли в Симбирск. Здесь его решили показать народу. Главнокомандующий граф Панин спросил Пугачева, как его зовут. «Емельян Иванов Пугачев», — услышал Панин. — «Как же смел ты, вор, назваться государем?», — спросил главнокомандующий. — «Я не ворон, я вороненок, а ворон-то еще летает», — ответил ему Пугачев. Панин в ярости избил беззащитного пленника.

В Симбирске с Пугачева сняли допрос и отправили в Москву. В закрытой карете его привезли в первопрестольную. 9 января 1775 г. после дознания и суда был вынесен приговор: «Учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову воткнуть на кол, части тела разнести по частям города и наложить на колеса, а после на тех же местах сжечь».

Утром 10 января на Болоте состоялась казнь Пугачева. Его привезли в санях. «Незаметен был страх на лице Пугачева. С большим присутствием сидел он на своей скамейке». Взойдя на эшафот, Пугачев перекрестился и, кланяясь на все четыре стороны, попрощался с народом, заполнявшим площадь: «… прости, народ православный». «При сем слове, — пишет А. С. Пушкин, — Экзекутор дал знак; палачи бросились раздевать его… Тогда он сплеснул руками, повалился навзничь, и в миг окровавленная голова уже висела в воздухе…» Толпа «ответствовала» на казнь «превеликим гулом» и «оханьем». Так закончил свой путь один из самых талантливых вождей Крестьянской войны 1773–1775 гг.

На Урале Крестьянская война 1773–1775 гг. выдвинула ряд талантливых руководителей, к их числу принадлежат Белобородов, Грязнов и Туманов.

Становление Белобородова как вожака народных масс неразрывно связано с событиями Крестьянской войны 1773–1775 гг. Руководитель уральских работных людей и приписных крестьян в борьбе против заводовладельцев и царской администрации, талантливый организатор и «главный походный атаман сибирского корпуса», преданный делу восстания, он завоевал огромную популярность своей деятельностью среди многонационального населения Прикамья, Урала, Зауралья и Башкирии. Доверие народных масс и опыт, накопленный в период восстания, сделали его подлинным вождем Крестьянской войны. К моменту восстания этот умный, твердый и решительный человек прошел тяжелую жизненную школу, научившую его ненавидеть гнет и притеснения, царившие в России. Биография Белобородова во многом раскрывает причины перехода на сторону восставших отставного солдата, работного человека и той личной преданности борьбе против царских слуг и заводовладельцев, за которую он заплатил своей жизнью.