В Нарве Ильин задержался недолго. Спустя несколько месяцев герой Чесмы снова был внезапно взят под караул, посажен в кибитку и отправлен на этот раз в дальнюю деревню Тверской губернии без права приезда в столичные города. Задним числом высочайшим указом от 31 декабря 1776 года Георгиевский кавалер и участник восемнадцати морских кампаний капитан 2-го ранга Дмитрий Сергеевич Ильин был уволен в отставку с полным пансионом. Успокаивая общественное мнение, ему «по вывозу» на пенсию присвоили звание капитана 1-го ранга.

В послужном списке Дмитрия Ильина осталась запись: «Уволен от службы в 1777 году», в «Общем морском списке» — «1777 г. января 3. Уволен от службы чином капитана 1-го ранга с пенсионом». В «Материалах для истории русского флота» опубликован «Высочайший утверждённый список штаб- и обер-офицеров, просящим по силе указа о вольности дворянства, увольнения от службы, 1776 года декабря 31», в котором есть и капитан 2-го ранга Дмитрий Ильин. В приложении об Ильине от коллегии представлены следующие сведения о прохождении службы: «…в чине с 26 июня 1770 года, кампаний на море имел гардемарином 3, офицером — 17, итого 18. Представляется к отставке по выслужению 18 кампаний с пенсионом, а в рассуждении его именной заслуги и с чином, ибо он Ильин в прошедшую войну находился в Архипелаге и во время сражения с турецким флотом июня с 25 на 26 число был на брандере командиром, а 25 числа находился на бомбардирском корабле „Гром“, бомбардируя в турецкий флот из мортир и из гаубиц; а когда приближалось время с брандером идти, тогда на него переехал, и по учинённому от капитана и бригадира, что ныне вице-адмирала Грейга, сигналу пошёл в турецкий флот с над ветру, а вошед увидел же большой турецкий корабль, и к оному направя путь пристал и сцепяся с ним зажёг свой брандер, отъехал на шлюпке, смотрел действие и увидел, что у онаго большого корабля от брандернаго огня вдруг вся сторона, с которой зажжён в огне и пламя к парусам пришло и оные и всё, мачты, стеньги и реи загорелись, и тогда он, Ильин, исполняя совершенно вручённое ему дело, со шлюпкою возвратился благополучно; из сего явствует его, Ильина, храбрость и неустрашимость. Из Архипелага в Россию прибыл в 1774 году…»

Отметим и тот факт, что послужной список Д.С. Ильина содержит исключительно положительные характеристики и аттестации, которые были даны ему адмиралом и разных орденов кавалера Г.А. Спиридовым, капитанами и кавалерами Ф.А. Клокачёвым и П.Ф. Бешенцовым, капитаном и бригадиром, кавалером В.В. Лупандиным и другими командирами.

Историк Ладыгин свидетельствует: «Боязнь, что Д.С. Ильин по своей доброй, чистой натуре умалит в глазах государыни тех, кто захватил всю славу Чесменского боя, заставила их обратить внимание на Ильина по приезде его в Петербург. Д.С. не погибший в Чесменском бою, погиб от тех, кто захватил его славу, а те, в свою очередь, выбросив Ильина, торжествовали. Д.С., имевший право ожидать триумфальное шествие, очутился в кибитке, удалён со службы… и был отправлен на жительство в своё маленькое имение, находившееся тогда в Новгородском уезде, при церкви погоста Застижья. Сжёгши турецкие корабли, сжёг и лично свои! Слава о нём померкла, и до смерти он влачил свою жизнь в полнейшей бедности…»

Под ядрами и пулями уцелел герой, а вот от наветов и доносов не уберёгся…

О дальнейшей жизни Дмитрия Сергеевича известно очень немного. На основании записей в церковных книгах за 1780 год о бракосочетавшихся можно узнать, что «в феврале 9-го морского флота капитан 1-го ранга и кавалер Дмитрий Сергеев сын Ильин, вдовец, первобрачной, Устюжского уезда, Дубровского погоста, села Дубровки, отставного капитана Андрея Петрова сына Колюбакина, з дщерью ево девицей Ириной, полувторным браком».

Детей у Дмитрия Ильина было четверо, что доказывает родословная книга Тверской губернии. Два сына — Михаил и Алексей, дочери Александра и Екатерина. Известно, что старший сын Михаил по окончании морского кадетского корпуса служил подшкипером на Балтийском флоте. В 1814 году награждён почётной бронзовой медалью на Владимирской ленте с надписью «1812 год». О младшем Алексее есть только сведения о том, что служил в морской артиллерии и к 1802 году имел звание унтер-лейтенанта.

Даты рождения детей неизвестны, но можно предположить, что старший сын Михаил был рождён в первом браке, возможно, и младший Алексей.

После увольнения со службы Дмитрий Сергеевич возвращается в родные края, по какой причине он не остался в Санкт-Петербурге, неизвестно. Сведений о роде занятий в последующие годы жизни нет, наверное, он жил как большинство мелкопоместных дворян, и воспитывал достойно своих детей.

В тех же церковных записях за 1802 год в сведениях об умерших значится: «В июле 19-го. Господин капитан и кавалер Дмитрий Сергеевич Ильин. Тело сие предано земле по церковному чиноположению». Причина же смерти значится кратко: «Неизвестной болезнью помер».

Жизненный путь Дмитрия Сергеевича закончился 19 июля 1802 года, похоронен он на кладбище деревни Застижье. Позднее на могиле была положена плита из серого камня с надписью: «ПОДЪ КАМНЕМЪ СИМЪ ПОЛОЖЕНО ТЕЛО КАПИТАНА ПЕРВАГО РАНГА ДМИТРИЯ СЕРГЕЕВИЧА ИЛЬИНА КОТОРЫЙ СЖЕГЪ ТУРЕЦКИЙ ФЛОТЬ ПРИ ЧЕСМЪ ЖИЛЪ 65 ЛЪТЪ СКОНЧАЛСЯ 1803 ГОДА». Может быть, от неверно высеченного года кончины и появилось указание года смерти «1803» во многих энциклопедиях, изданиях по истории военно-морского искусства и художественной литературе. Год кончины подтверждается выпиской из церковной записи об умерших 1802 года: «В июле 19-го. Господин капитан и кавалер Дмитрей Сергеевич Ильин тело сие предано земли, по церковному чиноположению, священником сороговскаго погоста Павлом Васильевым села Застижья, с дьячком Андреем Павловым и пономарём Родионом Ивановым при застижской церкви. Пред кончиною исповедован и святых тайн сподоблен сороговскаго погоста священником Павлом Васильевым. Неизвестною болезнью помер».

Доказательством года смерти является также акт раздела имения после кончины Д.С. Ильина между его детьми, заверенный Устюжским уездным судом 11 декабря 1802 года. Указанная дата свершения раздельного акта подтверждается и в письме Тверского Дворянского собрания от 4 апреля 1884 года. Копии этих документов и ныне хранятся в Государственном архиве Тверской области.

После смерти остались в память безутешным дочерям Ильина лишь несколько боевых наград на затёртых лентах… Прошли годы, дети покинули родные места, людьми они были небогатыми, дочери Екатерине император Александр I в память заслуг отца пожаловал ежегодную пожизненную пенсию в 400 рублей, и на её имя в банк было положено 5 тысяч рублей, дабы эту сумму с процентами выдать при вступлении в брак.

Жалкое существование влачила после смерти героя его дочь. Не имея своего угла, она вынуждена была скитаться по знакомым до тех пор, пока возмущённые друзья последних лет жизни Дмитрия Сергеевича во главе с помещиком Гаврилой Гераковым не отослали письмо в Санкт-Петербург, требуя справедливости по отношению к дочери Ильина. «Клевета, зависть, — писал Гераков, — вы довольно насытились, заживо преследуя почтенного Ильина; прекратите гонения свои, скройте самих от себя, не беспокойте прах друга души моей! Ты же, дух героя Ильина, ты исполнил долг россиянина, долг бодрствующего за Отечество, ты покойся на лоне безначального. Мир праху твоему!»

Сочинение Геракова быстро получило весьма широкую огласку. Через некоторое время письмо дошло до самого императора. Александр I, повздыхав, милостиво учредил дочери героя небольшую пенсию.

Со временем плита на могиле почти ушла в землю, церковь погоста Застижье постепенно разрушалась. Снова об Ильине вспомнили лишь спустя шестьдесят с лишним лет.

На место погребения героя, находящееся в запустении, обратил внимание отставной генерал-майор Михаил Фёдорович Лодыгин. В начале 1892 года он опубликовал в историческом издании «Русская старина» статью «Лейтенант Дмитрий Ильин». В этой статье кратко описал подвиг Ильина и, к сожалению, подробно расписал легенду об инциденте в Зимнем дворце. Откуда взяты сведения, Лодыгин не указал, и, с учётом популярности «Русской старины», наверное, это был не лучший вариант публикации. Вместе с тем в статье было дано описание могилы и церкви, и высказано предложение почтить память героя Чесмы сооружением на его могиле памятника.