Ахундов исходит из того, что природа, или Вселенная, существует объективно, без помощи какой-либо внешней силы, в том числе независимо от человека и его сознания. Человек, как сознательное существо, сам есть продукт природы. Природа не создана никем: ни богом, ни ангелами, ни людьми. Она была, есть и будет. Природа является причиной самой себя. Она и творец и творимое. Так же как Спиноза и французские материалисты, Ахундов — монист. В своих сочинениях он возражает дуалистам, признающим существование двух начал — материального и духовного. «Вся Вселенная, — пишет он, — есть одно существо, могущественное, совершенное, всеобъемлющее, проявляющееся во множестве, в бесчисленном разнообразии, без воли, под своими законами, то есть под своими условиями» (4, 89).

В условиях Азербайджана и Ближнего Востока, где безраздельно господствовала религия с ее догмами о божественном происхождении мира, учение Ахундова о природе как причине самой себя имело принципиальное значение. Оно было направлено не только против религиозно-мистической концепции сотворения мира богом, но и против идеализма вообще, считающего природу инобытием духа. Существование и развитие природы, по мнению Ахундова, не нуждается в других, каких-либо нематериальных силах. Бытие всеобъемлюще, абсолютно и самобытно. Как же понимает Ахундов это всеобъемлющее бытие? Какова его природа?

Под единым, всеобъемлющим, могущественным и совершенным бытием Ахундов подразумевает материю, и в этом смысле он называет ее субстанцией всех вещей. «Говоря о бытии, — пишет он, — мы имеем в виду сущность и субстанцию вещей. Эта сущность в смысле индивидуальном противоположна абсолютному небытию; в смысле всеобщем она является единым, совершенным и всеобъемлющим бытием, т. е. совокупностью материи» (4, 182). Таким образом, единое, всеобъемлющее, бесконечное и абсолютное бытие, по Ахундову, есть сущность вещей, их субстанция. Другими словами, субстанция есть «совокупность материи». Она едина, вечна и бесконечна, является основой всех вещей и процессов в мире и существует сама по себе, независимо от бога или божественного сознания.

Как соотносятся друг с другом материя и сознание, душа и тело? С точки зрения Ахундова, духовные явления — функция тела и зависят от последнего. Сознание, дух не может существовать самостоятельно, независимо от материи. «Душа, — пишет он, — чем бы она ни была, не может продержаться без тела, т. е. без организма, точно так же, как разум не может продержаться без мозга» (там же, 130). Но автор далек от мысли приписывать всей материи сознание. Материя порождает сознание, но она неодушевленна. Сознание присуще не всем телам, а только тем, которые имеют определенный состав частей. «Душа — одна из функций тела и существует вместе с телом, подобно тому, как телеграфическая сила проявляется от соединения некоторых химических составов и исчезает при их разъединении… Душа появляется при формировании организма и исчезает с его расстройством» (там же, 274).

Как видим, здесь Ахундов делает попытку по-своему сформулировать известное материалистическое положение о том, что сознание есть продукт определенным образом организованной материи — мозга. У Ахундова мы еще не встречаем такого ясного понимания этой проблемы. Но в некоторых своих высказываниях, как, например, в письме к Мирзе Мелкум-хану от 14 октября 1871 г., он прямо говорит, что источником мысли является мозг человека: «Разве вы не знаете, что кусочек человеческого мозга — это источник различных мыслей?» (5, 314). Ахундов понимал, что сознание возникает в процессе развития самой природы. Но он не знал, как оно возникает, не понимал ни сущности сознания, ни его качественного своеобразия. Но он был уверен, что мысль не существует без мозга, ибо материя — основа всех психических процессов. И Ахундов не сомневался, что наука с течением времени раскроет эту тайну, и тогда мы узнаем не только сущность и природу души, но и законы ее возникновения и развития.

Ахундов выступил также и против учения о бессмертии души: «…мнение наших улемов, будто души после разрушения человеческого организма еще продолжают существовать в особых хранилищах или обиталищах, не может выдержать критики, потому, что душа, чем бы она ни была, не может продержаться без тела» (4, 130). Нельзя говорить ни о каком бессмертии души, ни о какой жизни после смерти. Душа — одна из функций человеческого организма — возникает при его формировании, существует вместе с ним и исчезает с его расстройством.

Определенно материалистически высказался Ахундов о пространстве и времени. Время и пространство — не продукт человеческого разума или свойство его организма, а неотъемлемые свойства материи, «необходимые принадлежности самой материи». «Как время, так и пространство суть атрибуты этого существа» (там же, 90), т. е. материи.

Значительный интерес представляют мысли Ахундова о структуре материи. Материя состоит из бесчисленного множества конечных вещей. Эти конечные, конкретные вещи, из которых состоит материя, Ахундов называет атомами. «Итак, всякая частица этого единого, могущественного, совершенного существа, хотя бы она состояла из небесных планет и из земной планеты или из какой-нибудь другой материи, в индивидуальности есть почти атом, а все атомы в совокупности есть единое существо, которое и есть всеобъемлющая Вселенная» (там же, 91). Как видим, термином «атом» у Ахундова обозначаются весьма различные понятия. Во-первых, это отдельные, относительно самостоятельные и в известном смысле неделимые частицы Вселенной: Солнце, Земля, планеты, вообще небесные тела. Во-вторых, относительно неделимыми единицами являются животные и растительные организмы. И наконец, вся материя в целом состоит из мельчайших частиц — атомов в собственном смысле слова. Ахундов выступил против утверждений мусульманских схоластов о существовании духовных, бестелесных «атомов», при помощи которых бог якобы управляет миром (ангелы, джины и т. п.). Разоблачая эти домыслы, Ахундов указывает, что если ангелы, джины и тому подобные существа — атомы, то они должны быть ощущаемы, осязаемы, как и все другие атомы. Однако, кроме пророка, до сих пор еще никто не видел ангелов. С другой стороны, если они не живые, не материальные, то каким же образом могут обладать сознанием и волей?

Главное достоинство учения об атомном строении материи, по мнению Ахундова, заключается в том, что своим острием оно направлено против мусульманского богословия, которое учило, что великий аллах прежде создал Вселенную из атомов, наделенных сознанием и волей. В противоположность этому Ахундов считал, что ни отдельные атомы, ни их совокупность не наделены ни волей, ни сознанием: «Не забудь, что Вселенная состоит из атомов, что атомы ни в индивидуальности, ни в совокупности в своем проявлении не имеют воли, только проявляются и существуют по своим естественным законам» (там же, 91). Нельзя также наделить волей, сознанием и природу в целом. Природа как единое бытие, единое материальное существо не имеет воли и в своем существовании не нуждается в воле другого существа. Волей и сознанием обладают только некоторые атомы — это люди. Такие атомы Ахундов называет «разумными». Но воля их ограниченна, они бессильны сделать что-либо, что противоречит законам природы: «…наперекор этим законам воля разумных атомов в деяниях также немыслима; в таком случае, какой атом может просить другой совершить какое-нибудь дело помимо существующего естественного закона Вселенной, и какой другой атом может исполнить эту противоестественную просьбу? Для большей ясности поясним это примером: какой атом может просить другой, чтобы последний приставил отрубленную голову одного индивидуума к его туловищу и воскресил его? Может ли этот другой атом исполнить подобную противоестественную просьбу? Какой атом может просить другой, чтобы последний даровал первому тысячелетнюю жизнь? Какой другой атом может исполнить эту противоестественную просьбу?» (там же).

Каково же взаимоотношение между бесконечной природой и ее конечными частями, т. е. атомами? Говоря об этом, Ахундов касается проблемы взаимоотношения единичного и общего. Природа как целое существо, как материя проявляется в единичных вещах и предметах. А единичные вещи, как части, произошли от единого, т. е. от природы. «Мир существует, — пишет Ахундов, — в зависимости от единого целого существа. Это целое существо есть источник, и все творения истекают из него и все творения относятся к нему, как относятся частицы к целому, подобно волнам к морю, пузырькам к воде, почерку к чернилам и проч.; все частицы произошли от единого целого. Существо целое есть корень, существо частицы есть ветвь, оторвавшаяся на время от корня, и опять должна возвратиться к корню» (там же, 94). Нельзя противопоставлять, говорит Ахундов, часть целому, единичное — общему, ибо они составляют единство. «Какую разницу имеет целое от частицы, кроме того, что первая есть только целое, а вторая есть частица, подобно голове и руке?» (там же, 96). Таким образом, природа есть единство общего и единичного, конечного и бесконечного. Нет материи вообще, она проявляется во множестве, в бесчисленном разнообразии предметов и явлений природы.