Збірка «Зів’яле листя» була сприйнята неоднозначно, деякі критики звинувачували поета у відході від зацікавлення громадським життям. В. Щурат, оцінюючи поетичну збірку, назвав автора «декадентом». Іван Франко рішуче заперечив віднесення себе до декадентів. У збірці «Давнє й нове» він вмістив вірш-відповідь «Декадент»:

Упродовж 1887—1897 pоків Іван Франко працював у редакції польської газети «Kurjer Lwowski» (десятиріччя «в наймах у сусідів»). За публікацію у віденській газеті «Die Zeit» полемічної статті «Поет зради» (1897), що містила гострі оцінки творчості Адама Міцкевича, Івана Франка під тиском обурених польських шовіністів було звільнено з роботи в редакції газети «Kurjer». І ще не один раз Франко відчував обрáзу поляків за цю статтю.

Ганна Франко-Ключко згадувала: «Один виїзд на село для мене пам’ятний і донині стоїть мені перед очима: ми всі вийшли з дому, повиносили пакунки і поскладали на віз, що на нас вже чекав. Але тато був якийсь неспокійний і розглядався на боки, піднявшись із сидження. Тоді нараз вискочив із-за рогу чоловік і вистрілив у тата; на щастя, не поцілив. Тато зблід, але почав нас заспокоювати, щоб ми не боялися, що то не у тата стріляли. Пізніше я довідалася з розмов і зрозуміла, що це один поляк хотів помститися татові за те, що тато в своїй статті назвав польського поета Міцкевича поетом зради. Це було в році 1897».

Того ж року через контроверсійну статтю «Дещо про себе самого» (передмову до польськомовної збірки малої прози «Obrazki galicyjskie») письменник зазнав гострої й несправедливої критики з боку галицьких народовців, найперше Ю. Романчука.

До того ж почалися негаразди зі здоров’ям поета. Операція на очах, переслідування з боку поляків, перші ознаки нервової хвороби дружини… Про хворобу батька Ганна писала: «Першим нашим горем, – його ми добре не розуміли, а більше відчували, – була хвороба тата. Татові зробив лікар операцію очей, і тато мусив тижнями лежати в темній кімнаті. Затихли наші сміхи й гамір. Ми ходили тихенько з кімнати в кімнату, підходили до тата, він гладив нас по голівках. Ми відчували щось недобре, та тоді не розуміли, чому він лежить у ліжку в темній кімнаті.

Мама ходила зажурена й мовчазна, та й нас, дітей, не брались ігрища. Ми ожили тільки тоді, коли тато встав з ліжка, а вікна було відчинено».

1898 року Іван Франко почав працювати в «Літературно-науковому віснику». Підтримував діяльність Наукового товариства імені Тараса Шевченка. Цього року була написана наукова студія «Із секретів поетичної творчості», в основі якої – знання з літературознавства та психології. Тоді-таки І. Франко відійшов від активної політичної діяльності і присвятив себе літературній і науковій праці. Очолював філологічну секцію (1898—1901; 1903—1912) та етнографічну комісію (1898—1900; 1908—1913) Наукового товариства імені Т. Шевченка; був співредактором журналу «Літературно-науковий вістник» (1898—1907) спільно з М. Грушевським та В. Гнатюком.

Товариство імені Тараса Шевченка – громадсько-політично-науково-літературне товариство, засноване 11 грудня 1873 року у Львові як організація, здатна створити базу для вільного розвою української науки й літератури. Першими головами цього наукового товариства були С. Громницький, О. Гладилович, Ю. Целевич. У 1893 році організація була реорганізована і назва її дещо змінена. Першим головою Наукового товариства імені Т. Шевченка (НТШ) став О. Барвінський. Видавничою продукцією товариства стали «Записки НТШ», які завдяки М. Грушевському зробилися квартальником, тобто виходили чотири рази на рік. Найбільш активною, прогресивною і продуктивною була філологічна секція НТШ, очолювана Іваном Франком. Крім неї, стабільно діяла математико-природоописно-лікарська секція. За час діяльності НТШ протягом 1873—1939 років товариство видало 352 наукові праці, розвідки, підручники, карти, 103 книги літературних журналів, 95 літературних творів і 31 інформаційне видання. У зв’язку з подіями Другої світової війни діяльність НТШ була припинена, а за радянських часів товариство діяло виключно в діаспорі. У наш час діяльність Наукового товариства імені Т. Шевченка відновлено.

Також 1898 року Іван Франко укладає збірку «Мій Ізмарагд». Дочка поета писала: «У важких обставинах, серед праці і боротьби, ясним променем для тата була хвилина, коли появлявся з друку його новий твір. Зажурене лице прояснювалося, коли він приносив тільки що напечатану книжку, ще з запахом друкарського чорнила і друкарні. Добре собі пригадую, як він приніс невеличкий пакуночок і розгорнув на столі. Це була в дуже гарній оправі збірка поезій “Мій Ізмарагд”. Одна з книжок була в білій шкіряній оправі. Тато подав її мені і сказав: “Подобається тобі? – це для тебе, але маєш перечитати, що в ній”. Я вхопила книжку й розгорнула: на першій сторінці стояло написане його власною рукою: “Ґандзі від тата”, підпис і дата. Я, щаслива, тут же почала читати. І все ще й тепер, коли побачу цю книжку або заголовок, пригадую собі татове обличчя, повне гордості, задоволення й при тому делікатної скромності. Видно, це був йому самому дуже любий і цінний твір».

Знаком визнання визначної ролі Івана Франка в національно-культурному відродженні стало урочисте відзначення 25-літнього ювілею його творчої діяльності. Зі спогадів Ганни Франко-Ключко: «Тут згадаю радісну в житті тата подію, що немов освітила татове, повне невсипущої праці, життя. У 1898 році відсвятковано 25-літній ювілей його літературної творчості. Я ще була тоді малою, але на нас, дітей, зробив велике враження святковий і радісний настрій тата й мами. Батьки пішли на академію. У своїй промові тато висловив своє життєве кредо. Як син села, почував своїм обов’язком працювати для свого народу, віддати тій праці всі свої знання, всі свої сили. Тато був знаменитим промовцем, яких буває мало, і його промова зробила надзвичайне враження. <…> Це не були звичайні слова подяки за признання, за свято, це були гіркі, але правдиві слова, що їх сказав мій батько прямо у вічі своїм прихильникам і ворогам. Тато не сподівався такого сердечного святкування й був до глибини душі зворушений. Цей ювілей був переломним моментом у його житті. Він пройшов дорогу сумнівів, змагань, шукань, розчарувань і тепер бачив одну пряму дорогу перед собою: працю для з’єднання цілого народу в стремлінні до найвищої ідеї: будувати власну хату і жити в ній вільним самостійним життям. <…> Цей 25-літній ювілей був великим кроком уперед на шляху до замирення з його противниками і ворогами серед власного народу. Вони прийшли висловити йому свою пошану і признання, а це було для нього найдорожчим подарунком. Окрім україн ського галицького громадянства, прислали татові привітання громадяни з Наддніпрянської України і ті, які були розсипані по Європі, як пані Саломея Крушельницька, знаменита співачка з Італії. Багато чужинців: чехи, німці, росіяни, поляки, французи і жиди прислали численні телеграми, виявляючи свою пошану і признання. Багато лаврових вінків складено у стіг тата. Тата цінив і шанував культурний світ».