В течение всего этого времени схоластика продолжала оставаться официально признанной церковью философией. Ее адепты, особенно выразители идей контрреформации, опираясь на традиции господствовавшей христианской религии, на выработанное церковью в течение многих веков умение приспособляться к новым условиям, пытались оживить и подновить пошатнувшееся теологическое мировоззрение. Но наука уже не могла развиваться дальше в его узких границах и шаг за шагом с необходимостью их прорывала, церковь относилась к ней враждебно, боролась с ней и противодействовала ее прогрессу всеми доступными средствами. Сожжение Бруно, Сервета, Ванини, преследование Галилея и многих других ученых, занесение лучших творений человеческого разума в Индекс запрещенных книг — вот средства, которые избрала церковь в борьбе с наукой. Однако, несмотря на все ее попытки удержать науку под своей властью, она оказывается неспособной сделать это. Наука все более порывает с теологией, становится на путь самостоятельного развития и переходит в наступление против церкви и религии.

Выражая потребности зарождающегося нового буржуазного уклада, прогресс науки обусловил изменение не только ее статуса в обществе, но и представлений о ее целях, методах, критериях истинности научных положений и всего пути познания в целом. Если в период господства теологии наука рассматривалась как путь богопознания, в ней преобладало умозрение, догматизм и авторитаризм, вследствие которых лишь те положения считались истинными, которые не противоречили Библии, учению отцов церкви, постановлениям соборов, то теперь эти взгляды оказываются несостоятельными. Буржуазия требует, чтобы результаты научных исследований были практически применимы; польза становится основной целью и основным понятием не только социологических учений эпохи Просвещения, но и гносеологии. Соответственно догматизм и умозрение сменяются опытом и экспериментом, создаются учения о единстве интеллектуальных операций и опыта. Наряду с дедукцией в научном познании значительное место отвоевывает индукция, вместо умозрительного детализирующего анализа с его бесчисленными дефинициями и дистинкциями появляется анализ природных тел и его следствие — попытки создания классификационных синтетических систем. В качестве критерия истинности выступает уже не столько согласие с Библией, сколько здравый смысл, разум, опыт, эксперимент. Рост самосознания науки отражается в усилении внимания к гносеологическим проблемам в философии, во все большем выдвижении на первый план вопроса о соотношении знания и веры, просвещения и суеверия, в решении которого конфликт противоборствующих социальных сил становится особенно острым.

Будучи идеологом просвещенного абсолютизма, Прокопович видит в науке основное средство для достижения мощи и процветания российского государства, развития мануфактур и ремесел, благосостояния и «беспечалия» его граждан. Тема борьбы знания, науки с невежеством и суеверием является главной как в его произведениях, так и в сочинениях его ближайших сподвижников — Татищева, Кантемира, Бужинского. При этом, начиная с «Владимира», через все его произведения последовательно проводится одна и та же мысль — носителем и поборником идеи развития науки и просвещения является светское государство, а сторонниками невежества, суеверия и лицемерия — духовенство, которое насаждает их с целью личного обогащения. Эта мысль не только не соответствовала интересам духовного сословия, к которому принадлежал Прокопович, но была прямо направлена против него. Подобные явления не столь уж редки. Напомним, что Николай Кузанский был кардиналом, Коперник — каноником, Джордано Бруно — монахом, но именно они подняли восстание против освящаемого церковью теологического мировоззрения и пробили в нем первую брешь. И если автор «Папского приговора Галилею» и «Светской песни» по воле царя стал церковным иерархом, то это случилось потому, что, зная его враждебное отношение к боярско-церковным кругам, ненависть и презрение к духовенству, Петр I решил использовать его как для подавления церковной оппозиции, так и для насаждения наук и развития учебных заведений в России.

Подобно другим отечественным мыслителям XVII — начала XVIII в., Прокопович считал, что живое обладает по меньшей мере тремя свойствами: вегетативностью, включающей питание, рост, размножение (общие растениям, животным и человеку); чувствительностью, имеющейся у животных и человека; разумностью, присущей только человеку. При этом он не отрицал, что зачатки рассудка есть и у животных. «Вы увидите, — говорит он, обращаясь к своим слушателям, — у многих животных признаки… рассудительности» (61, 95 об.). В защиту этого положения в «Натурфилософии» Феофан приводит целый ряд аргументов. Однако он не соглашается с мнением тех мыслителей, которые полагали, что у животных есть также и разум. Единообразие действий животных, видовые свойства их поведения и его целесообразность Прокопович объясняет через инстинкт. С его помощью, говорит он, животные распознают вредное и полезное для них и соответственно стремятся к нему или избегают. Инстинкт определяется им как действие воображения, возбуждаемого чувственными знаками, получаемыми от объектов. Он действует бессознательно и не опирается на предвидение.

Ощущения рассматриваются Прокоповичем как весьма важный и совершенно необходимый этап познания. В своих произведениях, даже богословских, он, подобно деятелям Возрождения, реабилитирует человеческие ощущения и чувства, восстанавливая некоторые материалистические тенденции аристотелевского эмпиризма и сенсуализма. Он убежден в непогрешимости чувств и призывает доверять их показаниям.

Наиболее совершенным ощущением Прокопович считает ощущение, полученное через зрение. В своем отношении к зрению как важнейшему и прекраснейшему из всех чувств Прокопович перекликается с Леонардо да Винчи. Однако не только это роднит его с Леонардо. Великий гуманист считал истинными только те науки, которые, понуждаемые опытом, прошли через ощущения (см. 78, 175). То же утверждает и Феофан: «Физические теории не иначе становятся более точными, как через испытание органами чувств» (61, 167 л.).

Оба мыслителя одинаково оценивали роль чувственного опыта в науке как ее основу, начало. Мудрость, говорил Леонардо, есть дочь опыта. Пусты и полны ошибок «те науки, которые не порождены опытом, отцом всякой достоверности, и не завершаются в наглядном опыте, то есть те науки, начало, средина или конец которых не проходят через одно из пяти чувств» (78, 181–182). Почти те же слова мы находим и у Феофана, и он говорит об «опыте, который является учителем философии», с которого начинаются даже самые абстрактные науки, в том числе и математика. «Нужно больше слушать тех, — отмечает он, — кто старательно исследует природу при помощи опыта, чем знающих все посредством воображения». Опыт и умозрение, по его мнению, это две ноги ученого, если он ступает только на одну, он неизбежно хромает. Вместе с тем Прокопович призывает «полагаться больше на опыт, нежели на рассудок, поелику тот гораздо больше ошибается, кто рассуждениями своими без опыта, нежели кто опытами без дальнейших умствований, следует… человеческий рассудок, дабы безпогрешителен был, должен непременно утверждаться на опытах, которые и одни без оного часто уверяют в истине» (61, 202 л.).

Подчеркивая значение чувств и чувственного опыта как необходимого исходного этапа познания, Прокопович был твердо убежден в том, что содержание мышления формируется из данных, полученных из ощущений. Рассматривая переход от ощущений к мышлению, философ значительное внимание уделяет памяти, воображению, простым и сложным идеям. При этом он подчеркивает творческий характер воображения. Оно извлекает из памяти хранящиеся там образы и их «обломки», сочетает их, переставляет, воссоздает и формирует из них простые, а затем и сложные идеи. Прокоповичу, несомненно, было известно описанное еще Аристотелем явление ассоциации, исследование которого было в центре внимания современной ему психологии.