Раскрывая творческий характер воображения и фантазии, проявляющейся в процессе перехода от ощущений к мышлению, и понимая познание как деятельность чувственной и разумной души, направленной на получение нового знания, Прокопович отвергает платоновскую теорию познания как воспоминания. Утверждая, что познание есть процесс приобретения нового знания, он, как и большинство отечественных ученых того времени, считает, что разум новорожденного подобен чистой доске (tabula rasa). Врожденной для человека является только способность ощущать, представлять, мыслить, а все содержание этих познавательных актов формируется в ходе воздействия на него внешнего мира.
Так же, как и чувства, разум, по мнению Прокоповича, связан с воздействием объекта. «Разум, — говорит он, — есть необходимая сила, которая после появления перед ним объекта не может на него не распространяться, подобно тому, как открытый глаз не может не видеть того, что перед ним находится» (61, 49 об.). В этом утверждении содержится определенное признание активности разума, ибо он рассматривается как сила по отношению к объекту, который подлежит его действию.
Размышления Прокоповича о познавательной деятельности человека не исчерпываются его отмежеванием от схоластики в понимании роли ощущений и разума, он касается и более специальных проблем. Заслуживают внимания его мысли об объекте науки, об употребляемых ею общих понятиях, о методе познания, о соотношении теоретического и практического, языка и мышления.
Объектом философ называет то, что познается, что противопоставляется интеллекту и должно быть подчинено им. Объект выступает как препятствие, которое останавливает направленную вовне интеллектуальную потенцию и сосредоточивает на себе ее действие. Для выявления объекта необходима активность, действенность интеллекта.
Признавая первичность и независимость объекта и вторичность образов и понятий, Прокопович вместе с тем подчеркивает, что только то во внешней относительно субъекта вещи будет объектом, на что направлено его познание. То же, что не попадает в сферу действия познания, является не объектом, а индифферентной к познанию действительностью. «Пока я вижу в человеке живое существо и не замечаю рационального, — писал он, — то только живое существо будет действительным объектом» (61, 39 л.).
Объекты науки, по мнению мыслителя, не создаются науками: так, «физика не создает Вселенной, но рассуждает о ней. Диалектика также не порождает разум, но делает его более совершенным» (там же, 17 об.).
Одну и ту же вещь, говорит он, могут изучать различные науки. Так, человек может быть объектом и физики, и этики, и медицины и т. д., теоретические понятия могут рассматриваться и физиком и логиком. «Физик, когда образует силлогизм на материале своей науки, рассматривает как физик только материю, форму же силлогизма строит как логик…» (там же, 26 л.). Основанием для того, что одна и та же вещь может изучаться различными науками, является прежде всего многогранность самой вещи, выступающая в качестве одной из важнейших предпосылок разнообразия приемов и способов ее рассмотрения. Многогранность вещи (например, то, что человек есть и природное тело, и живой организм, и разумное существо в средние века отражалась в концепции о метафизических ступенях. Относительно их понимания, говорит Прокопович, были выдвинуты две противоположные точки зрения. Томисты утверждали, что метафизические ступени реально разделены в самой вещи. Скоттисты, напротив, считали, что такое разделение отсутствует в действительности и существует только в интеллекте. Феофан не принимает и критикует обе точки зрения. По его мнению, разделенность этих ступеней в интеллекте опирается на объективное основание — их потенциальное различие в самой вещи. «На вопрос томистов, — пишет он, — мы отвечаем кратко. Основание того, почему живое существо отличается от разумного, заложено в действительности. Но это основание не является внутренним объективным различием вещи, а качеством той же вещи, пребывающей в состоянии разных и разнообразных движений или находящейся в определенном отношении к различным действиям…» (61, 41 об.).
Поэтому, когда различные науки обращаются к одной и той же вещи, они берут в ней разное и по существу имеют разные объекты. «Наука, — пишет Прокопович, — определяется объектом» (там же, 25 об.).
При этом, по мнению Прокоповича, для того чтобы что-то можно было назвать объектом науки, оно должно удовлетворять по крайней мере трем условиям: во-первых, представлять определенное единство; во-вторых, чтобы к нему можно было отнести все, что известно науке в этой области; в-третьих, чтобы наука посредством него и метода, которым его рассматривают, отличалась от всех других наук (см. 61, 22 об.). В этих требованиях можно увидеть определенное стремление к целостности, полноте и непротиворечивости науки.
В понимании метода Прокопович еще основывается на аристотелевском учении, так как в центре его внимания находится силлогистический дедуктивный вывод. Однако его значительный интерес к этому вопросу продиктован развивающимся естествознанием, поэтому в его решении есть немало элементов, близких философии эпохи Возрождения и Реформации, а порой и Нового времени.
Метод исследования понимается им широко как метод познания вообще. По мнению Прокоповича, каждая наука кроме знаний, полученных благодаря деятельности и разуму, вырабатывает и «само умение, которое делает разум способным получать такие знания» (там же, 17 л.). Это умение приобретается путем обобщения познания объектов, его исторического опыта. Метод фиксирует в познании изменяющихся вещей то, что повторяется во многих познавательных актах, т. е. закономерное, постоянное, неизменное, применяя его потом снова к познанию изменяющихся вещей. «Наука, — говорит Прокопович, — имеет дело с неизменным, исходя из которого напряжением разума рассматривает вещи, которые как объекты… являются изменяющимися» (там же, 21 л.).
Сущность метода состоит в том, что он есть способ нахождения неизвестного через известное. Это умение, способ или метод познания, хотя и вырабатывается на основе обобщения познавательных актов во всех науках, не является специальным объектом этих наук, но становится им только в логике, наряду с операциями мышления, направленными на достижение истинности наук. Изучая метод познания, говорит Прокопович, диалектика готовит орудия исследования для всех наук, ибо метод и есть тот инструмент, с помощью которого осуществляется познание каждой из них, и тем лучше, чем совершеннее приготовлен этот инструмент. Ибо «любой мастер, — пишет мыслитель, — лучше и легче выполнит свою работу, вооруженный лучшими и удобными инструментами, чем если бы он не имел никаких или имел очень грубые и несовершенные» (61, 27 об.). А диалектика, понимаемая как наука логики, именно и дает познанию усовершенствованные инструменты.
Последнее уточнение вызвано тем, что Прокопович, следуя традиции, различает диалектику природную и искусственную, или логическую науку. «Природная, — говорит он, — это та, которая непосредственно из природы переходит в разум, следующий за ней без обучения и определенного метода рассуждения, применяя ее, хотя она груба и очень сложна. Искусственная же является более совершенной, она представляет собой искусство исследования и есть собрание многих интеллектуальных навыков, касающихся метода познания… Осознав это, нужно сделать первый вывод: природная диалектика оказывается необходимой для понимания остальных наук, при этом только она настолько необходима, что без нее нельзя овладеть ни одной наукой, как в этом убеждает здравый смысл… Второе наше утверждение в связи с этим состоит в том, что только искусственная диалектика оказывается наиболее полезной для остальных наук. Она также необходима в том смысле, что хотя без нее и можно получить любые знания, но с большим трудом, а с ее помощью они приобретаются значительно легче» (61, 27 об.).
Среди всех методов, способов, приемов получения знания Прокопович особенно высоко ценит математические методы, которые в его время стали все больше проникать в естествознание. Он твердо убежден, что «для занятий философией не пригоден разум, не освещенный ярким светом геометрических знаний» (62, 2, 52 л.).