Еще до окончания обучения в академии Елисей (Елеазар) сталкивается со значительными материальными трудностями: умирает дядя — опекун, и, хотя некоторое время его поддерживает какой-то мещанин (имя которого остается неизвестным), он вынужден искать заработка для продолжения образования. Поэтому, не прослушав курса теологии, к которой он уже и тогда не имел склонности, Елисей (Елеазар) оставляет академию и отправляется в путешествие с образовательной целью, зарабатывая себе по пути на пропитание. Ему было тогда, по его собственному свидетельству, 17 лет (см. 18, 76).

Это путешествие, как утверждает Маркелл Родышевский (59), началось из Польши, где Елисей (Елеазар) в течение некоторого времени преподавал в одной из униатских коллегий поэтику и риторику. Для того чтобы получить рекомендации и иметь возможность поступить в католическое учебное заведение (в которые православных не принимали), он меняет веру, становится униатом и получает новое имя Самуил. В Польше будущий мыслитель более глубоко изучает польскую культуру, особенно труды гуманистов и реформаторов, совершенствуется в знании польского языка, на котором он впоследствии будет читать проповеди, писать письма, стихи («Польский кант», 53, 15 об. — 16).

Получив рекомендации, он пешком, со значительными остановками проходит через многие европейские государства, и в 1698 г. Самуил Церейский (возможно, это и есть подлинная его фамилия) уже значится среди студентов-философов коллегии св. Афанасия в Риме. Это был путь обычный для многих профессоров киевской академии. В этой коллегии он проводит три года (см. 145, 334), обращая основное внимание на изучение литературы, истории, философии античности, Возрождения, Нового времени. Подметившие особую одаренность Самуила Церейского иезуиты пытаются соблазнить его блестящей карьерой в Ватикане, разрешают ему пользоваться секретными фондами библиотек и слушать лекции не только в коллегии св. Афанасия, но и в Collegium Romanum. Однако будущий философ вторично уклоняется от слушания курса теологии и 28 октября 1701 г. тайком оставляет Рим.

Он снова пешком идет через Европу, подолгу останавливаясь в протестантских странах, знакомится и сближается с учеными-реформаторами и, вероятно, посещает университеты Лейпцига, Галле, Йены (см. 149, 330).

В 1702 г. будущий мыслитель достигает Почаева, где снова принимает православие. А дальше… страницы его биографии пока не раскрыты. Но в 1705 г. он уже читает курс поэтики в киевской академии, а перед этим Варлаам Ясинский, известный церковный и культурный деятель, постригает его в монахи, при этом он принимает имя и фамилию своего дяди-опекуна и отныне становится Феофаном Прокоповичем II.

В киевской академии Прокопович последовательно преподает поэтику, риторику, философию, теологию. «Науки методом новым, ясным и доступным, — пишет о нем Байер, — излагать начал, которыми все поколение к гуманизму и великодушию будил» (129, 98). Критикуя в своих лекциях схоластику, Прокопович пытается сблизить философию с естествознанием, опытом, идеологической борьбой того времени. Во многих своих сочинениях («О Флорентийском соборе», «Описание иезуитов» и др.) он выступает против унии, пропагандирует идею завершения воссоединения с братской Россией. Он разъясняет необходимость просвещения для всех слоев населения, в том числе и для крестьян, высмеивает веру в мощи, чудеса, обличает духовенство как носителя суеверий, невежества, обскурантизма. «А как он в том учительстве утвердился, — говорится о нем в одном документе того времени, — начал киевских и малороссийских жителей, детей и возрастных людей приглашать к себе и учить своему еретичеству и многие ереси в народ всевать, и бесчисленные хулы на святую православную кефалическую церковь говорить и на обитель Печерскую и на мощи святых угодников, и на мироточивые главы и на освященную воду еретический свой яд блевать и священнический и монашеский чин хулить и ругать» (117, 1–2). Уже в первых произведениях, написанных в Киеве, Прокопович выступает в защиту ненавистного церкви «мнения», против авторитаризма и догматизма, на которых держалось средневековое теологическое мировоззрение. Он взывает к рассудку, доказательности не только в физике, математике, философии, но и при изучении библейских текстов и этим ставит под сомнение авторитет церкви и соборов. С позиций гуманизма Прокопович развенчивает аскетические идеалы, показывает лицемерие проповедующих их попов и монахов, которых называет не иначе как тунеядцами, высмеивает их обжорство, пьянство, разврат, жадность, невежество. Церковники сразу же узнали себя в художественных образах Жеривола, Курояда, Пиара, созданных Прокоповичем в трагикомедии «Владимир». Их отношение к молодому профессору становится непримиримо враждебным. Для опровержения его взглядов в киевской академии и в Братском монастыре они организуют специальные дискуссии. Наиболее эрудированные теоретики ортодоксального православия Стефан Яворский, Феофилакт Лопатинский обличают его еретизм в своих полемических сочинениях (96; 97). Плохо пришлось бы Прокоповичу, если бы он к тому времени не приобрел себе могущественного покровителя в лице Петра I, который, познакомившись с ним ближе, увидел, что взгляды Феофана, особенно на науку и церковь, отвечают духу проводимых им реформ. В 1711 г. Петр берет Прокоповича с собой в Прутский поход, а затем вызывает его сначала в Москву, потом — в Петербург. Здесь Феофан Прокопович становится его ближайшим советником в делах просвещения, идейным обоснователем нововведений, надежным помощником в борьбе с боярской и церковной оппозицией. По указанию Петра, а часто и в соавторстве с ним Прокопович пишет произведения, в которых развивает теорию просвещенного абсолютизма. Он сближается с прогрессивными деятелями русской науки и культуры Я. Брюсом, В. Татищевым, А. Кантемиром, А. Волынским и др., основывает литературно-философский кружок — «ученую дружину», способствует организации научных и учебных заведений. Постепенно Прокопович вырастает в крупного государственного, культурного и церковного деятеля общерусского масштаба.

Тяжелые времена наступают для Прокоповича после смерти Петра I, когда аристократическая верхушка и церковники пытались ликвидировать реформы Петра и устранить от активного участия в общественной жизни его сподвижников. И в этих условиях Феофан Прокопович защищает петровские преобразования. Его вновь обвиняют в еретизме. В 1726 г. дело по обвинению Прокоповича в еретизме слушается в тайной канцелярии. И хотя на этот раз ему удалось «выпутаться», положение его становится настолько тяжелым, что он намеревается эмигрировать (см. 142). Прокопович явно мешал аристократической олигархии и реакционному духовенству в реализации их планов, особенно в восстановлении патриаршества. Поэтому для устранения его с политической арены «большие бороды», которые при Петре «не в авантаже обретались», снова и снова прибегают к обвинению его в еретизме. В борьбе с ними Прокопович вынужден обороняться тем же оружием. Здесь Феофан, по выражению Плеханова, показывает не только свой пушистый лисий хвост, но и весьма крепкие волчьи зубы (см. 107, 54). Он не останавливается и перед жестокостью: на обвинение в еретизме он отвечает еще более страшным обвинением в преступлении против государства, в нарушении царских указов, в антиправительственных фракциях и заговорах. Талант Прокоповича, столь плодотворный в сфере науки, истощался и тратился в этой борьбе, разменивался на судебные мелочи, доносы, интриги. Вместе с тем, как пишет И. Чистович, «нельзя не признать, что, только владея таким обширным, гибким и изворотливым умом, каков ум Феофана, он не только сам уцелел и сохранил свое положение во время тех постоянных смут, какие волновали государство и церковь в первой половине прошлого (XVIII. — В. Н.) века, когда гибли Меншиковы, Долгоруковы, Голицыны, Остерманы и многое множество других лиц, но и сберег дело Петра от постоянно грозившего ему уничтожения» (127, 576).

Умер Прокопович 8 сентября 1736 г. и был похоронен в Новгороде в Софийском соборе.