Возникли прежде всего трудности чисто юридического характера. С правовой точки зрения расследование, произведенное Гильомом Буйе, не значило решительно ничего. Сам Буйе был клириком, но в данном случае он действовал как представитель короля, т. е. как уполномоченный светской власти. Жанну же осудила церковь, и только церковь могла ее реабилитировать. Это было ясно. Неясно было другое: какому именно церковному органу принадлежало право отменить приговор, вынесенный епископским судом совместно с инквизицией. Система католической церкви была очень сложна, и на роль кассационной инстанции могли претендовать самые различные учреждения: трибунал реймсского архиепископства, которому была подчинена епархия Бове, Парижский университет, имевший статус высокого духовного суда, инквизитор по делам веры во Франции, общее собрание французских прелатов  и т. д. Трудность эта усугублялась тем, что пересмотр дел был вообще вещью необычной в практике церковных трибуналов. «Святая инквизиция», накопив к середине XV в. огромный опыт осуждения еретиков, почти не располагала прецедентами обратного порядка.

Юристы из окружения Карла VII, которые вели подготовительную работу по процессу реабилитации Жанны (деятельность их почти не оставила следов в документах), остановились в конце концов на самой высокой из всех возможных инстанций - на римской курии. И не только потому, что это был наиболее авторитетный орган, но и потому, что само дело Жанны д’Арк имело международный характер, и, следовательно, арбитром по этому делу должен был выступить международный церковный трибунал. В самом деле, если бы Жанну оправдал только французский суд, то цель, к которой стремился Карл VII, не была бы достигнута: англичане не преминули бы обвинить суд в пристрастии. Оправдание же, вынесенное от имени папы, выглядело совершенно иначе.

Значительно легче был решен вопрос о том, кому следует выступить в качестве истца. Французское правительство предпочло остаться в тени, просьба о пересмотре дела исходила формально от родственников осужденной.

В апреле 1452 г. после каких-то продолжительных и оставшихся нам неизвестными переговоров кардинал д'Эстутвиль, легат папы Николая V во Франции, начал официальное следствие по процессу Жанны, имея в виду его пересмотр и реабилитацию осужденной. Вместе с Великим инквизитором Франции Жаном Брегалем он допросил в Руане пятерых свидетелей - в том числе Маншона, де Ла Пьера и Ладвеню, которые уже давали показания перед метром Буйе. Процедура следствия была обычной: каждый свидетель отвечал на вопросы заранее составленного формуляра, причем редакция этих вопросов зачастую подсказывала нужный ответ. Текст вопросника до нас дошел, и, судя по нему, следователи возлагали всю ответственность за казнь Жанны только на покойного епископа Бовеского и безымянных «англичан», совершенно замалчивая роль Парижского университета и второго судьи - инквизитора. Через несколько дней на основе собранных показаний составили новый и более подробный, но проникнутый той же тенденцией вопросник, по которому передопросили пятерых старых и 11 новых свидетелей. 12 мая д'Эстутвиль осведомил Карла VII о результатах расследования, заверив короля, что он употребит все влияние, чтобы довести дело до конца: «... потому что я знаю, что оно весьма сильно затрагивает Вашу честь и положение» (Q, V, 336).

Вернувшись в Рим, кардинал-легат передал все имеющиеся у него материалы (в том числе и копии протокола обвинительного процесса) на экспертизу двум выдающимся знатокам канонического права - адвокатам папской курии Теодору де Лелиис и Паоло Понтано. Те ответили обширными богословско-юридическими трактатами, в которых «казус» Жанны д’Арк рассматривался как с процессуально-правовой точки зрения, так и по существу. Не формулируя окончательных выводов (чего от них, впрочем, и не требовалось), эксперты тщательно отметили все сомнительные моменты формально-правового характера и указали на обстоятельства, которые, по их мнению, оправдывали поведение Жанны до суда и во время процесса. Они оспорили правомочность бовеского епископа судить Жанну, поскольку она не совершила на территории его диоцеза никакого преступления; подчеркнули, что подсудимую держали в светской тюрьме и не дали ей защитника-куратора; осудили недозволенные методы следствия: угрозы, запугивание, шантаж и т. п. Как уже говорилось выше, Паоло Понтано дал уничтожающую оценку «Двенадцати статьям», заявив, что составители этого документа пренебрегли истиной и прибегли ко лжи и клевете. Он же высказал критические замечания относительно важнейших пунктов обвинения. Так, в частности, Понтано полагал, что Жанну нельзя считать преступницей за то, что она носила мужской костюм. В доказательство он приводил следующие доводы.

1. Жанна надела этот костюм по вдохновению свыше.

2. Канонические установления, запрещающие женщинам носить мужское платье, направлены на то, чтобы предотвратить распутство и непристойность; Жанна носила этот костюм, чтобы защитить свою девичью честь.

3. Она часто выражала желание переодеться в женское платье на условиях, которые она выставляла.

4. Она соглашалась, в частности, на это, чтобы присутствовать на мессе и получить причастие.

5. Возможно, она поклялась королю не снимать мужской костюм.

6. В конце концов, уступив требованию судей, она переоделась в женское платье; стало быть, она не упорствовала в своем отказе.

7. То, что она затем вновь надела мужской костюм, не может быть квалифицировано как вторичное впадение в ересь, поскольку не было налицо первоначального преступления.[25]

Инквизитор Франции доминиканец Жан Брегаль запросил в свою очередь мнение авторитетных французских теологов и канонистов. Те с готовностью откликнулись. В короткое время вокруг «дела» Жанны д’Арк возникла целая богословско-юридическая литература: известен добрый десяток трактатов и мемуаров, авторы которых с энтузиазмом высказывались за оправдание Жанны. Некоторые из этих сочинений содержали обстоятельный анализ материалов обвинительного процесса; авторы других, не утруждая себя излишней аргументацией, доказывали невиновность Жанны с помощью простейшего силлогизма. Он сводился к следующему: французская монархия по самой своей природе неспособна доверять или покровительствовать еретикам; Жанна служила этой монархии; отсюда с необходимостью следует, что обвинение в ереси, выдвинутое против Жанны, ложно.

Церковный хор, провозгласивший некогда анафему живой Жанне, был готов ныне провозгласить ей, мертвой, аллилуйю. В этом хоре особенно выделялись голоса тех, кто прежде верой и правдой служил англичанам, а теперь лез из кожи вон, чтобы заслужить милость нынешнего монарха.

Дело, однако, вновь застопорилось-и по причинам чисто политическим. Главной из них было ухудшение отношений между Римом и Францией, вызванное настойчивым желанием папы Николая V добиться отмены или смягчения Буржской прагматической санкции 1438 г., которая ограничивала права римской курии на территории французского королевства. Но все усилия папы ни к чему не привели, а поэтому он до конца своих дней оставался глух к просьбам дать реабилитации Жанны дальнейший ход.

Весной 1455 г. Николай V умер. Его преемником стал Каликст III (испанец Альфонсо Борджиа). Он был избран благодаря поддержке французских кардиналов и не остался перед ними в долгу. Выборы нового папы состоялись 8 апреля 1455 г., а уже 11 июня Каликст III подписал рескрипт, назначавший архиепископа Реймсского и епископов Парижского и Кутанского апостолическими комиссарами по проверке и пересмотру дела Жанны с правом вынесения окончательного приговора.

Реабилитационный трибунал приступил к работе 7 ноября, собравшись на первое заседание в Соборе Парижской богоматери. Перед прелатами предстала мать Жанны-Изабелла Роме, которая последние годы жила в Орлеане на пенсию от муниципалитета. Ее сопровождали сыновья Жан и Пьер, адвокат семьи и несколько именитых граждан Орлеана. «С великими стенаниями и вздохами» (так сказано в протоколе) просила Изабелла высокий суд очистить память ее покойной дочери от пятна бесчестия. Суд внял этой просьбе.