Против Карреры выступило и трудящееся население Мехико. Противники узурпатора напали на его дворец, сожгли кареты бежавшего диктатора, а останки его ноги изъяли из кафедрального собора и выбросили на помойную яму. Походя были разгромлены редакции консервативных газет. Каррера бросил армейские части на подавление беспорядков. Но армия уже ему не повиновалась, и он бежал из столицы вслед за своим покровителем Санта-Анной.

По мере приближения Альвареса к Мехико на его сторону переходили все новые и новые провинции. В начале октября в городе Куэрнаваке, на подступах к столице, Альварес по совету Хуареса созвал хунту представителей всех штатов, поручив ей избрать временного президента. Большинство членов хунты принадлежало к левым либералам. Ее председателем был назначен старый либеральный каудильо Валентин Гомес Фариас, а секретарем — Хуарес, он же представлял в хунте свой родной штат Оахака. В хунту вошел также возвратившийся из США Мельчор Окампо и другие активные борцы против режима Санта-Анны. Хунта единогласно избрала временным президентом республики генерала Хуана Альвареса, который образовал правительство из четырех человек в составе: Мельчора Окампо — министра внутренних и иностранных дел, Игнасио Комонфорта — военного министра, Гильермо Прието — министра финансов, и Бенито Хуареса — министра юстиции, церковных дел и народного образования. Впервые в Мексике главой государства и министром кабинета стали индейцы.

Новое правительство созвало учредительное собрание. Избирательный закон, автором которого был Хуарес, впервые в истории республики лишал духовенство избирательных прав и представительства в выборных органах. «Печальный опыт убедил нас, — писал по этому поводу Хуарес в своих воспоминаниях, — что духовенство из-за невежества или из хитрости считало себя в конгрессах представляющим только свой собственный класс и противилось принятию любых мероприятий, направленных на искоренение несправедливостей и благоприятствующих рядовым мексиканцам. В этих условиях интересы общественного блага требовали лишить духовенство избирательных прав».

Хуарес пошел еще дальше. Он подготовил закон о судопроизводстве, носящий его имя, лишавший духовенство и офицерский корпус «фуэрос» — особых прав и привилегий, которыми они пользовались с колониальных времен. Закон упразднял специальные церковные и военные суды и обязывал духовенство и офицеров платить государственные налоги наравне со всеми гражданами. При поддержке Альвареса этот закон был одобрен правительством. 25 ноября 1855 года, пять дней спустя после своего вступления в Мехико, новое правительство устроило чистку офицерского корпуса, уволив из него 800 генералов и офицеров, наиболее отъявленных реакционеров, которые были отданы под надзор полиции. В противовес прежней преторианской армии правительство приступило к формированию Национальной гвардии из плебейских элементов во главе с деятелями левого крыла либеральной партии.

Крупная буржуазия, помещики, церковники и реакционное офицерство, не располагая силами для открытого выступления против правительства, делали ставку на его наименее стойкого члена — Игнасио Комонфорта, придерживавшегося умеренных взглядов и выступавшего против реформистских устремлений Хуареса и других левых либералов. Реакция, в совершенстве владевшая искусством пленения колеблющихся, нестойких, тщеславных, падких на лесть и деньги элементов, стала обхаживать и превозносить до небес Комонфорта, толкая его на смещение Альвареса под предлогом, что именно он, Комонфорт, а не Альварес, неотесанный и безграмотный индеец, является подлинным лидером движения, свергнувшего Санта-Анну. Одновременно они направили свой огонь и против другого индейца — Хуареса. Церковная иерархия объявила его еретиком и пригрозила предать анафеме всех, кто подчинится закону, носившему его имя.

Маневры реакции имели успех. Комонфорт поддался влиянию врагов правительства и стал оказывать все большее сопротивление осуществлению прогрессивной программы левых либералов. Правительство было вынуждено уйти в отставку. Альварес отставки министров не принял. Однако вспыльчивый Окампо отказался вернуться в правительство, в котором остались Комонфорт, Прието и Хуарес. «Меня, — вспоминал впоследствии Хуарес, — заставила остаться на своем посту надежда, что, пребывая в правительстве, я буду иметь возможность осуществить одну из многих реформ, способствующих улучшению условий общества, оправдав таким образом жертвы, которые принес народ, свергнув угнетавшую его тиранию». Хуарес стремился, как он писал, к осуществлению реформ во всех областях общественной жизни, справедливо считая, что свержение Санта-Анны и приход к власти правительства Альвареса, не связанного какими-либо обязательствами с эксплуататорскими классами, создавали предпосылки для реализации «социальной революции».

Хуарес и его единомышленники мыслили эту «социальную революцию» как серию реформ, ограничивающих права духовенства, военной касты, латифундистов, предоставляющих демократические права мексиканскому народу, способствующих развитию просвещения и культуры. Такие реформы главным образом благоприятствовали буржуазии, ибо, порывая с феодальными пережитками, они открывали путь для капиталистического развития страны. Однако Хуарес вряд ли отдавал себе в этом отчет. Он считал, что действует в интересах всего мексиканского народа, в первую очередь его неимущих классов. В его выступлениях мы ни разу не встретим слово «буржуазия» или «капиталистический путь развития». Если бы он оперировал тогда такими терминами, то, возможно, имущие классы, в частности крупная буржуазия, не относилась бы к нему с таким недоверием и даже ненавистью, считая его чуть ли не разрушителем социального порядка, основанного на классовом угнетении. Ему оказывали поддержку только наиболее просвещенная и патриотическая часть национальной буржуазии и народные массы, к солидарности которых он всегда обращался.

Надежды Хуареса на то, что, оставаясь в правительстве, он сможет продолжить свою реформаторскую деятельность, не оправдались. Враждебные правительству силы продолжали открыто выступать против него. Им удалось привлечь на свою сторону видных местных каудильо, боровшихся ранее против Санта-Анны, но вовсе не желавших лишаться своих привилегий в результате новых государственных преобразований. Среди левых либералов также нашлись предатели. Один из них, губернатор штата Гуанхуато Мануэль Добладо, выходец из народных низов, адвокат, выступавший против американских интервентов, теперь переметнулся на сторону реакции и в начале декабря поднял восстание в защиту «религии и фуэрос», требуя отставки Альвареса. Последний, чувствуя себя изолированным в столице, где бойцы его армии, родом из тропических областей, с трудом переносили высокогорный климат, утомленный интригами противников правительства, не проявил должной стойкости, подал в отставку и передал власть Комонфорту. Составив правительство из либералов правого крыла, Комонфорт объявил, что будет продолжать политику умеренных реформ.

Новый президент, не желая обострять отношения с левыми либералами, назначил Хуареса губернатором Оахаки. Хуарес принял назначение, надеясь превратить родной штат в опору прогрессивных сил страны. Революции в Мексике, как правило, начинались в штатах, а в Оахаке у власти все еще оставались агенты Санта-Анны, в их числе Максимо Ортис, некогда покушавшийся на дона Бенито. К тому же Хуарес вот уже три года как не виделся с семьей. Маргарита с детьми все еще находилась в Эгле, ведя очень скромную жизнь и стараясь никому не бросаться в глаза. Ведь все эти годы политические страсти были накалены и близкие Хуареса могли в любой момент оказаться жертвами распоясавшихся реакционеров.

В декабре 1855 года Хуарес в сопровождении небольшого отряда вооруженных сторонников перешел границу штата Оахаки. Весть об этом вызвала всеобщее ликование среди местного населения. В мгновение ока санта-аннисты были сметены со своих постов, бежали, попрятались или были убиты, как, например, тот же Максимо Ортис. Из Эгли, где он встретился с женой и детьми, Хуарес направился в город Оахаку, куда прибыл 10 января 1856 года, в тот же день приступив к выполнению обязанностей губернатора.