Задача стояла перед ним не из легких, но теперь он ясно себе представлял, какие вопросы предстоит решить в первую очередь. В штате Оахака, как, впрочем, и других провинциях Мексики, постоянно дислоцировались армейские части местного военного округа, командующий которыми подчинялся не губернатору, а непосредственно президенту республики. По приказу из столицы командующий этими войсками мог в любой момент направить их против местных властей, снять губернатора, разогнать провинциальную палату представителей. Эти армейские части состояли из солдат-наемников, недисциплинированных, всегда охочих к грабежу, к мародерству и, как правило, послушно выполнявших волю своих командиров. «Губернаторы, хотя и считались главами свободных, суверенных и независимых штатов, — отмечал Хуарес, — в действительности таковыми являлись только в теории. На практике они были пленниками местных командующих. Эта пагубная система государственного устройства, установленная в республике конституцией 1824 года, была одной из причин военных мятежей, которые столь часто вспыхивали после завоевания независимости».

Чтобы нейтрализовать эту враждебную силу, Хуарес приступил к организации Национальной гвардии, бойцы которой рекрутировались среди бедняцких слоев населения, ремесленников, крестьян — сторонников левых либералов. Оружием и амуницией их снабжал местный арсенал. В Институте наук и искусств Хуарес открыл специальные офицерские курсы для командного состава Национальной гвардии. На них учились студенты права и адвокаты, сторонники левых либералов, многие из которых впоследствии дослужились до генеральского чина. Запомним фамилию — Порфирио Диас. Метис, родом из микстекского племени, сын мелкого торговца, осиротевший в 12-летнем возрасте, Порфирио, как и Хуарес, вначале учился в духовной семинарии, а затем закончил юридический факультет Института наук и искусств. Участник войны против американских интервентов и сражений против Санта-Анны, в которых он заслужил чин лейтенанта, Диас по совету Хуареса закончил офицерские курсы, был произведен в капитаны и стал одним из командиров Национальной гвардии. Решительный, храбрый, хитрый, Диас, как и его брат Феликс, также вступивший в Национальную гвардию, стал одним из надежных сотрудников дона Бенито, которому тог полностью доверял.

Укрепив Национальную гвардию, Хуарес потребовал от Комонфорта ликвидировать военный округ в Оахаке и распустить или отозвать за пределы штата входившие в него военные части. Комонфорт не решился на столь радикальный шаг. Вместо этого он снял командующего округом, назначив Хуареса на его место. Теперь вся власть в штате была сосредоточена в руках Хуареса. Оахака становилась, таким образом, мощным оплотом левых либералов. Хуарес основал здесь газету «Бич тиранов». Ее читали либералы всей страны.

«Чистые», используя демократические свободы, восстановленные после свержения диктатуры Санта-Анны, укрепляли свои позиции и в других штатах. Реакция между тем не складывала оружия. Она толкала Комонфорта на разрыв с левыми, надеясь превратить его во второго Санта-Анну. Комонфорт проявлял нерешительность. Он и рад был бы повернуть вправо, но опасался, что это приведет его к такому же печальному концу, как и Санта-Анну. К тому же он, как и все предыдущие Президенты Мексики, остро нуждался в деньгах, а единственным источником, который мог ему предоставить средства, являлась все та же церковь — оплот реакции.

Считая Комонфорта неспособным на решительные действия, реакционеры, лидируемые церковниками и офицерами санта-аннистами, энергично готовились к его свержению. Они создали ряд тайных организаций (Центральная консервативная директория в Мехико, Священный союз в Пуэбле), монастыри превратили в склады оружия. В начале 1856 года они подняли в Пуэбле мятеж, подавленный Комонфортом. Хуарес настаивал на строгом наказании мятежников. «Не забывайте, — говорил он тем, кто просил снисхождения к ним, — что, когда вы милуете одного из этих людей, для которых политика — это не что иное, как анархия и военный мятеж, вы тем самым осуждаете на смерть многие сотни ни в чем не повинных людей».

Решительные действия правительства встретили широкую поддержку в стране, что побудило его принять ряд мер, ограничивающих финансовое могущество церкви. В мае 1856 года Комонфорт утвердил выработанный его министром финансов Мигелем Лердо де Техадой закон, согласно которому церковное имущество (поместья и городская недвижимость), за исключением зданий, используемых в чисто религиозных целях, переходило в собственность лиц, арендующих их, если они в трехмесячный срок заявляли о своем желании приобрести его. В таком случае арендатор должен был уплатить стоимость имущества ежегодными шестипроцентными взносами. Имущество церкви, не сданное в аренду, духовенство обязано было продать в трехмесячный срок любому лицу, в противном случае оно поступало в продажу с аукциона. Вырученные деньги передавались церкви после отчисления в государственную казну соответствующего налога.

Закон рекомендовал использовать полученные от продажи церковного имущества средства для финансирования сельскохозяйственных, промышленных и других предприятий.

Одновременно согласно закону Лердо подлежали продаже и общинные земли индейцев. Владевшие наделами общинной земли индейцы приравнивались к арендаторам церковного имущества и должны были выкупать их на общих основаниях.

Закон Лердо преследовал цель создания класса мелких собственников, но выгоден он был только крупной буржуазии и латифундистам, в распоряжении которых имелись средства для покупки церковных имений и общинных земель индейцев. В течение 1856 года, несмотря на сопротивление духовенства, угрожавшего отлучением каждому, кто воспользуется законом Лердо, было выручено от продажи в основном церковного имущества 23 миллиона песо и появилось девять тысяч новых собственников. Осуществление закона Лердо, таким образом, способствовало капиталистическому развитию Мексики и знаменовало один из этапов буржуазной революции, начавшейся со свержения диктатуры Санта-Анны.

Церковники и связанные с ними реакционеры ответили на закон Лердо новыми заговорами и мятежами. В сентябре 1856 года власти обнаружили тайный склад оружия в крупнейшем столичном монастыре святого Франсиска. Комонфорт приказал сровнять монастырь с землей. Но заговорщики не унимались. Их душой был священник Франсиско Миранда, правая рука епископа Пуэблы и исповедник матери Комонфорта, к советам которой президент прислушивался. В августе реакционеры вновь подняли восстание в Пуэбле. Им удалось привлечь на свою сторону индейского вожака Томаса Мехию и самого молодого генерала мексиканской армии 25-летнего Мигеля Мирамона, которого прельщали лавры Санта-Анны. Мятеж охватил ряд штатов, но был подавлен правительством. Хотя Комонфорт выслал в Европу одного из вдохновителей мятежа, епископа Пелагио Антонио Лабаститида-и-Давалоса, и велел продать церковное имущество в Пуэбле для возмещения ущерба, причиненного мятежниками; другие их вожаки, в том числе Миранда, Мехия и Мирамон, были вскоре помилованы президентом.

Выли подавлены также индейские восстания, вызванные отчуждением общинных земель. Только в Оахаке закон Лердо осуществлялся под наблюдением Хуареса, без понесения ущерба индейским общинам, что же касается церковного имущества, то Хуарес стремился, чтобы оно перешло в собственность властей штата.

Еще до того, как был издан закон Лердо, в Мехико собралось учредительное собрание, в котором перевес одержали левые либералы. Противники теперь называли их якобинцами, отпрысками Робеспьера и Марата, хотя левые в лучшем случае являлись радикальными буржуазными реформаторами и вовсе не стремились к коренной ломке существовавшего в Мексике общественного строя.

Одним из первых актов учредительного собрания было одобрение закона Хуареса подавляющим большинством голосов. Против голосовал только один депутат. Хотя Хуарес не являлся членом учредительного собрания и в его работе непосредственного участия не принимал, его идеи и взгляды, несомненно, оказывали большое влияние на деятельность депутатов. «Мы должны идти вперед и не отступать перед шантажом реакционеров, угрожающих нам мятежами, — говорил выступавший в учредительном собрании депутат Игнасио Рамирес. — Будем следовать примеру бесстрашного Хуареса, который говорит нам сегодня из Оахаки: «Осуществляйте реформы, следуйте по пути прогресса!»