Хуарес, Окампо, Прието и другие руководители левых оказались в руках пьяной солдатни. Мятежники пытались расстрелять Хуареса, но Прието прикрыл его собой и страстной речью уговорил солдат сохранить арестованным жизнь. Как всегда в моменты опасности, так и на этот раз Хуарес проявил полную невозмутимость, спокойствие и хладнокровие. Мятежники, против которых охрана Хуареса открыла огонь, потребовали от него приказать конституционалистам сдаться, обещая взамен сохранить ему жизнь. Хуарес решительно отказался выполнить их требование, более того, он убеждал мятежников сложить оружие и подчиниться законному правительству. Три дня продолжались бои в Гуадалахаре. Наконец сторонникам Хуареса удалось освободить его. Этот эпизод со свойственной ему лаконичностью Хуарес так записал в своем дневнике: «13-го восстала охрана дворца и по приказу Лайды, возглавлявшего мятеж, меня арестовала. 15-го я был освобожден».

В тот же день, 15 марта, президент, его министры в сопровождении отряда в 100 человек покинули Гуадалахару, преследуемые все тем же подполковником Ландой.

По дороге беглецы остановились переночевать в селении Атаклан. Здесь их настиг и окружил подполковник Ланда. Казалось, смерть снова пришла за Хуаресом и его друзьями. Хуарес предложил своим министрам оставить его и попытаться по одному бежать. Сам же он, как и полагается главнокомандующему, останется с верными ему бойцами сражаться до последнего патрона. Министры Хуареса не пожелали покинуть его. Было решено всем вместе пробиваться сквозь окружение, что им удалось сделать следующей ночью.

Теперь уже это было не отступлением, а настоящим бегством. И тем не менее Хуарес и его друзья не падали духом. На всем пути простые люди — крестьяне, индейцы, горожане — встречали их хлебом-солью, преподносили цветы, оказывали всякого рода помощь. «Народ нас поддерживает, — говорил Хуарес своим спутникам, — а это главное. Наши враги могут нанести нам тысячу поражений, но одолеть пробудившийся к борьбе народ они все равно не смогут. Если мы проявим упорство и будем продолжать нашу политику реформ, победа будет за нами».

В Колиме, где власть удерживали левые либералы, Хуарес и его спутники смогли, наконец, передохнуть, привести себя в порядок и вновь наладить связь со своими единомышленниками в других штатах. Сведения, поступавшие в Колиму, были неутешительны. Генерал Парроди попал в окружение в Гуадалахаре и сдался противнику. В распоряжении конституционного правительства осталось всего 350 солдат и две пушки. На севере Мексики войну с войсками Сулоаги можно было продолжить только партизанскими методами. Учитывая создавшуюся обстановку, Хуарес и его друзья решили перебраться в Веракрус, где имелись хорошо вооруженные отряды Национальной гвардии и большой арсенал в крепости Сан-Хуан-де-Улуа. С суши Веракрус был защищен окружавшими его малярийными топями. Немаловажным соображением было и то, что для закупки оружия можно было воспользоваться доходами местной таможни.

Назначив на пост военного министра и главнокомандующего Сантоса Дегольядо, адвоката-самоучку, сына священника, стойкого левого, пользовавшегося большим влиянием в штате Мичоакан, где он являлся ректором университета, и поручив ему возглавить партизанские действия на севере страны, Хуарес со своим кабинетом покинул Колиму. В тихоокеанском порту Мансанильо 11 апреля беглецы сели на американский пароход «Джон Д. Стефенс», направлявшийся в Панаму. Там они пересекли железной дорогой перешеек и в Колоне, на атлантическом побережье, пересели на другой пароход, который с остановкой в Гаване доставил их в уже знакомый Хуаресу Новый Орлеан. Тут они совершили еще одну пересадку — на пароход «Теннесси», на борту которого 4 мая 1858 года прибыли в Веракрус, где местные власти приветствовали Хуареса 21 орудийным залпом. Наконец законный президент Мексики и его законное правительство обрели себе надежное убежище. Вскоре к ним присоединился Мигель Лердо де Техада, назначенный на пост министра финансов.

Веракрус считался не только морскими воротами Мексики, но и «легкими» любого правительства. Дело в том, что доходы таможни Веракруса составляли чуть ли не половину всех поступлений в государственную казну. Правительство, лишенное этого спасительного «легкого», было осуждено на скоротечную жизнь, и наоборот: тот, кто «дышал» через Веракрус, мог рассчитывать на длительное существование.

Жители Веракруса, тесно связанные с заморской торговлей, не терпели попов и продажных генералов. Здесь Хуарес находился в безопасности и его правительство могло приступить к исполнению своих обязанностей. В первую очередь следовало укрепить оборону города, усилить Национальную гвардию, наладить связь с провинциями, сплотить воедино всех недовольных режимом Сулоаги — местных каудильо, разночинную интеллигенцию, крестьян, ремесленников, буржуазию, использовавшую закон Лердо для приобретения церковного имущества. Нужно было также приложить немало усилий, чтобы заручиться если не признанием, то по крайней мере нейтралитетом иностранных держав, в особенности Англии, через негоциантов которой можно было получить столь необходимое конституционалистам оружие. Главное же, предстояло углубить революцию путем продолжения осуществления политики реформ.

— Раз наш противник навязал нам гражданскую войну, — говорил Хуарес своим министрам, — то пусть это будет две войны в одной: война в защиту конституционного правительства и война в защиту реформ. Если мы ограничимся только свержением Сулоаги, а потом приступим к осуществлению реформ, то наши враги вновь разожгут гражданскую войну. Нам следует лишить их такой возможности. Эта война должна быть революционной войной, а не борьбой двух соперничающих группировок за власть.

В Веракрусе Хуареса волновали не только государственные дела. С ноября прошлого года, после того как он оставил Оахаку, ему ничего не было известно о судьбе его семьи. Что с Маргаритой и детьми, где они, не случилось ли с ними какого-либо несчастья? На этот вопрос никто не мог ответить толком, ибо связь с Оахакой была прервана. Оснований же для беспокойства было более чем достаточно. Хотя левые либералы продолжали удерживать власть в его родном штате, банды сторонников Сулоаги нападали на селения, врывались в города, убивали и грабили мирных жителей, не щадя ни женщин, ни детей. К счастью, в конце мая из Оахаки пришло короткое сообщение от ученика Хуареса — Хусто Бенитеса, извещавшего дона Бенито, что его семья жива и здорова и что донья Маргарита, узнав о прибытии Хуареса в Веракрус, намеревается с детьми выехать туда.

Оахака расположена от Веракруса на расстоянии 400 километров пути. Преодолеть его в условиях бушевавшей в стране гражданской воины донье Маргарите с 8 детьми, старшей из которых, Мануэле, было 14 лет и самому маленькому, Вено, не исполнилось и года, было весьма рискованно. Путешествие предстояло совершить на мулах, обходя города, по глухим проселочным дорогам. Но донья Маргарита успешно справилась со всеми трудностями. Ей было свойственно такое же мужество и выдержка, которыми отличался и ее «обожаемый Хуарес», как она называла своего мужа. В конце июля донья Маргарита с детьми благополучно прибыла в Веракрус. Теперь, когда вся семья Хуареса была в сборе, глава ее мог всецело посвятить себя государственной деятельности.

Остаток 1858 года прошел в стычках и боях с войсками Сулоаги по всей территории республики. Консерваторы удерживали в своих руках крупные города, но для этого им нужно было содержать там крупные гарнизоны.

В сражениях консерваторы, как правило, одерживали победы. Партизанские части конституционалистов, плохо вооруженные и недисциплинированные, не могли выстоять перед натиском хорошо оснащенных оружием и вымуштрованных солдат противника, которыми командовали профессиональные военные. Осольо вскоре умер. Но противник не ощущал недостатка в опытных военачальниках. На его стороне сражались генералы Мирамон, Томас Мехия, Леонардо Маркес и другие.

Неудачи не обескураживали сторонников Хуареса. Население, в особенности в сельских местностях, их поддерживало. Постепенно и из среды партизан выдвинулись смелые и талантливые командиры — уже знакомый нам Порфирио Диас, адвокат Леандро Валье, поэт и бывший семинарист Игнасио Сарагоса, журналист Хесус Гонсалес Ортега, вокруг которых образовались сильные партизанские отряды. Несмотря на все свое материальное превосходство, войска консерваторов были не в состоянии с ними справиться.