На Соборе присутствовали в основном сторонники Иосифа Волоцкого, и предложение Нила Сорского было отвергнуто. Великий князь, хотя и заинтересованный в уничтожении монастырского землевладения, был вынужден согласиться с решением большинства. В окончательном решении Собора по этому вопросу говорилось: «Стяжатели церковные — Божии суть стяжатели».
Однако столкновение на Соборе стало лишь началом борьбы. Между иосифлянами и нестяжателями завязалась оживленная полемика, и те и другие писали обличительные сочинения и послания, которые распространялись во множестве списков.
Хотя в вопросе о монастырском землевладении великий князь был на стороне нестяжателей, Иосиф Волоцкий сумел сохранить его благосклонность. В своих сочинениях он начинает активно выступать с теорией божественного происхождения великокняжеской власти и в конце концов становится одним из создателей государственной идеологии, иосифляне приобретают большое влияние в государстве.
Кроме вопроса о монастырском землевладении иосифляне и нестяжатели разошлись и по вопросу о еретиках. В конце XV века широкое распространение получает ересь, зародившаяся в Новгороде, а затем проникшая в Москву. Новгородские еретики выступали против церковной иерархии и некоторых обрядов, отрицали святость икон, подвергли критике догмат о троичности божества. В Москве новгородская ересь приобрела более светский характер, включив в себя и гуманистические идеи, в частности мысль о свободе воли — «самовластии души», достигаемой путем просвещения ума. Среди приверженцев ереси оказалось много образованных людей, видных церковных и государственных деятелей. Поскольку новгородско-московские еретики поддерживали идею великокняжеской власти, они пользовались сочувствием Ивана III.
Ортодоксальная церковь решительно выступила против любой критики основных догматов православия. В 1490 году на церковном Соборе новгородско-московская ересь была осуждена, однако ее сторонники не были подвергнуты каким-либо репрессиям. Но некоторое время спустя воинствующие церковники, в том числе Иосиф Волоцкий, потребовали не просто осуждения, а физического уничтожения еретиков, даже тех, кто уже отошел от ереси. Нестяжатели, также отрицательно относившиеся к еретическим взглядам, выступили с призывом к милостивому отношению к заблуждающимся. В 1504 году был созван новый церковный Собор, решением которого многие еретики были сожжены. Жестокая расправа вызвала возмущение нестяжателей. Иосиф Волоцкий в ответ на их возмущение пишет «Слово об осуждении еретиков», где оправдывает свою позицию ссылками на Священное Писание, а кроме того, высказывает мысль, что попустительство вольнодумству, к которому призывают нестяжатели, подрывает государственную власть.
Таким образом, иосифляне снова одержали верх над нестяжателями.
Нил Сорский скончался в 1508 году, Иосиф Волоцкий — в 1515-м. Но противостояние между их сторонниками продолжалось еще не один десяток лет и во времена Ивана Федорова было по-прежнему актуальным.
Спор иосифлян и нестяжателей коснулся и вопроса о книгах. Нестяжатели были сторонниками книгопечатания, они критиковали рукописный способ создания книг, считали многочисленные ошибки, допущенные переписчиками, одним из видов «нестроения» современной церковной и светской жизни. Иосифляне же относились к книгопечатанию настороженно, опасаясь широкого распространения книги в народе, утверждая: «Грех простым чести Апостол и Евангелие!»
Первой книгой, вышедшей из Анонимной типографии, стало Евангелие, возможно, выбор именно этой книги для печати был своего рода полемическим ходом. «Нестяжатели проповедовали евангельские идеи, противопоставляя их ветхозаветным устремлениям иосифлян», — пишет по этому поводу E. JI. Немировский.
Таким образом, противостояние иосифлян и нестяжателей непосредственно затрагивало деятельность Ивана Федорова и его сподвижников. Вопрос о еретиках также должен был сильно занимать первопечатников, поскольку возникновение ересей многие считали одним из последствий «неисправности» книг.
В 1553 году был осужден еретик Матвей Башкин. Этот процесс особенно близко коснулся Ивана Федорова. Скорее всего, Матвей Башкин и Иван Федоров были знакомы, Матвей Башкин, «сын боярский», был прихожанином Благовещенского собора, то есть должен был жить по соседству с первопечатником.
Однажды в Великий пост Матвей Башкин явился в Благовещенский собор к попу Семену, служившему под началом Сильвестра, и «с великим молением» стал просить, чтобы тот исповедовал его. Молодого боярского сына мучили сомнения по поводу несоответствия реальной жизни евангельским заповедям. В частности, его беспокоил вопрос об отношении господ к холопам, «как нам самим житии и людей у себя держать нетомительно». «В “Апостоле” сказано, — говорил Башкин, — “возлюби ближнего как самого себя”, а мы у себя христиан рабами держим. Христос называл всех братьями, а мы закабаляем ближних своих». Башкин рассказал Семену, что сам он отпустил на волю своих холопов: «а я, де, благодарю Бога моего, у меня, де, что было кабал и полных, то, де, есми все изодрал, да держу, де, государь, своих добровольно; добро, де, ему, и он живет, а не добро, и он куды хочет».
Вероятно, поведав на исповеди о своих сомнениях, он получил какой-то совет, облегчивший его душу. Прощаясь с Семеном, Матвей Башкин сказал: «Великое ваше дело, сказано ведь в Писании: нет больше любви, как положить душу за други своя, и вы души свои за нас полагаете и бдите о душах наших». Но беспокойный разум и деятельное нравственное чувство порождали все новые и новые вопросы. Матвей Башкин еще не раз беседовал с попом Семеном, то приезжая к нему «на подворье», то приглашая к себе домой. Читая и перечитывая духовные книги, Матвей Башкин задавался все новыми и новыми вопросами. Растерявшийся поп Семен не находил ответа. «Пришел на меня сын духовний необычен <…> и многие вопросы мне простирает, все ж недоуменны, — простодушно рассказывает Семен в своей «жалобнице», — у меня де поучения требует, а иное и меня сам поучает; и яз тому удивился и недоумеюся и вельми усумнехся в сем». Матвей Башкин принес Семену «Апостол» с многочисленными пометками, сделанными воском — «на треть извощенный», и стал задавать вопросы по тексту — «А сам толкует, толкует, только не по существу, превратно».
Поняв, что Семен не может разрешить его сомнения, Башкин попросил его передать свои вопросы Сильвестру. Сильвестр уже слышал о Башкине и его сомнениях, которые официальная церковь не могла воспринять иначе как ересь. «Каков тот сын духовный будет, — сказал Сильвестр, — слово про него недоброе носится». Скоро «недоброе слово» дошло до самого царя, кто-то услужливо доставил Ивану Грозному «Апостол» с пометками Башкина. Башкин был арестован и посажен в царскую «подклеть». В заточении он сначала «стал бесноваться», а затем признал «злую свою ересь» и сообщил, что перенял ее у «латынников» — литвина Матюшки аптекаря и некоего Андрюшки Хотеева. Вскоре по царскому повелению был созван церковный Собор для изобличения ереси Матвея Башкина.
Основные положения этой ереси очень четко изложил сам Иван Грозный в письме Максиму Греку: «Единочадного Сына Божия раболепна, а неравна отцу поведают; <…> святое тело Господа нашего Иисуса Христа и честную Его кровь ни во что же полагают, но токмо прост хлеб и просто вино сиа вменяют; тако же и церковь отрицают, глаголющее, яко верных собор сий есть, токмо церковь, а сиа зданаа (то есть постройка. — Т. М.) ничто же есть; та же и божественныа плоти Христовы воображение, и пречистыя его Богоматери, и всех святых его воображения, идолы окаянные наричют; та же и покаяние ни во что же полагают, глаголющее: как престанет грех творити, аще у священника и не покаялся, то несть ему греха; отеческая предания и их житиа баснословие вменяют, и на седьмь вселенских соборов гордость возлагают, глаголющее, яко все себя для писали, чтоб им всем владети, и царским, и святительским, а спроста рещи: вси божественные писания баснословием наричут, Апостол же и Евангелие неистинно излагают».