После взятия партизанами И.В. Громова-Мамонова г. Камня в нём тут же начала действовать партизанская ЧК во главе с местным уроженцем Болкуновым. Его помощником был представитель партизанского корпуса Н.С. Суханов, а секретарём ЧК — видный Каменский партизан М.В. Боев. Примерно дней через десять эта ЧК была расформирована, а Суханов назначен помощником начальника каменской уездной милиции. В Бийске в середине декабря 1919 г. была создана следственная комиссия из партизан во главе с Ф. Чередниченко, который месяц спустя вступил в должность начальника штаба бийской уездной милиции[44].

Таким образом, сначала партизаны образовывали свою временную ЧК, из них же формировался аппарат милиции, активно занимавшийся борьбой с «контрреволюцией», а ещё через несколько недель усилиями Сибчека и губернских властей организовывалась уездная чека. Расправы с деятелями колчаковского режима, учинённые партизанскими чека, обычно находили положительный отклик у приходивших им на смену «официальных» ЧК. В последних процент бывших партизан был весьма заметен.

В условиях Сибири де-факто действовали и своего рода подпольные партизанские чека, причём даже много месяцев спустя после восстановления коммунистической власти. Ярким примером может служить деятельность бывшего лидера повстанческой армии Мариинского, Кузнецкого и Щегловского уездов Томской губернии В.П. Шевелева-Лубкова, ставшего зампредседателя Щегловского совета. Имевший в уезде огромный авторитет и фактическую военную власть, он лично и письменно давал указания, кого из «спецов» или «контрреволюционеров» нужно, по шевелевской лексике, «смарать».

В результате карательных инициатив Шевелева-Лубкова в 1920–1921 гг. возник целый ряд дел об убийствах крестьян и священников. Партизаны, попадая за убийства под суд, апеллировали к Шевелеву-Лубкову, и тот их освобождал, «авторитетно» ходатайствуя и беря на поруки. Освобождённые партизаны снова брались за старое. Как отмечали щегловские чекисты, такое поведение партизанского главаря «детализирует красный террор или, точнее, бандитизм». Осенью 1921 г. Шевелев-Лубков со своими партизанами путём физического «выколачивания» сведений создал «дутую Литовскую организацию», самочинно арестовав людей по обвинению в контрреволюционной деятельности. В этой грязной истории фигурировали и взятки, и пьянство[45].

Поскольку на очищенной от Колчака колоссальной территории органы ЧК пришлось создавать заново, строительство местных чрезвычайных комиссий затянулось. Первым шагом в строительстве большевистского карательного аппарата стало повсеместное создание губернских и уездных следственных комиссий. В них не было профессиональных чекистов, а значит, и агентурной работы. Они организовывались ревкомами из местных работников (партизан, заслуженных партийцев-подпольщиков, войсковых командиров, милиционеров) и лишь потом заменялись официальными чекистскими аппаратами. Так, до приезда из Омска штата Алтайской губчека местный губревком создал сначала следственную комиссию из партизан, а вскоре, 26 декабря 1919 г., губбюро РКП(б) поручило начальнику барнаульской милиции, бывшему подпольщику А.П. Елькину организовать при гормилиции «кадр работников из коммунистов и сочувствующих, исполняющих обязанности Чека, работу вести в контакте с Особым Отделом». При Омском губревкоме следственная комиссия (существовавшая, однако, одновременно с Сибчека) под руководством Рязанова начала работу не позднее 10 декабря 1919 г.[46].

В Новониколаевске сразу после взятия города к арестам белогвардейцев в контакте с военными властями приступили местные подпольщики (например, нелегальный курьер ЦК РКП(б) в Сибири Д.Д. Киселёв), а в последующие дни организацию чекистской работы взял на себя один из лидеров губревкома и заведующий отделом юстиции В.Ф. Тихомиров. Он был назначен заведовать юридической комиссией губревкома для «временной работы до организации отдела ЧК». Сразу после создания губчека Тихомиров стал заведующим её юридическим отделом и помощником председателя[47].

В Нарымском крае чрезвычайная следственная комиссия была образована в начале 1920 г. Ею заведовала Е.А. Шуралина, большевичка с 1917 г., вдова офицера, характеризовавшаяся властями как энергичная партработница. Помощником Шуралиной с марта 1920 г. был 26-летний П.А. Тюменцев, присланный из Томского караульного полка. Проработав несколько недель, Шуралина уехала из Нарыма и колпашевскими коммунистами, вдогонку, была признана «нежелательным в партии элементом», поскольку «со стороны беспартийных была подозреваема в реквизиции имущества». Также Екатерине Шуралиной ставились в вину бездействие в расследовании убийства и интеллигентское происхождение.

При Минусинском ревкоме 4 февраля 1920 г. была образована уголовно-следственная комиссия во главе с Бояринцевым. Отсутствие осведомителей не мешало ей осуществлять широкие репрессии: к 21 марта 1920 г. за ней числилось 570 дел и 208 арестованных. Организация следственной комиссии в Иркутске, где после ликвидации власти Колчака существовал влиятельный эсеро-меньшевистский политический центр, имела свою специфику: по условиям соглашения с большевиками в Чрезвычайную следственную комиссию от Иркутского политцентра вошли авторитетные представители эсеров.

Если в губернских центрах следственные комиссии вскоре были заменены на губчека, то в некоторых уездах они действовали довольно долго. Следует отметить и продолжительное (февраль-июнь 1920 г.) функционирование следственной комиссии в Якутске во главе с 20-летним большевиком С.М. Аржаковым[48].

Говоря о работе по «зачистке» освобождённой территории от сторонников белых, следует учитывать большую активность и со стороны военных властей. Например, в декабре 1919 г. начальник барнаульского боевого участка Захаров выдал командиру бронепоезда Н.П. Гоманову мандат на право обысков и арестов политически неблагонадёжных лиц и преступных элементов[49]. Первой волне репрессий подлежали как политические враги, так и уголовники, но первая категория явно преобладала.

В конце 1919 г. работу сибирских чекистов трудно было назвать особенно интенсивной и эффективной. Основную контрразведывательно-карательную роль в период наступления на Колчака играли подразделения Особого отдела 5-й армии Восточного фронта, а террриториальные органы госбезопасности находились в стадии становления. Аппарат Сибчека во главе с М.Ф. Левитиным, действовавшей в качестве отдела Сибревкома, был невелик и испытывал большую нужду в работниках. 28-летний Марк Филиппович Левитин, меньшевик с 1909 г. и большевик с 1916 г., отбывавший ссылку в Нарыме, а в 1917 г. работавший членом президиума Томского исполкома Советов, получил затем немалый опыт чекистской службы, будучи председателем Самарской и Царицынской губчека. Должность главы Сибчека Левитин занимал с сентября до конца декабря 1919 г., едва успевая разворачивать карательную работу в быстро освобождавшихся от власти Колчака огромных регионах.

До сих об аппарате Сибчека, который состоял из секретно-оперативного, юридического (следственного), общего, комендантского и хозяйственного отделов, можно судить по весьма отрывочным данным. Прибывшая из Особого отдела ВЧК Восточного фронта В.П. Брауде с конца 1919 г. заведовала Юридическим отделом Сибчека (в декабре 1919 г. она участвовала в раскрытии «бело-офицерской организации» в Омске). Секретным отделом руководил бывший работник ВЧК и ВУЧК И.И. Карклин, его помощником был 21-летний опытный чекист М.Д. Берман. Одним из отделов заведовал и бывший начальник Особотдела ВЧК 5-й армии П.В. Гузаков. Членами Сибчека в декабре 1919 г. были Я.С. Гранов и Петров, секретарями Сибчека — видный подпольщик В.Ф. Тиунов, а затем бывший секретарь Петрочека И.Я. Шимановский. В Сибчека работал и младший брат её председателя К.Ф. Левитин, следователем юридического отдела был Т.Д. Пинхасик. Сибчека сначала базировалась в Челябинске, а после захвата 14 ноября 1919 г. столицы «Колчакии» переехала в Омск[50].