В Горном Алтае партизаны, добывая припасы, лошадей и оружие, повсеместно грабили и уничтожали коренное население, вырезая целые деревни, особенно в южных районах, прилегавших к границе с Монголией. Как сообщал в 1925 г. в письме Сталину местный большевик и бывший глава Кош-Агачского аймисполкома Н.М. Адаев, после изгнания Колчака партизаны продолжали терроризировать алтайцев и казахов. В сентябре 1920 г. прибывшие из Монголии 30 жителей с. Черно-Ануй были зарублены местными партизанами, присвоившими затем их земельные наделы. Жители урочища Шишихман Онгудайской волости были разогнаны и частью перебиты, а деревню заселили партизаны из Бело-Ануя, грабившие её ещё в 1919 г. Аналогичная участь постигла население д. Аюл Чемальской волости, а д. Керзюн Шебалинского аймака была в 1922 г. «совершенно вырезана». Все эти преступления остались безнаказанными. Насилия над коренным населением Горного Алтая привело к тому, что оно активно поддержало многочисленные мятежи 1920–1922 гг. По сведениям Адаева, туземное население Алтая с 1919 по 1925 г. сократилось из-за террора (преимущественно красного) и вынужденной эмиграции с 90 до 37 тыс. чел.[40].

Для Восточной Сибири и Дальнего Востока дикие партизанские расправы также были обычным явлением. Командовавший в 1920 г. Восточно-Забайкальским фронтом и 1-м Забайкальским корпусом казак Я.Н. Каратаев, воевавший с семёновцами, отличался крайней жестокостью и практиковал «красный бандитизм». Особую свирепость партизаны проявили на Сахалине. В последний день февраля 1920 г. партизанская армия Я.И. Тряпицына вошла в Николаевск-на-Амуре, после чего последовал безбрежный террор против всех слоев населения. Аналогично Тряпицын действовал и в отношении своих соратников: по словам воевавшего в его отряде А.А. Зинкевича, партизаны «расстреливались направо и налево». Белые власти официально констатировали, что с 1 марта по 2 июня 1920 г. «…представители советской власти в [Сахалинской] области расстреляли, закололи, зарезали, утопили и засекли шомполами всех офицеров… громаднейшую часть интеллигенции, много крестьян и рабочих, стариков, женщин и детей. Уничтожили всю без исключения японскую колонию с японским консулом и экспедиционным отрядом, сожгли и уничтожили дотла город Николаевск». Количество убитых русских граждан во время партизанского разгрома Николаевска-на-Амуре превысило 6.000 чел., японцев — 700 чел. Посланники революционного штаба Хабаровска расстреляли Тряпицына и его соратников за бандитизм после короткого суда 9 июля 1920 г.[41].

Ситуацию в Сибири после прихода красных характеризует сообщение Змеиногорского уездного ревкома о том, что с первых дней организации советской власти кругом «бушевали грабежи, насилия и кровь лилась рекой»[42]. Новая власть одной рукой расправлялась с «исторической контрреволюцией», а другой разоружала многочисленные формирования анархически настроенных партизан, претендовавших на положение хозяев в очищенных ими от колчаковцев районах и недоумевавших, почему советская власть препятствует им свободно истреблять белых «гадов».

Большевики активно использовали партизан как «чистильщиков» огромных сибирских территорий, привлекая их в милицию и органы ЧК, предпочитая при этом зачастую закрывать глаза на бандитизм, мародёрство и самосуды. Партизанских вожаков стремились привязать, давая ответственные политические поручения, вроде участия в суде над министрами Колчака. С другой стороны, постоянным фоном начала 20-х годов были широкие репрессии против командного состава партизан. Сама же масса красных повстанцев считалась анархической и неблагонадёжной. Опасение по поводу возникновения сибирской «махновщины» как раз и определяло отношение коммунистических властей к своим недавним боевым союзникам.

Повторная организация советских карательных структур в Сибири имела свои особенности. В 1918–1919 гг. закончился период становления органов ВЧК как важнейшей опоры власти. Чекисты сосредоточили в своих руках функции наружного и агентурного наблюдения, ареста, предварительного следствия, суда и исполнения приговора. Острые межведомственные противоречия между органами ВЧК и работниками ревтрибуналов (первые считали трибунальцев медлительными и недостаточно жёсткими, вторые обвиняли чекистов в нарушениях законности и необоснованности многих приговоров) были решены в пользу ВЧК, на которую приходилась львиная доля разрешённых следственных дел. К 1921 г. только треть дел передавалась на доследование из ЧК в трибуналы.

Постепенно подчинилась чекистам и милиция, ставшая по сути вспомогательным органом для проведения оперативных мероприятий и расследования мелких дел. После ликвидации в 1919 г. уездных чека были созданы политические бюро, которые формально являлись уездными органами милиции, но реально подчинялись губернским чека. В 1921 г. и формальное подчинение политбюро органам милиции было отменено.

В условиях гражданской войны особую компетенцию приобрели органы военной контрразведки — особые отделы во фронтах, армиях, корпусах, дивизиях и бригадах. Это были крупные по численности структуры, постоянно пытавшиеся избавиться от контроля со стороны реввоенсоветов и существовать в рамках ведомственных инструкций, подчиняясь только Особому отделу ВЧК. Работавшие в условиях боевых действий, они демонстрировали особую жестокость, постоянно направляя удары и против своих — военных специалистов и рядовых красноармейцев. Масштабной карательной структурой являлась система транспортных чека, контролировавшая практически все стороны работы путей сообщения. Между этой чекистской триадой существовали очень натянутые отношения из-за постоянных вторжений в сферы компетенции друг друга.

Сибирь, до конца 1919 — начала 1920 г. находившаяся под властью белых правительств, оказалась в стороне от тех изменений, которые происходили в системе ВЧК. Но в многочисленных партизанских соединениях предпринимались попытки организации специальных контрразведывательных структур. В регионах с максимальной повстанческой активностью первоначально организовывались партизанские чека, чьи представители затем пополняли штаты губернских и уездных чека. Самодеятельные партизанские чека вели как контрразведывательную работу с целью выявления белогвардейских лазутчиков и проверки благонадёжности самих партизан, так и осуществляли террор в отношении представителей и сторонников белой власти.

В алтайской Первой горной партизанской дивизии И.Я. Третьяка начальником контрразведки был беглый каторжник А.А. Табанаков, который в феврале 1920 г. возглавил Горно-Алтайскую уездную чека. С.М. Буда с конца 1919 г. работал председателем военно-следственной комиссии при штабе армии Тасеевской партизанской республики Канского уезда, а в феврале 1920 г. был передан в ЧК.

Свои чека создавали и большевики-подпольщики: в период восстания в Иркутске в декабре 1919 г. член подпольной боевой дружины Ю.А. Новик (в будущем видный чекист) работал инструктором ЧК в контрразведке при рабоче-крестьянской дружине Знаменского предместья. Подпольщик И.Г. Елюхин писал в автобиографии: «В дни восстания в Красноярске… не имея никаких указаний сверху, беру на себя инициативу организации разведки наподобие ЧЕКА; до сформирования ЧЕКА мною заключено свыше 1.000 офицеров, взяты под арест 12 генералов Колчаковского Правительства и принято от Колчаковских частей 14 несгораемых ящиков ценностей. Позднее… своей разведкой вливаюсь [во] вновь организованную Красноярскую ЧЕКА»[43].

Сразу после прихода к власти большевики создавали следственные комиссии, напоминавшие чека образца весны 1918 г., но действовавшие более жёстко. В захваченном партизанами алтайском пос. Змеиногорское 10 декабря 1919 г. был образован исполком, который тут же организовал Чрезвычайную следственную комиссию по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией. Сначала она состояла из трёх человек, но вскоре, из-за обилия дел, была доведена до 6 членов. 15 января 1920 г. эта комиссия была упразднена и взамен образован юридический отдел ревкома во главе с Малютиным, ранее работавшим в партизанской комиссии 1-й Чумышской дивизии армии И.В. Громова-Мамонова. Юротдел состоял из трёх комиссий: гражданской, уголовной и политической, которые имели полномочия присуждать до 6 месяцев принудительных работ, а более важные дела направляли в ревтрибунал. Из Барнаула руководящих указаний не поступало до 10 февраля 1920 г., когда юротдел был преобразован в отдел юстиции, а работники политической комиссии переданы уполномоченному губчека в уезде Ф.Я. Глазкову, который с декабря 1919 г. являлся уполномоченным партизанского Главштаба по организации советской власти в уезде. Бывший глава Змеиногорского исполкома, а затем активный партизан и чекист П.И. Молостов писал в автобиографии, что он в конце декабря 1919 г. работал старшим делопроизводителем партизанской следственной комиссии, а в конце февраля 1920 г. «без всякой инструкции и указаний» организовал Змеиногорскую уездную чека.