Однако вместо активных операций штабу фронта пришлось вскоре отражать сильнейший натиск австро-венгерских и немецких войск. Как вспоминал генерал Геруа, «в зимние месяцы — январь, февраль — затихло наступление, но “притаилось” — в форме грандиозных планов у обеих сторон. Мы, ниткой зацепившись за Карпаты, готовились с наступлением тепла вторгнуться в Венгерскую равнину. Немцы, бросив французский фронт, как основной, решили выручить австрийскую армию и наказать русских за активность и победы 1914 г. Но у немцев были средства для исполнения, у нас их не было; наоборот — но сравнению с первыми месяцами войны, их стало меньше. Начинался снарядный и даже ружейный голод. Русские вступали в пехотный период войны, в самом его чистом виде, нигде и никем в современных условиях непревзойденном».
Итак, навстречу друг другу, из Восточной Пруссии и Галиции, «завязывая» горловину «польского мешка», в котором оказывалась бы значительная часть Северо-Западного фронта, намечалось продвижение армий противника. В планах Германии и Австро-Венгрии кампания 1915 г. должна была стать временем решающих побед на Востоке, завершающихся разгромом России и заключением с ней сепаратного мира. Главные силы немецкой армии были с этой целью переведены с Западного на Восточный фронт.
В начале мая 1915 г., после знаменитого «Горлицкого прорыва», началось мощное контрнаступление австро-немецких войск. Русские войска ожидало «великое отступление». Юго-Западный фронт, обескровленный попытками «прорваться через Карпаты», также лишенный достаточного количества оружия и боеприпасов, не смог сдержать напора превосходящих сил врага. Отступая из Галиции и Волыни, русские армии вынужденно «открывали» фланги Северо-Западного фронта. Следует отмстить, в частности, что удержание «польского выступа» (губерний бывшего Царства Польского) проводилось ив 1914 г., и в начале 1915 г. не в силу внутриполитических причин (вскоре после начала войны особой декларацией Великого князя Николая Николаевича Польше была гарантирована «автономия под скипетром Русского Царя»), но, как отмечал Борисов, с целью «держать постоянно немца за горло, чтобы он не кинулся на нашего союзника, французов». Кроме того, Ставка требовала сохранения «варшавского плацдарма» с целью последующего контрудара по Германии. Но летом 1915 г. удержать Польшу уже не удалось.
Теперь основная задача Алексеева состояла в том, чтобы последовательно вывести войска своего фронта из Полыни, защитить которую — в условиях острого недостатка боеприпасов, крайней усталости солдат и офицеров, отсутствия должного количества резервов — становилось практически невозможно. План отвода войск предусматривал использование оборонительной линии Осовец — Ломжа — Новогеоргиевск — Варшава — Ивангород, центральное положение в которой занимал хорошо укрепленный Новогеоргиевск. Штаб фронта расположился в Седлеце. Обстановка стремительно менялась, и в этой ситуации от Главнокомандующего армиями фронта требовалось уже не следование прежним предписаниям Ставки, а проявление гибкости и оперативности мышления, способность быстро реагировать на малейшие колебания фронта. И с этой задачей Алексеев вполне справлялся. Его предписания для подчиненных отличались ясностью и четкостью. Никакой паники не чувствовалось. Переходя в частые контратаки, русские войска планомерно отходили на восток. Одновременно проходила интенсивная эвакуация тыловых учреждений, заводов, гражданских ведомств, беженцев. Длинные, нередко перегруженные сверх нормы поезда шли «лентой», следуя друг за другом с минимальным интервалом, спасая, выводя от немецкой оккупации все, что можно было спасти. Замыслы германского командования были разгаданы, и «Канны» для русской армии никак не получались.
Не считаясь с усталостью, не жалея сил, Михаил Васильевич принял не только фронтовое командование, но и фактически взял на себя функции начальника штаба. По воспоминаниям генерала Палицына, приезжавшего в те дни на фронт, «при такой постановке работы у Михаила Васильевича незаметно развивается абсолютизм… Это хорошо, если он в состоянии был бы охватить главное… даже если бы вместо 24 часов у него в сутки было 30. И материал он получает не первосортный. Побочные условия свыше и снизу вносят раздражение и неуверенность. Армейские управления делают, в сущности, что хотят. Следить за ними Михаилу Васильевичу очень трудно. Посылаемые наставления исполняются по-ихнему. Им нужны приказы, к которым они привыкли. Все это наросло постепенно, еще без генерала Алексеева, а в общем — все это ненормально, как ненормально сложилась и работа высшего управления… При доброй организации труда никто не должен быть перегружен, а теперь мы видим, что главнокомандующий перегружен больше начальника штаба, лучше бы наоборот… на Мих[аиле] Васильевиче] лежит работа, превышающая силы двух сильных людей, а он один, ну и не вытягивает. Это закон природы, Мих[аил] Васильевич] сам это чувствует, но ничего не может сделать, чтобы сбросить тормоза, которые мешают ему делать главное».
21 мая 1915 г. сильная группировка немецких войск под командованием генерала Макензена («фаланга Макензена»), расколов перед этим части Юго-Западного фронта, нанесла удар на Красностав. Расчет немецкого командования заключался в попытке охвата левого фланга Северо-Западного фронта, но Алексееву удалось перегруппироваться, и призванная стать решающей атака прусского гвардейского корпуса была отбита русскими гвардейскими полками. Для успеха контрманевра Михаил Васильевич считал необходимым оторваться от непосредственного контакта с противником и создать резервные группы, с помощью которых ему удавалось бы сосредоточивать силы на тех или иных угрожаемых участках фронта. В июне из подошедших подкреплений и переформирований была создана новая — 13-я армия, правда, незамедлительно брошенная в бой, на «затыкание» прорывов. Фронт вынужденно расширялся. Сильное давление оказывалось немцами в Риго-Шавельском районе, и Балтийское побережье уже становилось театром военных действий. Сюда, в ожидании отражения немецкого десанта, были переброшены части Русской гвардии. Ставка также требовала от командования Северо-Западного фронта помощи «соседу» — фронту Юго-Западному. Так, в частности, в мае в Галицию были переброшены два корпуса, предназначавшиеся для запланированного Алексеевым флангового удара по наступавшим австро-германским войскам. Важно помнить, считал генерал, что «чем шире пространство, тем больше потребности в маневрировании, в последовательности сосредоточения сил, в умении забыть второстепенное». Вместо этого: «Нам все кажется важным и опасным. Войска разбрасываются, фронты растянуты и нигде нет внушительного сбора сил».
В письме к сыну он откровенно писал о нехватке резервов, немецком десанте, но в целом оптимистично оценивал перспективы борьбы: «У меня эти мерзавцы довольно значительными силами, при содействии флота, заняли Либаву и вторглись в совершенно почти обнаженный от войск край к Риге. Понемногу собрал войска, отжимаю их к Неману. Мне нелегко, потому что много войск я должен был передать и отправить Иванову. Моя судьба, знать, такая: куда появлюсь и где работаю — оттуда тянут войска к соседу. Это затрудняет работу и решение, нелегко составить какой-либо план для нанесения удара этим мерзавцам. Только так или иначе намереваешься собрать силы — получаешь повеление: отправить генералу Иванову столько-то. И немало таких повелений за свое короткое командование получил и выполнил. Но думается и веруется мне, что и теперешние затруднения временные, что устанут и исчерпают свои усилия враги и начнется, наконец, поворот, когда все наши недочеты будут покрыты и мы одержим верх».
Л в письме супруге 6 июля 1915 г. он отмечал еще одну причину неудач фронта — отсутствие субординации, несогласованность действий командного состава, психологическая неустойчивость войск. «Два врага давят меня: внешний — немцы и австрийцы, которые против меня собрали главную массу своих сил, взяли все, что можно, с фронта Ник[олая] Иудов[ича], против которого они, видимо, только шумят и демонстрируют, перебросили, быть может, что-либо еще с Запада или из новых формирований внутри государства. Везде лезут подавляющими массами, снабженными богатой тяжелой артиллерией с безграничным каким-то запасом снарядов. Есть и враг внутренний, который не дает мне таких средств, без которых нельзя вести войну, нельзя выдерживать тех эпических боев, которыми богаты последние дни.