На 26 август четирите кораба потеглят към юг. На 21 октомври Магелан отбелязва в своя дневник: "Пред нас са високи бели скали, много разпокъсани. Между тях има дълбок залив. По-нататък се виждат високи планини, покрити със сняг". Магелан още не подозира, че тоя "залив" е същият проток, който той търси вече цяла година. Той изпраща два кораба на разузнаване - "Консепсион" и "Сан Антонио". След пет дена те трябва да се върнат при устието на една река. И те наистина се връщат, като стрелят с всичките си оръдия. Капитаните на двата кораба заявяват, че това не е залив, а проток, който ще ги изведе в Тихия океан.

Това е най-радостният миг в живота на Магелан. Той е открил най-после протока, през който може да се мине от Атлантическия в Тихия океан. Протокът и досега се нарича Магеланов проток.

Четирите кораба потеглят тържествено на път. Но когато изследват всички гънки на протока и се събират на отвъдната му страна, един от корабите не се явява. Това е "Сан Антонио" - най-големият, най-добрият кораб, при това снабден с най-много хранителни припаси. Магелан е смутен. Той извиква астролога Андрес де Сан Мартин, който пътувал с него, и му заповядва да състави хороскоп и по звездите да отгатне какво е станало със "Сан Антонио". По онова време и най-културните люде са вярвали в хороскопията - "наука" за гадаене по звездите. Преди да започне да гадае по звездите, астрологът Андрес си спомнил, че един от испанските офицери, Естеваон Гомес, настоявал във военния съвет корабите да прекъснат пътуването и да се завърнат в Испания. Същият тоя офицер бил на "Сан Антонио". Астрологът заявил, че "Сан Антонио" е избягал в Испания. И познал - за пръв и последен път, - разбира се, не с помощта на звездите, а с помощта на фактите.

На Магелан му остават три кораба. Той потегля с тях през Тихия океан, през тази безкрайна водна пустиня. Цели сто и шест дни пътуват корабите, без да срещат на пътя си нито един остров освен няколко пустинни скали без вода и растителност, без хора и животни. Много от моряците измират от глад и жажда. Едва на 6 март 1521 година "Тринидад", "Консепсион" и "Виктория" се приближават до група неизвестни острови и хвърлят котва в един залив.

Моряците се приготвят да излязат на брега, да утолят глада и жаждата си, но жителите на островите ги изпреварват: към корабите се стрелват бързи мънички "кану", чиито платна са направени от палмови листа. Туземците, съвсем голи и наивни деца на природата, пъргаво се покачват на корабите и задигат всичко, каквото им хареса. Те особено се радват на различните лъскави предмети, които могат да затъкнат в рошавите си коси. След това също тъй шумно слизат от корабите и си отиват весели и доволни. Те не могат да проумеят, че са извършили кражба, защото на техния език такава дума не съществува. Магелан нарича тия острови Ландронски острови - острови на крадците.

Това е несправедливо название, защото задигнатите дрънкулки от туземците са наистина детска играчка в сравнение с намерението на испанския крал, който беше изпратил Магелан в това пътешествие с единствената цел да завладее за краля всички новооткрити острови заедно с хората и животните, които ги населяват. В сравнение с този грабеж-, благословен и от папата, кражбата на туземците от Ландронските острови е нищо. Сега Ландронските острови се наричат Мариански острови.

На 17 март 1521 година Магелан пристига на остров Масава от групата на Филипинските острови, посрещнат най-радушно от главатаря на племето - Каламбу. След няколко дена Магелан отива на остров Себу, който се намира на 124 градуса източна дължина и на 10 градуса северна ширина. Главатарят на този остров, Хумабон, го посреща като роден брат. Гостоприемните племена просто не знаят как да угодят на своите бели гости, каквито те виждат за пръв път. Дотогава тия деца на природата не са знаели, че по света има и други острови освен техните, а още по-малко са могли да знаят, че има по света бели хора.

Радостта на Магелан е безкрайна, но скоро тя е помрачена от главатаря на едно съседно на Себу островче. Това островче се нарича Макатан, а неговият главатар - Силапулапу. Този човек, с такова смешно име, се оказва горд и непристъпен. Когато няколко Магеланови моряци отиват на малкото островче Макатан, жителите ги посрещат враждебно. Те не се възхищават от бялата им кожа, не ги примамват и пъстрите синци, нито лъскавите огледалца, в които - о, чудо! - човек може да види лицето си. Не, тия хора държат лъковете си опънати и моряците са принудени да напуснат Макатан и да се върнат на Себу.

Магелан решава да накаже непокорния Силапулапу, та и другите главатари на тия прекрасни острови да разберат, че белите хора не се шегуват с ония, които не им се подчиняват. Как смее този смешен Силапулапу да прогонва белите хора от своя остров? Ако Магелан го остави ненаказан, другите главатари могат да последват примера му и тогава испанският крал няма да получи нито един от тия цветущи острови. Дори и благословията на римския папа няма да му помогне.

Все пак Магелан не искал да пролива кръв. Той изпратил своя роб Енрике при Силапулапу с предложение последният да приеме покровителството на испанския крал и да се съгласи да стане негов подчинен васал. Ако не, той и хората му ще бъдат убити със страшни стрели, които гърмят като гръмотевици. Силапулапу гордо отговорил:

- Е, добре, и ние имаме стрели. Те не са като стрелите на белите хора, те не изпускат светкавици и гръм, но затова пък са закалени с огън и всеки, който стъпи на остров Макатан, няма да се върне жив.

Каква дързост срещу хората, които сеят смърт със своите страшни мускети и амбрусти! Този дързък Силапулапу трябва да бъде наказан. Магелан - тоя твърд, закален от морските бури мореплавател, който не е търпял и най-малкото противопоставяне на волята му - заповядва на шестдесет свои моряци да облекат ризниците си и да се приготвят за предстоящото сражение. Самият Магелан сяда в една малка лодка и повежда бойците си към остров Макатан. И тук, на този малък остров, намира смъртта си най-великият мореплавател на Ренесанса. Сражението, в което загива, е описано от Пигафета.

"Ние наскачахме - пише Пигафета - във водата до пояс и трябваше да изминем едно разстояние от два изстрела на лък, докато стигнем брега, а в това време нашите лодки не можеха да ни следват поради рифовете. На брега намерихме петстотин души туземци, разделени на три дружини, и те се втурнаха с ужасни крясъци срещу нас. Две от дружините ни нападнаха откъм двата фланга, третата - във фронт. Нашият капитан раздели моряците на две части. Нашите стрелци половин час гърмяха от лодките с мускети и амбрусти, но нищо не направиха, защото куршумите не можеха да пробиват дървените щитове на туземците от такова голямо разстояние и в най-добрите случаи само раняваха враговете в ръцете. Поради това капитанът даде високо заповед да не стрелят повече, но нашите не го чуха. А туземците, като видяха, че нашите изстрели причиняваха незначителни вреди или не им причиняваха нищо, не отстъпиха Те викаха все по-високо и по-високо и като подскачаха ту на една, ту на друга страна, за да избягнат нашите изстрели, приближаваха се към нас, прикрити зад щитовете си, мятаха срещу нас стрели и закалени в огън копия, хвърляха камъни и кал, тъй че ние едва успявахме да се запазим. Някои от тях дори хвърляха копия с железни острия върху нашия капитан.

За да изплаши туземците, капитанът изпрати няколко души от нашите да запалят колибите им. Но това ги вбеси още повече. Неколцина от тях се затекоха към пожара, който погълна около двадесет или тридесет колиби, и убиха там двама наши войници. Останалите се впуснаха срещу нас с още по-голяма ярост. Като разбраха, че телата ни са защитени от бронята, но краката ни не са покрити с броня, те започнаха да се целят главно в тях. Една отровна стрела прониза десния крак на капитана и той даде заповед да отстъпваме крачка по крачка назад. Но сега почти всички наши хора удариха на бяг един през друг, тъй че само седем-осем души от нас останаха с капитана, който беше куц от години и явно забавяше отстъплението. Сега ние от всички страни бяхме изложени на копията и камъните на неприятеля и не можехме вече да окажем никаква съпротива. Бомбардите, които бяха в лодките, нищо не можеха да ни помогнат, защото плитката вода ги държеше много далеч. Нашата цел беше да напуснем острова и ние отстъпвахме с бой крачка по крачка. Бяхме само на един изстрел от брега, но туземците упорито ни преследваха, като събираха копията, които бяха хвърлили по-рано срещу нас - така че те мятаха по пет-шест пъти едни и същи копия. Те бяха близо до нас, познаха капитана и почнаха яростно да се целят в него. Два пъти свалиха шлема от главата му. Но той като храбър рицар остана на поста си с неколцина от нас, без да отстъпва по-нататък, и ние се бихме повече от един час, докато стрелата на един туземец попадна в лицето на капитана. В гнева си Магелан веднага промуши с копието си гърдите на нападателя, но копието му остана в тялото на убития и когато капитанът се опита да извади меча си, можа да го изтегли само до половината, защото един удар с копие омаломощи дясната му ръка. Като видяха това, всички врагове се спуснаха върху него и един от тях му нанесе с копието си такава рана в левия крак, че той падна на земята. Мигновено се хвърлиха върху него всички туземци и го намушиха с копията си и другите оръжия, които имаха. Така те отнеха живота на нашето огледало, на нашата светлина, на нашата утеха, на нашия верен вожд".