В отличие от Цезаря, Помпей все эти годы находился в Риме. После консульства 55 г. ему также была передана в управление провинция Испания со всеми находившимися в ней римскими войсками. Помпей, однако, туда не поехал. Он предпочёл, оставаясь в Риме, управлять Испанией через своих помощников.

В глазах большинства сенаторов и сторонников старого республиканского строя Помпей был гораздо более подходящим кандидатом в диктаторы, чем Цезарь. Теперь даже сенаторы сознавали необходимость твёрдой власти, как единственного средства удержать в повиновении рабов и свободную бедноту, но они боялись диктатуры и надеялись сохранить хотя бы в будущем республиканский строй. Сторонники этого взгляда рассуждали так: уж если государство не может быть исцелено ничем другим, кроме военной диктатуры, то нужно принять это лекарство из рук наиболее безобидного врача.

В этом смысле все преимущества были на стороне Помпея. Воспоминания о том, как вёл себя Помпей, вернувшись из восточного похода, были ещё свежи в Риме. Послушный сенату, он распустил свою армию и явился в Рим как частное лицо. Этим он поставил себя в совершенно беспомощное положение. Цезарь никогда бы так не поступил. Сенаторы рассчитывали, что от Помпея можно ожидать такого же поведения и впредь. С их точки зрения, Помпей был человеком гораздо менее опасным, чем Цезарь. Он — то и должен был стать тем самым «безобидным врачом», из рук которого было не так страшно принять такое сильное лекарство, как военная диктатура. С другой стороны, и сам Помпей, имея такого опасного соперника, как Цезарь, был склонен, искать поддержки у сената. Вот почему между сенатом и Помпеем произошло сближение.

Теперь и у Цезаря и у Помпея были свои политические сторонники. За Цезаря по — прежнему стояла обманутая им римская демократия, а на стороне Помпея были сенат и старая республиканская знать.

Наступила пора действовать. Один из консулов 51 г., при скрытой поддержке Помпея, выступил с резкими нападками на Цезаря. Он осудил деятельность Цезаря по управлению провинциями, упрекал его в том, что он предоставлял некоторым жителям Предальпийской Галлии римские гражданские права. Один из находившихся в это время в Риме жителей этой провинции, пользовавшийся уважением у себя на родине и недавно получивший от Цезаря гражданские права, был по приказанию консула высечен розгами. Это означало, что его не считают римским гражданином. После порки консул предложил несчастному показать Цезарю оставшиеся на его теле рубцы.

Благодаря своим сторонникам, часто приезжавшим к нему из Рима, Цезарь всегда был хорошо осведомлён о том, что делалось в столице. Он ещё не рискнул открыто выступить против Помпея, но через некоторых верных ему народных трибунов сумел получить разрешение выставить свою кандидатуру в консулы, не присутствуя лично в Риме, что было запрещено принятым недавно законом. Помпей не решился против этого выступить и промолчал.

Теперь главная задача Цезаря заключалась в том, чтобы сохранить за собой командование войсками и управление Галлией до тех пор, пока он не будет избран в консулы. Цезарь хорошо понимал, что и Помпей и сенат будут всячески этому противиться. Поэтому он принял свои меры. Золото обильным потоком потекло из Галлии в Рим. Используя эти средства, Цезарю удалось подкупить и склонить на свою сторону многих деятелей из враждебного ему лагеря. В их числе был один из двух консулов 50 г., раньше выступавший против него. За огромную сумму в 150 талантов, то есть более 3 млн. рублей, он согласился не выступать ни за, ни против Цезаря.

Борьба разгоралась. Население Рима было охвачено волнением и острой тревогой. По городу распространился слух, будто Цезарь перешёл Альпы и со всеми своими войсками движется на Рим. Жители столицы хорошо ещё помнили ужасы сулланской резни. Неужели всё это повторится? Консул Гай Марцелл потребовал, чтобы войска, стоявшие вблизи Рима, были двинуты против Цезаря. Обращаясь к Помпею и протягивая ему меч, Марцёлл сказал: «Мы приказываем тебе выступить против Цезаря за отечество. Для этого мы даём тебе войско».

Вскоре, однако, выяснилось, что слух о движении Цезаря с войсками на Рим ложен. Цезарь действительно в это время перешёл Альпы, но перешёл всего с одним легионом, небольшим количеством вспомогательных войск и тремя сотнями всадников. С этими войсками он расположился в Равенне, поблизости от северной границы Италии. Главные его силы продолжали оставаться за Альпами.

В Равенну к Цезарю приехал из Рима один из его сторонников — Курион. Узнав от Куриона о том, что у него собираются отнять власть над войсками и провинциями, Цезарь обратился с просьбой к сенату сохранить за ним впредь до консульских выборов два легиона и Предальпийскую Галлию. От управления остальными провинциями и командования войсками он отказывался. Когда это предложение было отвергнуто, он написал сенату письмо, в котором выразил согласие распустить свою армию при условии, что Помпей сделает то же самое.

Сенат не принял и это предложение и потребовал, чтобы Цезарь сложил свои полномочия. Два пытавшихся воспрепятствовать этому решению народных трибуна — Марк Антоний и Кассий Лонгин — были удалены из сената. Ночью, в рабской одежде, они бежали к Цезарю в Равенну. 7 января 49 г. сенат объявил чрезвычайное положение и поручил Помпею набор войска для борьбы с Цезарем.

Наступило время действовать и для Цезаря. Он собрал своих солдат и выступил перед ними с речью. «Нас, — говорил он, обращаясь к солдатам, — после стольких славных деяний объявили врагами отечества, а вот этих людей (трибунов Кассия Лонгина и Марка Антония) за то, что они позволили себе высказать свободное слово, изгнали из Рима самым позорным образом». В заключение Цезарь призвал солдат поддержать его и обещал каждому из них щедрое денежное вознаграждение. Солдаты ответили возгласами о готовности идти за Цезарем туда, куда он их поведёт.

Когда весть о выступлении Цезаря дошла до Рима, там началась паника. Никто не верил, что Цезарь предпринял свой поход всего лишь с одним легионом пехоты и тремя сотнями всадников; считали, что он двигается на Рим с большой армией.

Противники Цезаря много говорили о неизбежности войны и к ней готовились, но теперь оказалось, что ничего ещё не готово. У Помпея не было под руками войск, способных задержать Цезаря. Главные его силы находились в Испании. Набор солдат в Италии шёл вяло. Между тем Цезарь, занимая один город северной Италии за другим, стремительно двигался вперёд. Помпей был ошеломлён. Со всех сторон его обвиняли: одни за то, что он сам, поддерживая в предшествующие годы Цезаря, способствовал его усилению; другие в том, что в переговорах с Цезарем он не пошёл на уступки. Один из консулов издевательски предлагал Помпею «топнуть ногой о землю». (Незадолго перед этим Помпей говорил, что если Цезарь предпримет поход, то стоит ему, Помпею, топнуть ногой о землю, как вся Италия наполнится войсками.)

В конце концов, поддавшись слухам, Помпей объявил, что он покидает город и призывает следовать своему примеру всех, кому дороги родина и свобода. Началось паническое бегство. Бежали оба консула, бежали сенаторы — многие с такой поспешностью, что ничего не успевали захватить с собой из своего имущества. Среди бежавших сенаторов были и такие, которые раньше всегда держали сторону Цезаря. Теперь они потеряли способность соображать и бежали со всеми остальными.

Не заходя в Рим, Цезарь двинулся по стопам Помпея. По дороге он беспрерывно увеличивал численность своих войск. К нему переходили солдаты, завербованные Помпеем.

Достигнув Южной Италии, Цезарь располагал уже довольно многочисленной армией. Положение Помпея стало тяжёлым. Ему оставалось теперь только одно: покинуть Италию и попытаться набрать армию за её пределами. Уходя от преследования Цезаря, Помпей достиг порта Южной Италии — Брундизия. Отсюда со своими сторонниками и оставшимися ему верными войсками Помпей переправился через Адриатическое море на побережье Балканского полуострова.

Цезарь был бессилен воспрепятствовать переправе Помпея: у него не было кораблей. Оставив часть своих войск в Брундизии, он с другой частью возвратился в Рим.