С тревогой ожидали в Риме вступления Цезаря. Его противники предсказывали повторение ужасов времён Мария и Суллы. Опасения эти, однако, не оправдались. Вступив в Рим, Цезарь воздержался от преследования своих политических врагов. Захваченных в ходе военных действий солдат Помпея он без всяких наказаний отпускал на свободу. Такими приёмами Цезарь хотел привлечь на свою сторону население столицы.

Многие из бежавших стали возвращаться в Рим. Вернулась и часть сенаторов. Правительственные учреждения вновь стали действовать. Но долго в Риме Цезарь задерживаться не мог. До него доходили вести о том, что к Помпею каждый день прибывает много его сторонников и что на Балканском полуострове набрана большая армия. Кроме тоге, в Испании у Помпея находилось семь легионов его старых войск. Если бы Цезарь немедленно предпринял поход на Балканский полуостров, то его тыл остался бы беззащитным. Поэтому он решил сначала совершить поход в Испанию.

Война в Испании потребовала от Цезаря большого напряжения. Его войска вначале потерпели серьёзное поражение. В конце концов Цезарю всё же удалось осадить лагерь противника и отрезать его от воды. Командиры легионов были вынуждены начать переговоры о прекращении военных действий. И здесь, в Испании, Цезарь отпускал на все четыре стороны пленных солдат Помпея. Когда те его благодарили, он говорил им: «Если вы чувствуете ко мне какую — нибудь благодарность, расскажите об этом другим солдатам Помпея». Это был ловкий шаг. Часть солдат из легионов Помпея перешла на сторону Цезаря, пополнив его ряды.

Когда Цезарь снова вернулся в Рим, народное собрание провозгласило его диктатором. Однако Цезарь пробыл в этой должности всего 11 дней. Затем были проведены обычные консульские выборы. Одним из двух консулов выбран был Цезарь. Наскоро проведя несколько законов, укреплявших его влияние, он поспешил в порт Брундизии для продолжения борьбы с Помпеем.

За это время Помпей успел собрать из различных мест 11 легионов пехоты и 7 тыс. конницы. Одновременно в его распоряжении теперь находились и многочисленные вспомогательные войска, набранные у союзных Риму государств. Правда, большая часть всех войск состояла из новобранцев, которых предстояло ещё обучить. Сам Помпей занимался с ними. Несмотря на преклонный возраст, он принимал личное участие даже в упражнениях в беге. Но главным преимуществом Помпея было те, что на его стороне находился почти весь римский военный флот. С помощью этого флота Помпей мог поддерживать связь со своими силами в Африке и хорошо кормить свою армию.

Цезарь мог выставить против Помпея до 12 легионов пехоты и 10 тыс. галльской конницы, но военных кораблей у него почти не было. Переправа на Балканский полуостров поэтому была связана для него с большим риском. Всё же, выбрав удачный момент — бурную погоду, препятствовавшую кораблям противника вести наблюдение за побережьем Италии, Цезарь с шестью неполными легионами пехоты и несколькими сотнями всадников направился на грузовых судах через Адриатическое море. Высадился он у Аполлонии, расположенной несколько южнее Диррахия, главной базы помпеянцев.

Узнав о высадке Цезаря, Помпей сосредоточил все свои силы в Диррахии. Его флот отрезал войска Цезаря от подвоза продовольствия. Снабжение на месте также оказалось очень затруднительным для Цезаря, так как окружающая Аполлонию местность была бедна и пустынна. В его войсках начался голод. Солдаты по нескольку дней подряд не получали пищи, питались кореньями и травой.

Для Цезаря было теперь весьма важно переправить через Адриатическое море остальные войска, оставшиеся под командованием Марка Антония в Брундизии. Сделать это было трудно: корабли Помпея постоянно курсировали вдоль берегов Южной Италии. Марк Антоний неоднократно пытался выполнить распоряжение Цезаря о переправе войск, но это ему не удавалось. Тогда Цезарь решил вернуться в Брундизии, чтобы лично организовать переправу. Ночью, втайне от собственных войск, на настроении которых его отъезд мог пагубно сказаться, Цезарь с немногочисленными спутниками вышел в море. Поднялась сильная буря. Лодку грозило затопить волнами, и кормчий уже было отчаялся в спасении. «Смелей, — крикнул ему Цезарь, — ты везёшь Цезаря и его счастье!» Цезарь твёрдо верил в успех своего дела. Всё же достичь Брундизия в эту бурную ночь ему не удалось.

Вернувшись в Аполлонию, Цезарь послал Марку Антонию предписание во что бы то ни стало организовать переправу. Положение войск Цезаря у Аполлонии было очень опасным. Противник значительно превышал его своей численностью. Но Помпей упустил этот благоприятный для него момент и не напал на Цезаря.

Антонию всё же в конце концов удалось выйти из гавани Брундизии в море. По дороге он был замечен, и двадцать кораблей Помпея пустились его преследовать. Марка Антония спасла неожиданная перемена ветра, помешавшая помпеянским кораблям его настигнуть. Всё же два корабля он потерял.

Получив долгожданное подкрепление, Цезарь стал готовиться к решительному сражению. Оба войска — и Помпея и Цезаря — стояли друг против друга, расположившись в хорошо укреплённых лагерях. Войска Цезаря продолжали испытывать острую нужду в продовольствии. В отдельных мелких стычках с противником победа часто оставалась за Цезарем, но, когда началось большое сражение, войска Цезаря не выдержали натиска и обратились в бегство.

Тщетно пытался Цезарь остановить бегущих. Задержав рукой одного рослого и сильного солдата, в панике бегущего к морю, он сам едва не был убит. В сражении у Диррахия Цезарь потерпел жестокое поражение. Однако Помпей не использовал своей победы. Вместо того чтобы завершить её преследованием противника, он загнал бегущих солдат Цезаря в их укреплённый лагерь и потом отступил. Цезарь, который уже совсем было потерял надежду сохранить свои войска, потом говорил своим друзьям, что был бы разбит наголову, если бы среди его врагов «было кому побеждать».

Когда смолк шум битвы, Цезарь уединился в свою палатку и всю ночь провёл в тяжёлых размышлениях. Он считал, что совершил крупную ошибку. Она состояла в том, что он, имея за собой далеко простиравшуюся страну и богатые македонские и фессалийские города, предпочёл расположиться на побережье, где войска его голодали и все преимущества были на стороне противников. Теперь он решил исправить эту ошибку и уйти вглубь страны.

Часть войск Помпея находилась в это время в Македонии. Цезарь рассчитывал напасть на эти войска и либо разбить их, либо заставить Помпея прийти им на помощь. В последнем случае на стороне Цезаря оказалось бы то преимущество, что он смог бы вступить в сражение с главными силами врага вдали от моря. Помпей при таких условиях лишился бы поддержки флота. Кроме того, внутри страны — и это, пожалуй, было самым важным — Цезарь легче мог прокормить армию.

Цезарь снялся со всеми своими войсками с места и двинулся вглубь страны. В лагере Помпея этот маневр Цезаря был воспринят как отступление. Здесь торжествовали победу. Между помпеянцами уже шли ожесточённые споры, кому какое место достанется в правительстве, когда все они вернутся в Рим. Некоторые из них были теперь озабочены приисканием себе в Риме подходящих домов, приличествующих консулам и преторам, должности которых они рассчитывали вскоре занять. Почти все настаивали на том, чтобы немедленно же выступить из лагеря вслед за Цезарем — начать его преследовать. Сам Помпей был против этого, так как лучше других понимал, какие преимущества даёт его армии хорошо укреплённый и снабженный на много месяцев вперёд продовольствием лагерь. И всё же под давлением общего мнения он выступил. Обе армии теперь находились в походе. Они двигались одна за другой. Так достигли они Фессалии. На равнине у города Фарсала они расположились друг против друга лагерем. Обе стороны стали готовиться к сражению.

Численный перевес был целиком на стороне Помпея. Он располагал 47 тыс. пехоты и 7 тыс. конницы против 22 тыс. пехоты и всего 1 тыс. всадников Цезаря. При этом конница Помпея сплошь состояла из отборных воинов — прекрасно вооружённых молодых аристократов. Будучи совершенно уверенными в победе, они рвались в бой. Утром 6 июня 48 г. до н. э. Помпей первым дал сигнал начать сражение. Затрубили трубы. Помпей бросил на правое крыло войск Цезаря всю конницу. Он рассчитывал, используя своё превосходство в силах, смять это крыло, отбросить его назад, ударить по войскам Цезаря с тыла и в то же время бросить на него с фронта всю свою пехоту. Однако Цезарь, разгадав намерения противника, выставил на правом фланге лучшие свои войска. Часть их была искусно скрыта от глаз неприятеля.