К осени 1921 года корабли флотилии получили артиллерийское вооружение и винтовки, неофициально переданные им японским морским командованием под предлогом необходимости вооружения Приморской милиции.
В октябре того же года из добровольцев была сформирована отдельная рота морских стрелков в составе Вооруженных сил Временного Приамурского правительства.
23 сентября 1921 года во Владивосток прибыл пароход «Франц Фердинанд». На нем вернулись из Месопотамии интернированные русские беженцы, помещенные британцами в лагерь Танум. Среди прибывших находился и личный состав Каспийской флотилии под командой уже знакомого читателю капитана 1-го ранга Пышнова, числом около 80 офицеров и свыше 200 матросов всех специальностей.
Отряд Пышнова, отступивший в своё время через Энзели далее в Месопотамию, после крушения правительства генерала Врангеля в Крыму был интернирован британцами.
Британцы содержали интернированных в лагере Танум, вблизи порта Басра на положении военнопленных.
В августе 1921 года, не вдаваясь в особые объяснения, представители администрации лагеря отправили с конвоем офицеров Каспийской флотилии в порт, где, подталкивая прикладами, конвойные солдаты погрузили людей на отбывавший из Месопотамии транспорт «Франц Фердинанд», следовавший во Владивосток.
С прибытием месопотамских сидельцев личный состав Сибирской флотилии возрос не только в количественном смысле, но и в части боевого духа.
На службу во флотилию были приняты как офицеры с Каспия, так и прибывшие с ними из Месопотамии немногочисленные корниловцы. Частично флотилию пополнили оставшиеся в живых чины Морской роты капитана 1-го ранга Потемкина и некоторые офицеры Балтийского флота.
Военные неудачи, которые потерпели войска Приамурского временного правительства в боях с Народно-Революционной армией Дальневосточной Республики, вызвали острые разногласия в среде офицеров, вылившиеся в начале июня 1922 года в вооруженные столкновения между сторонниками председателя правительства С. Д. Меркулова и недовольными его политикой офицерами-монархистами.
Не раздираемые никакими внутренними интригами, морские офицеры с других фронтов привнесли со своим приездом особое дружное настроение, которое было столь необходимо для успеха проводившейся работы по усилению флота.
Наличие среди приехавших нескольких штаб-офицеров и лейтенантов позволило командующему флотилией произвести замену ряда чинов своего штаба, а также некоторых командиров кораблей.
Вместо смещенного контр-адмирала Вениамина Ивановича Подъяпольского, которого Старк оставил в символической должности Директора маяков и лоций Тихого океана, временно исполняющим обязанности начальника штаба и флаг-капитана по распорядительной части был назначен получивший чин капитана 2 — го ранга Анатолий Павлович Ваксмут.
Капитан 2-го ранга Сергей Николаевич Гарковенко, начинавший свою службу в Гвардейском экипаже, был назначен Старком флаг-капитаном по оперативной части вместо уволенного от службы мичмана Леонида Михайловича Прозорова.
В эмиграции судьба этого уволенного офицера сложилась трагично. Жажда к романтическим морским походам не была изжита, и молодость требовала действий. Мичман Прозоров погиб в октябре 1924 года во время своего одиночного похода на шлюпке из Нью-Йорка к Бермудским островам.
В ходе проведенных кадровых изменений во Владивостоке адмирал Старк учредил должность флагманского интенданта, на которую единодушно был назначен старший лейтенант Владимир Анатольевич Гинтер, окончивший свои дни на чужбине, но еще в более экзотическом уголке мира — Гонконге.
Плавучие средства порта, укомплектованные прежде вольнонаемным составом, были полностью заменены адмиралом Старком военнослужащими из числа прибывших офицеров на «Франце Фердинанде».
Заведующим плавучими средствами без колебаний адмирал поставил капитана 1-го ранга Бориса Михайловича Пышнова, который так и оставался в этой должности до конца пребывания Сибирской флотилии во Владивостоке.
Работа по усилению кадрового состава флотилии шла полным ходом. Между прочим, адмирал Старк осуществил и некоторые другие назначения. Так, капитан 2-го ранга Сергей Яковлевич Ильвов, лейтенант Иван Васильевич Тихомиров и старший лейтенант М. Сафронов волей командующего были отправлены командовать миноносцами «Твердый», «Инженер-механик Анастасов» и «Бойкий». Старший лейтенант Владимир Алексеевич Буцкой был назначен командиром посыльного судна «Илья Муромец».
Ночью 25 августа 1922 года экипаж «Илья Муромец» под командованием старшего лейтенанта Буцкого с взводом морских стрелков на борту вышел из Владивостока и захватил японский моторный катер с тремя вооруженными партизанами-большевиками.
Ввиду быстро меняющейся оперативной обстановки на фронте, в конце августа 1922 года командующий флотилией адмирал Старк был назначен начальником тыла, и на флотилию с принадлежащими ей сухопутными частями лег ряд задач: 1. Охрана Владивостока. 2. Борьба с партизанами на полуострове Муравьев-Амурский в районе Посьета. 3. Охрана побережья Татарского пролива. 4. Поддержка блокады побережья залива Петра Великого к востоку от Владивостока. 5. Оборона Камчатки. 6. Охрана звериных и рыбных промыслов и лесных богатств, расположенных в районе побережья, занятого белыми. 7. Доставка пополнений и грузов отряду генерала Пепеляева на побережье Охотского моря.
Все эти задачи потребовали исключительного напряжения сил всего состава флотилии.
На основании решений Приамурского Земского собора войска Приамурского временного правительства были переименованы в Земскую рать. Генерал-лейтенант Михаил Константинович Дитерихс был объявлен воеводой Земской рати.
28 августа 1922 года началась эвакуация японскими войсками Спасского района, а затем в течение сентября и Владивостока.
В сентябре 1922 года возобновились активные боевые действия. 26 сентября Дитерихс, ввиду критического положения на фронте, издал указ, в коем говорилось о защите Приморского края всеми силами и средствами. Согласно этому указу, временно закрывались не только все высшие учебные заведения, но и военные училища, а для призыва учащихся в войска создавалось ополчение.
Во Владивостоке под ружье было поставлено 4000 человек. В близлежащем к Владивостоку городке Никольске в ополчение было собрано не более 700 человек.
В попытке противопоставить наступающим красным частям, спешно формировались офицерские батальоны, ратники снабжались теплой одеждой из средств городских самоуправлений и по мере готовности немедленно отправлялись на фронт.
В городе и близлежащих населенных пунктах спешно образовывался особый фонд на нужды войны, но противник, подтянув многочисленные резервы, повел наступление, и вскоре для белого командования стало очевидным, что силы противоборствующих сторон оказались неравными.
9 октября, несмотря на упорное сопротивление Земской рати, войсками Народно-Революционной армии Дальневосточной Республики был взят город Спасск.
Попытки Земской рати остановить наступление красных в районе села Вознесенское-Монастырщина не увенчались успехом. Потеряв в октябрьских боях с большевиками свои основные силы, Земская рать начала отступление из Приморья.
В октябре 1922 года началась эвакуация. Эвакуация Владивостока протекала в соответствии с секретным оперативным приказом командующего Сибирской флотилией от 23 октября 1922 года № 26. Этот приказ, рассчитанный по часам, был выполнен в совершенном порядке и точно в назначенные сроки.
К 11 часам ночи 24 октября Владивосток был оставлен белыми частями. Красные вступили в покинутый город в 10 часов утра 25 октября, но не имели плавучих средств, чтобы организовать преследование белой флотилии.
Из частных судов и пароходов Добровольного флота был составлен целый отряд транспортов. Всего эвакуации подлежало 10 тысяч человек, в том числе несколько сот раненых, для которых попечением воеводы Дитерихса было зафрахтовано два японских парохода.
В условиях объявленной эвакуации нелишним было каждое судно, способное принять на борт войска и беженцев. На всем продолжении эвакуации в ней активно участвовало посыльное судно «Илья Муромец» со своим деятельным командиром старшим лейтенантом Буцким.