Войска обеих наций снялись с позиций 26 и 27 ноября (5 и 6 фримера IX года), и 28 ноября начались военные действия. Австрийский генерал Кленау на Дунае противостоял небольшому корпусу Ожеро и, кроме того, пытался оттянуть на себя силы французского генерала Сен-Сюзанна, командующего IV корпусом армии Моро. Занятые наблюдением друг за другом, они находились далеко от вероятного театра военных действий и предстоящего генерального сражения: Сен-Сюзанн — в районе Инголыитадта, а Кленау — у Ратисбона (Регенсбург).

Моро, тщательно изучивший тактические преимущества своей позиции на плоской возвышенности, неохотно расставался с ней и лишь скрепя сердце начал готовиться к наступлению, тем более что погода стояла холодная и сырая.

А между тем его противник, горя желанием отличиться и показать себя вторым Бонапартом, двинул свои войска тоже вперед. В пылу юношеской самоуверенности он добровольно отказался от преимуществ занимаемой им очень сильной оборонительной позиции.

Моро приказал своему левому крылу численностью 26 000 человек под командованием генерала Гренье занять позицию вдоль большой дороги, ведущей из Мюнхена в Мюльдорф через Гогенлинден, Хааг и Ампфинг, а также на склонах той части плато, которая простирается между двумя реками. Центр, под его личным командованием, численностью свыше 30 000 человек (на самом деле 35 000, включая польскую дивизию Княжевича, влившуюся в корпус генерала Декана, и резервный артиллерийский парк) оседлал прямую дорогу из Мюнхена в Вассербург, проходящую через Эберсберг. Правое крыло под командованием генерала Лекурба, численностью 26 000 человек заняло позиции вдоль верхнего течения Инна, в районе Розенхайма, причем одна дивизия была отряжена для наблюдения за Тиролем. Таким образом, у Моро под рукой были его левое крыло и центр, то есть около 60 000 человек.

Он привел свою армию в движение, чтобы провести разведку боем на всем протяжении участка от Розенхайма до Мюльдорфа и с целью заставить противника дезавуировать свои намерения. «Моро, который не умел, как генерал Бонапарт, разгадывать планы своего противника, — пишет Адольф Тьер, — или навязывать свои собственные, перехватывая инициативу, вынужден был осторожно прощупывать своего оппонента, чтобы выяснить его намерения». Моро наступал всегда с большой оглядкой, но если его заставали врасплох, он с достоинством и величайшим спокойствием всегда находил выход из создавшейся ситуации.

29 и 30 ноября 1800 года прошли в рекогносцировке местности. Французы провели разведку вдоль реки Инн, а австрийцы попытались форсировать реку и продвинуться далее, с целью пересечь низменность, ограниченную Инном, Дунаем и Изаром. Но Моро удалось отбросить австрийские аванпосты и передислоцировать свое правое крыло под командованием Лекурба в Розенхайм, а центр — в Вассербург; при этом левое крыло под командой Гренье заняло высоты Ампфинга. Эти высоты господствовали над местностью, но находились на значительном расстоянии от берегов реки Инн. Левое крыло армии Моро несколько удалилось, так как продвинулось вдоль долины этой реки вплоть до Мюльдорфа и оказалось в 15 лье (66 км) от Мюнхена, тогда как остальная армия находилась всего лишь в 10 лье (44 км) от баварской столицы. Моро решил усилить левое крыло одной дивизией под командованием генерала Гранжана. Историки считают, что ошибкой Моро было то, что он начал наступление тремя отдельными и далеко отстоящими друг от друга корпусами, вместо того чтобы выйти на рубеж реки Инн всеми силами одновременно, проведя при этом несколько ложных демонстраций. Однако эта ошибка, к счастью для французов, не привела к серьезным последствиям.

Следуя своему первоначальному плану, австрийская армия прошла через Бранау, Нойёттинг, Мюльдорф и начала пересекать низменность в восточной части плато. К австрийцам подошло подкрепление — маршевые батальоны, которые, не имея возможности отдохнуть, влились в армию и вынуждены были вместе с ней преодолевать препятствие, которое представляло понижающееся плато в этом месте. Артиллерии и многочисленным обозам было особенно трудно преодолевать небольшие реки, такие как Фильс, Ротт, Изен, а также многочисленные овраги, тянущиеся до берегов Дуная. Кроме того, заболоченная местность существенно затрудняла движение повозок, колеса которых местами по ступицу проваливались в снег и грязь. Возникшие обстоятельства, а также постоянные стычки с передовыми частями левого крыла армии Моро, угрожавшие отрезать австрийцев от реки Инн, привели юного эрцгерцога и его генеральный штаб в некоторое замешательство. Они явно не продумали всех деталей столь масштабной операции. Австрийцы хотели атаковать Моро и вместе с тем опасались сами быть атакованными. При планировании такого маневра необходимо было предусмотреть организацию резервной операционной базы на Дунае в районе Регенсбург — Пассау и соответствующей запасной коммуникационной линии. Но в спешке ничего подобного сделано не было. В создавшихся условиях австрийский генеральный штаб был вынужден срочно вносить коррективы в первоначальный план кампании. Вместо широкого охвата французского фланга с целью нанесения удара в тыл армии Моро австрийский главнокомандующий принимает решение остановиться, развернуть свои войска на запад и немедленно атаковать французов. Однако и здесь ни эрцгерцог, ни его советники не учли того обстоятельства, что Рейнская армия в течение нескольких месяцев занимала данную позицию, провела необходимые рекогносцировки и знала ее как свои пять пальцев. Для австрийцев, как мы увидим ниже, эта позиция станет настоящим лабиринтом.

На рассвете в понедельник, 1 декабря 1800 года, генерал Моро с основной армией готовился форсировать реку Инн, когда вдруг был внезапно атакован своим новым соперником при Ампфинге. Эрцгерцог Иоанн развернул шестидесятитысячную армию у подножия Ампфинга и атаковал дивизию генерала Тренье, у которого в строю было только 26 000 человек. Австрийцы одновременно наступали тремя колоннами: 15-тысячный корпус взбирался вдоль долины реки Изен, вторая колонна наступала по главной дороге, ведущей в Мюльдорф и далее в направлении Гогенлинден — Мюнхен. И, наконец, третий отряд форсировал Инн в Крайбурге, занял Ашау и атаковал во фланг армию Моро. Французы из дивизий Гренье и Нея не смели верить своим глазам, когда их левое крыло было вначале остановлено, а затем оттеснено назад, очевидно натиском главных сил неприятеля. Так оно и оказалось: 40 000 австрийцев одновременно атаковали 26 000 французов. На помощь последним пришла дивизия генерала Гранжана, предусмотрительно отправленная Моро, чтобы прикрыть разрыв. Частично потерпев поражение в этом бою, но отступив в полном порядке, Моро приказывает всем своим дивизиям занять позиции у деревни Гогенлинден, фасом к западной кромке леса Изен перпендикулярно дороге из Мюльдорфа в Мюнхен, проходящей через лес. Это была ловушка, рассчитанная на пылкость неопытного и юного эрцгерцога. Последний, опьяненный своим успехом при Ампфинге, попался на «крючок». Адольф Тьер писал в этой связи: «…хладнокровию и энергии Моро предстояло встретиться лицом к лицу с неопытностью эрцгерцога, окрыленного своим первым успехом». Вечером, накануне сражения Моро ужинал в компании офицеров, когда ему принесли депешу. Прочитав ее, он повернулся к гостям и с гордостью (которая не была свойственна его характеру) произнес: «Меня поставили в известность о передвижении армии эрцгерцога. Это то, что мне нужно». В депеше речь шла о том, что главные силы австрийцев направляются по главной дороге Мюльдорф—Гогенлинден—Мюнхен. Дело в том, что это шоссе идет через густой пихтовый лес практически на всем своем протяжении, и только в районе Гоненлиндена лес немного расступается, образуя небольшую поляну, на которой расположены деревня Гогенлинден, почтовая станция и несколько ферм. Моро рассудил здраво: раз уж эрцгерцог ввязался в бой с левым французским крылом, он непременно захочет атаковать и его центр; а раз так, его надо заманить на равнину Гогенлинден и уничтожить, тем более ничего особенного и делать не надо — он сам идет к нам в руки.