Моро тоже не был аскетом. Если ему требовался хлеб, то у него не было нужды просить взаймы 50 луидоров у своего шефа на пропитание.

В 1795 г. якобинцы решили принять новую конституцию. Роялисты, со своей стороны, видели в ее статьях средства для достижения контрреволюционных целей. Рассчитывая на враждебное отношение к якобинскому правительству как черни, так и именитых парижских горожан, они задумали произвести государственный переворот и низложить якобинцев, а потому принялись активно агитировать в военных и политических кругах. Летом 1795 г. республиканские армии оказались охваченными каким-то странным бездействием. Полагали, что Пишегрю умышленно парализовал как свои собственные войска, так и армию Журдана. Бесцельное перемирие, заключенное ими с австрийцами, похоже, подтверждает это предположение. Как впоследствии выяснилось, некоторые члены Конвента поддерживали тесные связи с роялистами.

14 марта 1796 г. генерал Моро принимает на себя командование Рейнско-Мозельской армией, куда он прибывает 23 апреля. В это время ее штаб-квартира находилась в Страсбурге. С июня по октябрь 1796 г. разворачивается знаменитая Рейнско-Дунайская кампания. Журдан переправляется через Рейн в Дюссельдорф, а Моро в Келе. У каждого из них имелось около 75 000 человек, тогда как армия эрцгерцога Карла, ослабленная войсками, отправленными Вурмзеру в Италию, оказалась численно слабее. По плану кампании, одобренному Директорией, обе французские армии должны были двигаться параллельно друг другу в глубь Германии, держась южнее нейтральной полосы, а затем, вступив через Тироль в связь с армией Бонапарта, надлежало всем сообща ударить по австрийской столице. Сражаясь против эрцгерцога Карла, Моро выходит победителем в битве при Раштатте 5 июля и продвигается до Штутгарта, а затем и Мюнхена, столицы Баварии. Следует череда блестящих, но малоизвестных побед Моро — Эттлинген (8 июля), взятие Пфорцхайма (14 июля) и, наконец, Штутгарт. Затем следуют Нересхайм (И августа) и Фрайдберг (24 августа). Тогда Вюртемберг и Баден заключают с Францией сепаратный договор, а Саксония, отозвав свои войска из коалиционной армии, объявляет себя нейтральной по примеру Пруссии. В свою очередь Журдан овладевает Вюрцбургом 11 сентября и выигрывает сражение под Альтенкирхеном, но на пути к Регенсбургу (Ратисбон) встречается близ Ноймаркта с армией эрцгерцога Карла и терпит сокрушительное поражение. Молодой эрцгерцог сумел воспользоваться уроком, который преподнес ему командующий Рейнской армией. Однако поражение Журдана при Вюрцбурге поставило под удар всю армию Моро. Вынужденный отступить, отбивая стремительные атаки австрийского генерала Латура (в корпус Байе-Латура входили французские эмигранты герцога Конде), ему удается остановить последнего у Бибераха. Кстати, знамена для корпуса Конде были вышиты воспитанницами Смольного института благородных девиц в Петербурге по просьбе Павла I.

Сдерживая напор и искусное преследование эрцгерцога Карла, Моро с армией пересекает лесной массив Шварцвальд; вновь переходит р. Рейн и приводит во Францию целой и невредимой лучшую из революционных армий республики, даже несмотря на поражение, которое он потерпел при Эммендингене 19 октября 1796 г. «Если Моро и не обладал тем ярким гением, который его соперник с успехом применял в Италии, — пишет Тьер, — то он имел твердость духа и стойкость, неподвластную несчастьям… Он командовал армией, численностью более 60 000 человек, моральный дух которой не могло сломить ни одно поражение, а вера в своего командира только придавала ей силы. Имея такой ресурс за спиной, он ничего не опасался и принял решение отвести войска во Францию». Моро отступал в образцовом порядке вдоль правого берега Дуная на Биберах, имея в качестве прикрытия озеро Констанц. Здесь, под деревушкой, полное название которой Биберах-ан-ден-Рисс, Моро одержал одну из своих блестящих побед этой кампании. 2 октября он взял 5000 пленных, 20 пушек и несколько знамен у Байе-Латура.

Некоторые историки считают, что генерал Моро оставался в оборонительной позиции в течение всей осени 1796 г. На самом деле это не совсем так.

Находясь у истоков Дуная на высотах Донауэшингена, Моро созывает военный совет с командирами трех корпусов. Вопреки мнению Гувьона Сен-Сира, он принимает решение передислоцироваться на Рейн через Нойштадт — Фрайбург в Брайзахе. В Шварцвальде на высоте 1000 м над уровнем моря Моро в диких местах Черного леса отбивает бесполезные атаки неприятеля. Холод дает о себе знать. Обмундирование пришло в негодность: солдаты плохо одеты, а треть из них без обуви. Разрозненные банды германских партизан тревожат тылы, жгут фургоны с фуражом, перехватывают обозы с продовольствием, пытают отставших, издеваются над ранеными. Поставив повозки с ранеными в центр колонны, Моро идет на Страсбург. Здесь, у Келя, разворачивается сражение с войсками эрцгерцога Карла. Город Кель — это ворота во французский Эльзас. Пишегрю (уже на стороне австрийцев) уговаривал эрцгерцога немедленно атаковать Кель, чтобы открыть ворота во Францию. План Пишегрю был прост: собрать разбитые войска Моро под знаменем Бурбонов и вместе с австрийцами идти на Париж.

Но не тут-то было. В ноябре Моро атакует западный выступ австрийской боевой линии у Келя, чуть южнее его поддерживает Лекурб, а генерал Декан — в центре. Многие редуты взяты, но французы не в состоянии отбить стремительную атаку численно превосходящих австрийцев. Потеряв пленными 800 человек, среди которых много старших офицеров, Моро отдает приказ к отступлению. При отходе французы не забывают заклепать 15 австрийских пушек и 8 увезти с собой. Французы теряют 3000 человек убитыми, ранеными и пленными. В ночь на 24 ноября 1796 г. эрцгерцог Карл начинает подготовку к осаде. В стане французов много больных и раненых, в артиллерии не хватает канониров, их заменяют артиллеристами из конной артиллерии, но и они истребляются в результате ежедневных обстрелов; кроме того, в Страсбурге действует «пятая колонна» — целая армия шпионов, организованная Пишегрю. Из документов, захваченных у австрийца Клинглина, о которых мы расскажем ниже, неприятелю были известны часы начала выступления войск и прохождения их через единственный мост в Келе, который австрийцы методично обстреливали, нанося ощутимый урон живой силе французов. Тем не менее, и это делает им честь, французы продержались целых 45 дней.

Однако 9 января 1797 года генерал Дезе (правильно по-французски его фамилия произносится Дезекс) подписал капитуляцию, которая была вручена эрцгерцогу Карлу и генералу Бельгарду.

Другое предмостное укрепление наплавного моста у Юнинга защищал генерал Абатуччи, позиции которого подвергались интенсивному артиллерийскому обстрелу с правого берега Рейна, где была установлена мощная австрийская батарея. Князь Фюрстенберг направил своего парламентера с предложением сдать мост, на что храбрый французский генерал ответил: «Попробуйте его взять!» После чего последовала сильная атака австрийцев, которая была отбита, оставив у моста 1800 человек убитыми и ранеными. На рассвете, повернувшись спиной к австрийцам, чтобы оценить свои собственные потери, генерал Абатуччи был убит выстрелом из ружья в спину одним легко раненным венгерским гренадером, который замаскировался и всю ночь прятался в небольшой траншее.

Генерал Дюфур принял командование вместо Абатуччи и по приказу Директории был уполномочен подписать капитуляцию 2 февраля 1797 года.

Проведение отступательной операции через лесной массив Шварцвальд прославило имя Моро, т.к. по своей стратегической значимости оно приравнивалось решающему сражению всей кампании. Этим маневром Моро сохранил для Франции лучшую из революционных армий республики. Однако некоторые историки сочли действия Моро подозрительными и на них основывали свои первые подозрения в его измене. Почему генерал не пожелал продолжать боевые действия? Зачем отвел армию за пределы Рейна?

Представляется вероятным, что в его армию, ещё под командованием Пишегрю, были внедрены многочисленные агенты роялистов для агитации солдат с целью их использования в назревавшем государственном перевороте против Директории. Вероятно также, что во время отступления через Шварцвальд Моро мог иметь контакты с эмиссарами принца Конде. Пишегрю в октябре 1796 г. прибыл в Страсбург, в штаб-квартиру Рейнской армии, где, как полагают, встречался с Моро и, возможно, посоветовал ему увести войска за Рейн, чтобы использовать их в планируемом государственном перевороте — военном или парламентском.